La bataille de Crète oppose les troupes britanniques et alliées (néo-zélandaises, australiennes et grecques) aux parachutistes et chasseurs alpins allemands pendant 11 jours, du 20 au 31 mai 1941. Ce fut la dernière bataille de la campagne des Balkans.
Le matin du 20 mai 1941, le IIIe Reich lance une invasion aéroportée de la Crète, nom de code « opération Merkur ». Les parachutistes allemands sous les ordres du général Kurt Student sont largués sur trois points : Máleme, Héraklion, et Réthymnon. Leur mission est de s’emparer de ces trois aérodromes afin de permettre l'atterrissage de renforts aérotransportés par la Luftwaffe qui dispose de la maîtrise du ciel, puisque la Royal Navy, maîtresse des mers, empêche tout débarquement amphibie.
Pendant deux semaines, la bataille fait rage ; au moins 4 000 paras allemands sont tués, et 500 capturés. Les troupes britanniques et néo-zélandaises du général Bernard Freyberg comptent 3 500 tués, 1 900 blessés, et une grande partie des troupes est capturée (environ 12 000 hommes). La victoire est essentiellement celle des chasseurs alpins, aucune opération aéroportée d'envergure n'est plus lancée par les Allemands jusqu'à la fin de la guerre. Les Fallschirmjäger sont alors employés comme fantassins sur tous les fronts.
Le 1er novembre 1940, un convoi de vaisseaux britanniques jette l'ancre dans la baie de la Soude. Le gouvernement grec fait savoir aux Britanniques qu'il retirerait la 5e division de l'armée grecque du front albanais et l'enverrait en Crète, à condition que l'armée britannique organise la défense de la Crète.
Le 12 novembre 1940, Hitler donne l'ordre à ses troupes de prendre possession de la Grèce en employant massivement les forces aéroportées et aériennes. Le but de l'opération est le contrôle de la Méditerranée orientale.
Hitler donne des directives ultra-confidentielles aux responsables de ses troupes aéroportées pour s'emparer des points d'appui britanniques sur les îles grecques.
Le commandement militaire unifié de la Crète, basé à La Canée, charge les milices locales d’empêcher par tous les moyens l'atterrissage des parachutistes allemands ainsi que l'approche par l'ennemi des aérodromes et des avions.
Dans la nuit du 25 au 26 mars 1941, au large du golfe de la Soude, une opération commando de marins italiens de la Xe Flottiglia MAS, sur six canots à moteur MTM Barchino, coule le croiseur lourd britannique HMS York. Après ce raid de la baie de La Sude, il devient évident pour les alliés que l'attaque allemande est imminente. Il leur faut défendre la Crète.
L'enjeu est de taille : la Crète possède trois aérodromes (Máleme, Réthymnon et Héraklion) et une piste d'atterrissage de fortune à Kastelli à l'ouest de la presqu'île d'Akrotiri, ainsi qu'une base navale facilement accessible à Kolpo, sur la presqu'île d'Akrotiri. En occupant la Crète, la Luftwaffe pourra s'en servir comme base aérienne contre les forces britanniques en Méditerranée orientale. Pour les Allemands, laisser la Crète aux mains des Alliés menacerait les champs pétroliers roumains de Ploiești, à quatre heures de vol, vitaux pour l'Allemagne, surtout en pleine préparation de l'opération Barbarossa.
Le 21 avril 1941, les troupes de la Wehrmacht et des Waffen-SS viennent de terminer victorieusement la campagne des Balkans par la capitulation de l'armée royale grecque.
Le 23 avril 1941, un hydravion de la Royal Air Force évacue en Crète Georges II de Grèce et le prince héritier.
Le 25 avril, la 5e brigade néo-zélandaise forte de 5 000 hommes débarque en Crète. Toujours le 25 avril, Hitler signe la directive no 28 ordonnant de préparer l'opération Merkur : l'invasion de la Crète.
Le 29 avril est marqué par l'arrivée en Crète du général néo-zélandais Freyberg, combattant célébré de la Grande guerre, décoré de la croix de Victoria en 1916. C'est un héros national en Nouvelle-Zélande et un ami de Churchill depuis 1914. Le général ne pense pas rester sur l'île qui lui paraît de toute façon indéfendable. Il s'attend à être envoyé en Égypte afin d'y reconstituer le corps expéditionnaire néo-zélandais. Dès qu'il apprend que Wavell lui a confié la mission de tenir sur place, il se met à l'œuvre.
Freyberg prend en main la Creforce, ensemble disparate des unités réfugiées dans l'île : Australiens, Néo-Zélandais, Écossais et Gallois, soit vingt mille hommes dont une moitié seulement de troupes de combat. Ils ont perdu en Grèce leurs unités d'appui et de soutien, en particulier l'artillerie, les transmissions, le train des équipages. En sous-effectifs, les bataillons d'infanterie ont perdu leurs mortiers, leurs réseaux téléphoniques de campagne, ne sauvant que les armes individuelles et les fusils-mitrailleurs. Ils sont également dépourvus de moyens d'enfouissement (pelles, pioches). Les artilleurs, les soldats des ateliers, des services, au total 10 000 hommes, la moitié de l'effectif, sont à peine armés, tous n'ont pas de fusil et ne connaissent pas le métier de fantassin. Les lignes téléphoniques ne sont pas enterrées mais posées sur des piquets. Quelques canons pris aux Italiens en Grèce sont disponibles mais sans appareils de visée. Quelques chars britanniques obsolètes complètent l'effectif. Vingt mille soldats grecs sont enfin présents mais mal armés. En tout, 42 460 hommes affronteront 22 040 Allemands, parachutistes et chasseurs de montagne.
Chiffrés par Enigma, les plans d'invasion de la Luftwaffe sont transmis de la IVe flotte aérienne au VIIe et XIe corps aériens et à la 7e division parachutiste. Interceptés en temps réel par les stations d'écoute britanniques, les 1er mai, 5 mai, 7 mai et 13 mai, ils sont en partie décryptés par le GC&CS de Bletchley Park. Certains passages sont corrompus, illisibles. D'autres font allusion à des paramètres inconnus des spécialistes anglais dont la connaissance des forces armées allemandes est encore imparfaite. Le capitaine Sandover, Special Liaison Officer de Freyberg, reçoit immédiatement, non pas des traductions exactes de la partie décryptée des messages interceptés, mais des synthèses paraphrasées dont certains passages sont ambigus.
Chaque synthèse est montrée une seule fois à Freyberg, avant d'être brûlée par Sandover. Ces synthèses mélangent la 22e Luftlande-Infanteriedivision (qui est retenue ailleurs), la 5e division de montagne et le régiment de renfort de la 6e division de montagne. Les unités parachutistes sont sous-estimées. Les références au trafic maritime exagèrent l'hypothèse d'un débarquement amphibie. Or Freyberg n'a pas le droit de discuter de ces renseignements avec son état-major. Une partie des troupes britanniques est donc disposée face aux points vraisemblables de débarquement. Si ces troupes alliées avaient été déployées de façon à tenir sous leur feu les aérodromes, la première vague aéroportée aurait été anéantie.
À l'époque, l'histoire militaire n'offre aucun exemple d'invasion aéroportée. Les quelques opérations aéroportées allemandes de mai 1940 relèvent d'une aide intégrée aux opérations militaires et non d'opérations à part entière. Aux Pays-Bas, la Luftwaffe avait essuyé de lourdes pertes. Aussi, il n'y a aucun précédent dont Freyberg aurait pu tenir compte.
Le 14 mai 1941 commencent, conformément au plan d'opération, les bombardements systématiques, par l'aviation allemande, de la Crète, en vue de préparer l’attaque.