L'attentat du 6 avril 1994 au Rwanda entraîne la mort, notamment, de Juvénal Habyarimana, président du Rwanda, et de Cyprien Ntaryamira, président du Burundi. Il est perpétré au dessus de l'aéroport de Kigali par le tir d'un missile contre le Falcon 50 présidentiel qui transporte les deux chefs d'État. Cet attentat provoque également la mort des dix autres occupants de l'appareil. Cet événement est la première phase d'un coup d'État qui déclenche le massacre des partisans des accords d'Arusha, le génocide des Tutsi du Rwanda et la reprise de la guerre civile.
L'attentat a fait l'objet de plusieurs enquêtes, notamment celles du juge Jean-Louis Bruguière et des juges Marc Trévidic et Nathalie Poux, en raison de la mort de trois membres d'équipage français. La première conduit à l'émission de neuf mandats d'arrêts internationaux contre des personnes proches du président rwandais Paul Kagamé, membres du Front patriotique rwandais.
En décembre 2018, les juges d'instruction français Jean-Marc Herbaut et Nathalie Poux rendent une ordonnance de non-lieu « en l’absence de charges suffisantes » qui est confirmée par la Cour de cassation française en février 2022.
Le 1er octobre 1990, les rebelles du FPR de Paul Kagame franchissent les frontières de l'Ouganda et déclenchent ainsi la guerre civile rwandaise, parvenant à 80 km de Kigali. Les Forces armées rwandaises (FAR) tentent de s'opposer à cette avancée.
Le 4 octobre 1990, la France met en place l'opération militaire Noroît et la Belgique l'opération Green Beam afin d'envoyer des troupes et d'évacuer les ressortissants de chaque pays. Le Zaïre ( aujourd'hui République Démocratique du Congo ) participe également avec l'envoi de 3 000 hommes. Cette guerre civile s'accompagne d'exactions faisant de nombreuses victimes dans les deux camps.
De 1990 à 1993 les FAR sont formées et réorganisées par l'armée française, pour contrer les attaques du FPR. De leur côté les responsables du FPR se sont appuyés sur l'armée ougandaise, dans laquelle certains étaient officiers depuis que le président Yoweri Museveni avait conquis le pouvoir en Ouganda.
En 1991, le président Habyarimana est contraint de renoncer au monopole exercé par son parti. Plusieurs mouvements rivaux entrent en compétition, dont plusieurs créent des organisations de jeunesse aux actions parfois violentes. Tel est le cas des Interahamwe, milice du président Habyarimana. Les crimes commis par cette milice ou par d'autres groupes avant 1994 restent impunis, ce qui contribue au développement d'un sentiment d'impunité dans la période qui précède le génocide. Début 1993, la FIDH dénonce dans un rapport les escadrons de la mort en lien avec le président Habyarimana, sa femme et les ultras du régime.
En 1992 et 1993, des négociations, soutenues par la France, sont menées entre le FPR et le gouvernement rwandais afin d'aboutir aux accords d'Arusha, signés en août, et dont on pouvait penser qu'ils contribueraient à apaiser la situation. Mais le parti présidentiel, le MRND, est hostile à ces négociations. En février 1993, la rupture du cessez-le-feu par le FPR pendant deux semaines avait contribué à affaiblir les partisans de la négociation. Les Hutus radicaux se regroupent autour de la Radio des Mille Collines, qui appelle à l'élimination des Tutsis, et du mouvement Hutu Power. Cette radicalisation est renforcée en octobre 1993 par l'assassinat au Burundi du président Hutu récemment élu Melchior Ndadaye par des militaires tutsis, ce qui déclenche une guerre civile au Burundi, entraînant un flot de réfugiés aussi bien Hutus que Tutsis au sud du Rwanda. Cependant, une force de maintien de la paix, la MINUAR, est envoyée au Rwanda pour s'assurer de l'application des accords d'Arusha.
Au début de l'année 1994, l'installation du gouvernement transitoire à base élargie (GTBE), prévue par les accords d'Arusha, est reportée semaine après semaine, malgré plusieurs tentatives d'intronisation. Ce report augmente la méfiance de chaque partie et recule la démobilisation des forces armées. Des machettes sont importées par l'entourage du président Habyarimana, tandis que le FPR renforce son armement et la tension monte à partir de fin janvier 1994. Les attentats à la grenade et les assassinats se multiplient. De nombreuses caches d'armes sont mises en place, et l'intention génocidaire est avérée[source insuffisante]. Fin mars 1994, alors qu'une dernière tentative d'installation du GTBE échoue, la MINUAR observe que le FPR viole à plusieurs reprises les accords de cessez-le-feu au nord du pays, et que les FAR recrutent des jeunes gens parmi les réfugiés Hutus ayant fui le Burundi.
Le 6 avril 1994, en fin de journée, le président Juvénal Habyarimana rentre à Kigali à bord de son avion personnel, un Falcon 50, immatriculé 9XR-NN, offert par la France et piloté par un équipage français. Il revient d'une rencontre régionale à Dar es Salam en Tanzanie où il a accepté de mettre en place les institutions de transition prévues par les accords d'Arusha qui ont mis un terme à la guerre civile rwandaise en 1993. Cette rencontre a lieu sans que le parti extrémiste CDR (Coalition pour la défense de la République) y soit représenté. Juste avant de décoller, il a proposé au président burundais Cyprien Ntaryamira, dont l'avion est en maintenance, de l'accompagner, et de lui prêter son avion jusqu'à Bujumbura. D'après l'audition de François Léotard devant les députés français, le président Mobutu Sese Seko aurait dû se trouver à cette rencontre régionale, mais aurait refusé de venir au dernier moment. Outre les présidents rwandais et burundais, l'avion transportait des dignitaires du régime rwandais, dont le chef d'état-major des Forces armées rwandaises, le général Deogratias Nsabimana. En phase d'atterrissage à Kigali, à 20 h 27, deux missiles sont tirés sur l'avion depuis le camp militaire de Kanombe ou depuis la colline de Masaka, selon les versions les plus communément acceptées. L'avion est touché et s'écrase non loin de l'aéroport, en partie sur le terrain de la résidence présidentielle. Il n'y a aucun survivant. Des photos ont montré les corps des personnalités victimes de cet attentat dans la chapelle ardente improvisée dans le salon de la maison présidentielle, selon les témoignages de la famille présidentielle.
L'avion présidentiel rwandais transportait 12 personnes, qui ont toutes été tuées : 6 Rwandais, 3 Burundais et 3 membres d'équipage français.
Juvénal Habyarimana, président de la république du Rwanda
Cyprien Ntaryamira, président de la république du Burundi
Bernard Ciza, ministre burundais des affaires publiques
Cyriaque Simbizi, ministre burundais de la communication
Déogratias Nsabimana, chef d’État-Major de l'armée rwandaise
Thaddée Bagaragaza, major et responsable de la maison militaire du président rwandais
Elie Sagatwa, colonel, membre du secrétariat spécial et chef du cabinet militaire du président rwandais