La bataille de Hakodate (函館戦争, Hakodate Sensō) est l'affrontement final de la guerre de Boshin au Japon. Elle s'est déroulée du 20 octobre 1868 au 17 mai 1869 et a vu s'opposer les restes de l'armée du shogunat Tokugawa, consolidés par les troupes de la république d'Ezo, aux armées du récent gouvernement impérial (composé principalement de forces des domaines de Chōshū et de Satsuma). Elle a eu lieu près de la ville de Hakodate sur l'île de Hokkaidō. En japonais, elle est également nommée « bataille du Goryokaku » (五稜郭の戦い, Goryokaku no tatakai).
Il y avait également un groupe de conseillers militaires français, membres de la première mission militaire française au Japon, qui avaient formé les troupes du Shogun en 1867-1868, dirigés par Jules Brunet.
La guerre de Boshin, entre les troupes favorables à la restauration de l'empereur et le shogunat Tokugawa, éclata en 1868. Le gouvernement de Meiji a défait les forces du shogun à la bataille de Toba-Fushimi et a occupé la capitale de ce dernier, Edo.
Takeaki Enomoto, vice-commandant de la marine du Shogunat, a refusé de remettre sa flotte au nouveau gouvernement et a quitté Shinagawa le 20 août 1868 avec quatre navires de guerre (le Kaiyō Maru, le Kaiten (en), le Banryū (en) et le Chiyodagata (en)), quatre navires de transport (le Kanrin Maru, le Mikaho (en), le Shinsoku (en) et le Chōgei (en)), 2 000 marins, 36 membres du Yugekitai dirigés par Hachiro Iba, plusieurs fonctionnaires de l'ancien bakufu dont le vice-commandant en chef de l'armée du Shogunat Taro Matsudaira, Saburozuke Nakajima et des membres de la première mission militaire française au Japon, dirigée par Jules Brunet.
Le 21 août, la flotte rencontra un ouragan au large de Chōshi. Le Mikaho coula et le Kanrin Maru fut gravement endommagé, forcé de rallier la côte où il fut capturé à Shimizu.
Le reste de la flotte a atteint le port de Sendaï le 26 août, un des centres de l'« alliance du Nord » (奥羽越列藩同盟), composé des fiefs de Sendaï, de Yonezawa, d'Aizu, de Shōnai et de Nagaoka.
Les troupes impériales ont progressé vers le nord. Elles ont pris le château d'Aizuwakamatsu, rendant Sendaï trop vulnérable pour les rebelles qui quittèrent la ville le 12 octobre 1868. La flotte en partance venait d'acquérir deux nouveaux bateaux, l'Oe et le Hōō-Maru, fournis par le domaine de Sendaï, et environ 1 000 soldats supplémentaires : des anciens de l'armée du Bakufu dirigés par Keisuke Otori, des troupes du Shinsen Gumi commandées par Toshizo Hijikata, des Yugekitai guidés par Hitomi Katsutaro, ainsi que plusieurs conseillers militaires français (Arthur Fortant, Jean Marlin, François Bouffier, Garde).
Les rebelles, environ 3 000 personnes, ont atteint Hokkaidō en octobre 1868. Ils ont débarqué dans la baie de Takanoki le 20 octobre. Toshizo Hijikata et Keisuke Otori ont chacun mené une colonne jusqu'à Hakodate. Ils ont éliminé la résistance du domaine de Matsumae qui avait déclaré sa fidélité au nouveau gouvernement Meiji puis se sont regroupés dans la forteresse du Goryokaku le 26 octobre, qui est devenue le quartier général de l'armée rebelle.
Diverses expéditions ont alors été organisées pour prendre le contrôle total de la péninsule méridionale de Hokkaidō. Le 5 novembre, Hijikata, avec 800 hommes et les navires Kaiten (en) et Banryū (en), a occupé le château de Matsumae. Le 14 novembre, Hijikata et Matsudaira ont convergé sur la ville d'Esashi, avec l'appui du navire amiral Kaiyō Maru, et du bateau de transport Shinsoku (en). Cependant, le Kaiyō Maru fut perdu dans une tempête au large d'Esashi, et le Shinsoku coula lui aussi alors qu'il venait l'aider. Ce fut un coup terrible pour les forces rebelles.
Après avoir éliminé toute la résistance locale, les rebelles fondèrent la république d'Ezo le 25 décembre. L'organisation de ce gouvernement était calqué sur celui des États-Unis et Takeaki Enomoto en devint le président (総裁). Les gouvernements français et britannique reconnurent la nouvelle république mais pas le gouvernement de Meiji à Tokyo.
Un réseau de défense fut établi autour de Hakodate en prévision d'une attaque de l'armée impériale. Les troupes rebelles étaient dirigées par un commandement franco-japonais, avec Keisuke Otori pour commandant en chef, secondé par Jules Brunet. Et chacune des quatre brigades était commandée par un Français (Fortant, Marlin, Cazeneuve, Bouffier), secondé par huit officiers japonais. Deux autres ex-officiers de la marine française ont rejoint les rebelles, Eugène Collache et Henri Nicol. Collache a été chargé de construire des défenses fortifiées le long des volcans se trouvant autour de Hakodate, alors que Nicol devait réorganiser la marine.
Dans l'intervalle, une flotte impériale avait été rapidement réunie autour du vaisseau de guerre Kōtetsu, qui avait été acheté aux États-Unis. Les bateaux impériaux étaient le Kasuga (en), le Hiryū, le Teibo (en), le Yoshun et le Moshun (en), qui étaient fournis par les domaines de Saga, de Chōshū et de Satsuma. La flotte quitta Tokyo le 9 mars 1869 et se dirigea vers le nord.
La marine impériale a atteint le port de Miyako le 20 mars. Prévoyant son arrivée, les rebelles ont organisé un plan audacieux pour s'emparer du puissant Kōtetsu.
Trois navires de guerre ont été dépêchés pour une attaque surprise, dans ce qui s'appelle la bataille de la baie de Miyako. Il y avait le Kaiten (en), sur lequel était embarqué un corps d'élite du Shinsen Gumi ainsi que l'ex-officier français Henri Nicol, le Banryū (en), avec un Français nommé Clateau, et le Takao (en), avec le Français Eugène Collache. Pour surprendre davantage, le Kaiten est entré dans le port de Miyako avec un drapeau américain. Il a élevé le drapeau de la république d'Ezo quelques secondes avant d'aborder le Kōtetsu. L'équipage de celui-ci est parvenu à repousser l'attaque grâce à une Gatling, causant des pertes énormes aux attaquants. Deux des navires rebelles ont réussir à s'enfuir mais le Takao (en) s'est échoué et a été sabordé par son propre équipage.
Débarquement des forces impériales
L'armée impériale, environ 7 000 hommes, a finalement débarqué sur l'île de Hokkaidō le 9 avril 1869. Elle a progressivement éliminé des positions défensives jusqu'à ce qu'elle atteigne la forteresse du Goryokaku et de Benten Daiba près de la ville de Hakodate.
La bataille de la baie de Hakodate (mai 1869) fut la première bataille navale entre des marines modernes au Japon.
Avant la reddition finale, les conseillers militaires français de la république d'Ezo se sont sauvés sur un navire de guerre français, le Coëtlogon (fi), avec lequel ils ont rallié Yokohama puis, de là, la France.