Auxerre, prononcé [o.sɛʁ] , est une commune française située dans le nord-ouest de la Bourgogne, dans le département de l'Yonne, dont elle est le chef-lieu. Elle est également le bureau centralisateur de quatre cantons et le siège de la communauté d'agglomération de l'Auxerrois.
Auxerre comptait 35 097 habitants au dernier recensement en 2023 (population légale en vigueur au 1er janvier 2022), ce qui en fait la première commune icaunaise et la cinquième commune de Bourgogne en nombre d'habitants. Son aire d'attraction totalise 111 085 habitants la même année. L'unité urbaine d'Auxerre est la 150e unité urbaine la plus peuplée de France avec 42 362 habitants.
Auxerre est une capitale culturelle et touristique, à la périphérie de la Bourgogne mais au cœur de la France, dans la vallée de l'Yonne. La ville possède un patrimoine historique médiéval et de la Renaissance. Ville d'art et d'histoire depuis 1995, Auxerre possède trente-cinq monuments historiques inscrits ou classés et trois musées de France.
Auxerre constitue le principal bassin d'emploi du département. Le vignoble auxerrois, les vignobles AOC de Chablis, sont à quelques kilomètres de la ville. Elle est aussi connue pour son club de football, l'Association de la jeunesse auxerroise (AJA) et son entraîneur Will Still.
La commune d'Auxerre se trouve au nord-ouest de la Bourgogne, au centre du département de l'Yonne, dans la Basse-Bourgogne, une région de plaines sédimentaires, et en bordure du Bassin parisien. Elle est traversée par l'Yonne, un affluent de la Seine qui parcourt le département du sud vers le nord.
Auxerre est entourée par de nombreuses communes. Augy, Champs-sur-Yonne, Chevannes, Monéteau, Perrigny, Quenne, Saint-Georges-sur-Baulche, Venoy, Villefargeau, Villeneuve-Saint-Salves sont incluses dans la communauté d'agglomération de l'Auxerrois. Escolives-Sainte-Camille et Jussy sont dans la communauté de communes du Pays coulangeois.
La ville d'Auxerre est établie en partie sur une butte de faible hauteur surplombant l'Yonne affluent de la Seine.
La superficie de la commune en 2025 est de 50 km2 ; son altitude varie entre 93 et 217 mètres.
La rivière Yonne, coulant du sud au nord, sert de limite de communes avec Champs-sur-Yonne puis Augy avant de traverser la commune et la ville d'Auxerre ; elle passe ensuite sur le territoire de la commune de Monéteau.
Au passage elle reçoit plusieurs petits affluents. En amont d'Auxerre ce sont le ru de Quenne qui conflue en rive droite à la hauteur du moulin de Preuilly, puis le ru de Vallan confluant en rive gauche juste en amont du moulin du Batardeau. Côté aval d'Auxerre on trouve en rive droite le ru des Caillottes et son affluent le ru des Biaunes.
Le ru de Vallan fournissait les eaux les plus pures dans les alentours d'Auxerre ; ailleurs, celles-ci sont de qualité médiocre. Sur la colline, les seules sources d'eau étaient l'étang de Saint-Vigile (disparu depuis ; une rue, près de la préfecture, porte son nom) et la fontaine Saint-Germain.
En 2010, le climat de la commune est de type climat océanique dégradé des plaines du Centre et du Nord, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat océanique altéré et est dans la région climatique Lorraine, plateau de Langres, Morvan, caractérisée par un hiver rude (1,5 °C), des vents modérés et des brouillards fréquents en automne et hiver.
Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10,6 °C, avec une amplitude thermique annuelle de 16,5 °C. Le cumul annuel moyen de précipitations est de 697 mm, avec 11,5 jours de précipitations en janvier et 7,6 jours en juillet. Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Chablis_sapc », à Chablis à 17 km à vol d'oiseau, est de 11,6 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 740,3 mm.
La température maximale relevée sur cette station est de 42,6 °C, atteinte le 25 juillet 2019 ; la température minimale est de −24,2 °C, atteinte le 16 janvier 1985.
Les paramètres climatiques de la commune ont été estimés pour le milieu du siècle (2041-2070) selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre à partir des nouvelles projections climatiques de référence DRIAS-2020. Elles sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.
Au 1er janvier 2024, Auxerre est catégorisée centre urbain intermédiaire, selon la nouvelle grille communale de densité à sept niveaux définie par l'Insee en 2022.
Elle appartient à l'unité urbaine d'Auxerre, une agglomération intra-départementale regroupant trois communes, dont elle est ville-centre. Par ailleurs la commune fait partie de l'aire d'attraction d'Auxerre, dont elle est la commune-centre. Cette aire, qui regroupe 104 communes, est catégorisée dans les aires de 50 000 à moins de 200 000 habitants.
L'occupation des sols de la commune, telle qu'elle ressort de la base de données européenne d'occupation biophysique des sols Corine Land Cover (CLC), est marquée par l'importance des territoires agricoles (58 % en 2018), en diminution par rapport à 1990 (62,7 %). La répartition détaillée en 2018 est la suivante :