La bataille de Noirmoutier est un affrontement de la guerre de Vendée qui oppose le 3 janvier 1794 les républicains et les Vendéens pour le contrôle de l'île de Noirmoutier.
Située dans la baie de Bourgneuf et reliée au continent par le passage du Gois, l'île est occupée le 12 octobre 1793 par les troupes vendéennes du général Charette. Cette prise alarme aussitôt le Comité de salut public, qui redoute une intervention des Britanniques en faveur des royalistes. Cependant, Charette ne tente qu'en décembre d'envoyer une goélette vers la Grande-Bretagne pour prendre contact avec le gouvernement de Londres et il ne recevra aucune réponse avant plusieurs mois.
Les républicains débarquent sur l'île de Noirmoutier le matin du 3 janvier 1794 et s'emparent de toute sa partie sud après des combats à la pointe de la Fosse et au bourg de Barbâtre. Ils marchent ensuite dans l'après-midi vers la ville de Noirmoutier, où ils reçoivent la capitulation des Vendéens qui déposent les armes contre la promesse d'avoir la vie sauve.
Acceptée par le général Haxo, la capitulation n'est pas respectée par les représentants en mission Prieur de la Marne, Turreau et Bourbotte, qui font fusiller 1 200 à 1 500 prisonniers en quelques jours, dont Maurice d'Elbée, l'ancien généralissime de l'Armée catholique et royale.
La reprise de Noirmoutier suit de quelques jours la bataille de Savenay, qui voit la destruction des forces vendéennes engagées dans la virée de Galerne. Après ces deux victoires, considérées comme décisives, les commandants républicains estiment que la guerre de Vendée est en passe de s'achever. Les Vendéens ne contrôlent alors plus aucun territoire et les dernières bandes insurgées ne comptent que quelques centaines ou quelques milliers d'hommes, traqués dans les bois et dans les campagnes. À la mi-janvier, le général Turreau lance ses « colonnes infernales » avec l'intention de porter le dernier coup à l'insurrection vendéenne.
Prise de Noirmoutier par les Vendéens
L'île de Noirmoutier change plusieurs fois de mains pendant la guerre de Vendée. Située dans la baie de Bourgneuf, non loin de l'île de Bouin, elle est accessible depuis les terres par le passage du Gois, une chaussée submersible de 5 kilomètres praticable à pied lors des marées basses, qui relie l'île au continent par le port de la Cronière, dans la commune de Beauvoir-sur-Mer. Noirmoutier est divisée en deux paroisses : au nord la ville de Noirmoutier-en-l'Île, aussi appelée Saint-Philbert de Noirmoutier, peuplée de 3 675 habitants en 1791 et au sud le bourg de Barbâtre, peuplé de 2 221 habitants en 1791. Le nord de l'île, de La Guérinière à l'Herbaudière, est constitué de marais salants. Le sud, de La Guérinière à la pointe de la Fosse, est recouvert de sables, de terres labourables et de vignes.
Noirmoutier tombe pour la première fois au pouvoir des insurgés le 19 mars 1793, lorsque des paysans maraîchins menés par Joseph Guerry de La Fortinière franchissent le Gois et occupent l'île sans rencontrer de résistance. Cependant en avril, les républicains reprennent les villes de Challans et Machecoul et atteignent les abords de l'île. Après une sommation du général Beysser et le débarquement de 200 hommes du vaisseau Le Superbe, de l'escadre du contre-amiral Villaret de Joyeuse, les habitants de Noirmoutier font leur soumission le 29 avril. Les chefs insurgés René Augustin Guerry et Rorthais des Chataigners sont arrêtés et envoyés à Nantes, mais Guerry de la Fortinière, Tinguy et le chevalier de Régnier parviennent à s'enfuir.
En juin, les Vendéens reprennent Challans et Machecoul et sont à nouveau en mesure de menacer Noirmoutier. Après une première tentative infructueuse le 30 septembre, l'armée du général Charette, aidée par des habitants du bourg de Barbâtre, s'empare de l'île le 12 octobre. La faible garnison républicaine n'offre que peu de résistance et capitule. Charette forme une administration royaliste à Noirmoutier et y laisse une partie de ses troupes avant de repartir au bout de trois jours. Les prisonniers républicains sont envoyés à Bouin où le chef local, François Pajot, en fait massacrer plusieurs centaines les 17 et 18 octobre.
Offensive républicaine contre Charette
En octobre 1793, la situation militaire en Vendée est à l'avantage des républicains. L'armée de l'Ouest concentre ses efforts sur l'armée d'Anjou et du Haut-Poitou, commandée par le généralissime Maurice d'Elbée, qui est battue le 17 octobre à la bataille de Cholet. La « virée de Galerne » débute alors : le gros des forces royalistes et des forces républicaines se portent au nord de la Loire et s'affrontent jusqu'en décembre au Maine, en Bretagne et en Normandie. Malgré plusieurs appels à l'aide envoyés par d'Elbée, Charette et les autres chefs du Pays de Retz et du Bas-Poitou restent à l'écart de ces événements.
Cependant à Paris, la nouvelle de la prise de l'île de Noirmoutier suscite l'inquiétude du Comité de salut public, qui craint qu'elle ne permette aux Vendéens de recevoir l'aide des Britanniques. Le 18 octobre, le conseil exécutif reçoit un arrêté signé de Barère, Prieur de la Côte d'Or, Collot d'Herbois, Billaud-Varenne, Robespierre et Hérault de Séchelles lui donnant l'ordre de « prendre toutes les mesures nécessaires pour faire attaquer le plus tôt possible l'île de Noirmoutier, en chasser les brigands et en assurer la possession à la République ». Le 21 octobre, le Comité de salut public enjoint aux représentants en mission Prieur de la Marne et Jeanbon Saint-André de « reprendre l'île ou de l'engloutir dans la mer ».
Le 2 novembre 1793, le conseil de guerre de l'armée de l'Ouest charge le général de brigade Nicolas Haxo de constituer un corps de 5 000 à 6 000 hommes pour reprendre l'île de Noirmoutier. Ordre lui est donné d'attaquer et de battre Charette « partout où il pourra le rencontrer en le poursuivant jusque dans Noirmoutier même ». Haxo planifie son offensive et sort de Nantes les 21 et 22 novembre avec deux colonnes commandées par lui-même et par son second, l'adjudant-général Nicolas Louis Jordy. Au même moment, une autre colonne commandée par le général Dutruy et le lieutenant-colonel Aubertin se met en mouvement depuis Les Sables-d'Olonne. Dans les jours qui suivent, Haxo et Jordy s'emparent de Port-Saint-Père, Sainte-Pazanne, Bourgneuf-en-Retz, Machecoul et Legé, tandis que Dutruy et Aubertin se rendent maîtres de La Roche-sur-Yon, d'Aizenay, du Poiré-sur-Vie, de Palluau et de Challans. Battu par Aubertin à La Garnache le 27 novembre, Charette tente de se réfugier à Noirmoutier, mais il trouve le passage du Gois impraticable à cause de la marée haute et est contraint de s'enfermer dans l'île de Bouin, où il se retrouve bientôt cerné.
Le 4 décembre, Charette s'embarque pour l'île de Noirmoutier. Il confie la mission à son aide de camp, Joseph Hervouët de La Robrie, de passer en Angleterre pour y demander des secours. La Robrie s'embarque sur une goélette de 60 tonneaux, Le Dauphin, commandée par Louis François Lefebvre. Mais à cause de vents défavorables ou de la présence de navires républicains, il ne peut appareiller que dans la nuit du 23 au 24 décembre.
Le 5 décembre, Charette est de retour à Bouin. Le 6, les colonnes de Jordy et d'Aubertin lancent l'assaut sur l'île. En quelques heures, les républicains enfoncent les défenses vendéennes et délivrent plusieurs centaines de prisonniers patriotes. Charette n'échappe que de peu à l'anéantissement en s'enfuyant à travers les marais avec une partie de ses hommes.
Il rejoint ensuite les forces de Jean-Baptiste Joly et de Jean Savin, avec lesquelles il attaque sans succès la ville de Legé le 8 décembre, mais écrase la garnison du camp de L'Oie le 11. Le 12 décembre, aux Herbiers, Charette est élu général en chef de l'« Armée catholique et royale du Bas-Poitou ». Il décide alors de se porter en Anjou et dans le Haut-Poitou pour y ranimer l'insurrection. En quelques jours, il traverse ainsi Le Boupère, Pouzauges, Cerizay et Châtillon, puis il atteint Maulévrier.
Pendant ce temps, les forces vendéennes engagées dans la virée de Galerne se rapprochent de la Loire avec l'intention de regagner la Vendée. Les 3 et 4 décembre, elles attaquent Angers, sans succès. Le 16, un millier de Vendéens menés par le généralissime Henri de La Rochejaquelein, le successeur de Maurice d'Elbée, utilisent des barques pour franchir le fleuve à Ancenis, mais l'arrivée de chaloupes canonnières républicaines empêche la traversée du reste de l'armée. Ces événements contraignent Haxo à suspendre l'attaque de Noirmoutier et à desserrer l'étau autour de Charette. Il envoie des renforts contre La Rochejaquelein et ne peut lancer à la poursuite de Charette que 2 400 hommes commandés par l'adjudant-général Dufour.