L'attaque de Mers el-Kébir est menée du 3 au 6 juillet 1940 par la Royal Navy contre une escadre de la Marine nationale française dans le port militaire français de Mers el-Kébir, en Algérie. L'attaque est menée par le Royaume-Uni dans le cadre de l'opération Catapult, 15 jours après l'appel du 18 Juin, une semaine avant la remise des pleins pouvoirs au maréchal Philippe Pétain. La France et le Royaume-Uni n'étant pas en guerre au moment de l'attaque, elle marque une rupture entre les deux pays.
L’article 8 de l'armistice du 22 juin 1940 prévoyait de laisser la flotte française sous commandement français en lui imposant une stricte neutralité. Churchill était tout à fait au courant de ce point de la convention d'armistice signée quelques jours plus tôt. Néanmoins, il décida d'entreprendre cette opération. Le Royaume-Uni était alors seul devant l'ennemi allemand et italien.
L'attaque a été précédée d'un ultimatum, que l’amiral James Somerville adressa au vice-amiral d'escadre Marcel Gensoul, lui disant de rejoindre la flotte britannique afin d'éloigner les navires français de la Méditerranée, les mettant ainsi hors de portée de l'ennemi, de les saborder, ou de rejoindre les Antilles avec un délai de six heures pour commencer à s'exécuter. L’amiral Gensoul, qui n'a pas été mis au courant de la dernière option, ne se considérait pas en position de pouvoir prendre une telle décision, qui allait possiblement à l'encontre des termes de l'Armistice. Ne recevant aucune réponse positive, Somerville mit ses menaces à exécution.
L'attaque britannique, rapide et efficace, causa de lourdes pertes matérielles mais surtout humaines dans l'escadre française, faisant 1 295 morts chez les marins français. Les pertes les plus terribles étant celles du cuirassé Bretagne, qui chavira et coula en très peu de temps lors de l'attaque du 3 juillet, avec 977 morts.
Après la débâcle de juin 1940, le gouvernement français, déplacé à Bordeaux, doit choisir entre deux options : la capitulation militaire honorable avec occupation de toute la métropole par les Allemands et la poursuite de la lutte hors métropole à partir de l'exil (comme c'était déjà le cas des gouvernements polonais, néerlandais ou norvégien) ou une demande d'armistice pour suspendre les combats, en violation de l'engagement interallié du 28 mars 1940. Côté français, cet engagement n’aurait pu avoir de valeur juridique et politique que s’il avait été ratifié par le parlement - ce qui ne fut jamais fait - car le Président du Conseil ne disposait pas du pouvoir d’engager seul la France concernant une décision aussi importante. Quant à une capitulation, elle aurait engagé la responsabilité de l'armée mais cette dernière s'y refusait, rejetant cette responsabilité sur le gouvernement de la Troisième République. En cas de capitulation, ce dernier aurait pu essayer de poursuivre la guerre en exil avec la Grande-Bretagne et ce qui restait des forces françaises (c'est-à-dire la Marine et les forces françaises d'Afrique). Un armistice, au contraire, engagerait le gouvernement dans son ensemble à cesser le combat. Pour limiter le déshonneur, les conditions devaient être négociées avec beaucoup de soin.
Début juin 1940, le président du Conseil Paul Reynaud et, avec lui, la majorité du gouvernement penchent pour la capitulation. Au contraire, le général-en-chef Weygand, le maréchal Pétain, vice-président du Conseil, et l'armée dans son ensemble considèrent que la charge de la défaite appartient aux politiques et souhaitent donc que le gouvernement endosse pleinement sa responsabilité en demandant l'armistice. Laval, de son côté, est également favorable à l'armistice, mais va encore plus loin ; particulièrement anglophobe, il penche pour un renversement des alliances. Laval et les militaires s'appuient sur l'anglophobie ambiante (le traité naval Germano-Britannique de 1935, puis la perception négative de l'évacuation de Dunkerque) pour amener les membres du gouvernement à rejoindre leur position, conduisant Paul Reynaud à démissionner de la présidence du Conseil.
Selon Albert Kammerer (diplomate français opposé à l'armistice de 1940), l'amiral Darlan, qui était à la tête d'une des marines de guerre les plus puissantes du monde et qui n'avait pas été vaincue (à la différence de l'armée de terre), était début juin sur la même position que Reynaud. Il n'était pas anglophobe à l'origine mais le traité naval germano-britannique de 1935 avait attisé sa suspicion vis-à-vis des Britanniques. François Darlan avait beaucoup d'ambitions personnelles et le maréchal Pétain réussit à le faire changer d'avis en lui promettant de devenir ministre de la Marine dans le nouveau gouvernement.
Finalement, les relations entre les deux nations, dégradées depuis la bataille de Dunkerque, prennent une nouvelle tournure lorsque Reynaud démissionne et que le maréchal Pétain, maintenant président du Conseil, se prépare à signer l’armistice du 22 juin 1940 avec l’Allemagne (puis le 24 juin avec l’Italie).
L'armistice impliquait d'être délié de l'engagement interallié, qui prévoyait qu’aucune paix séparée n’était possible sans l’accord de l’autre partie. Winston Churchill fait savoir à plusieurs reprises, d'abord à Reynaud et plus tard au gouvernement Pétain, qu’il comprend la position difficile dans laquelle se trouve la France et qu’il peut admettre que la France soit déliée de ses engagements en concluant un armistice séparé, mais à condition que la flotte française ne puisse jamais tomber dans les mains de l’ennemi, ce qui suppose ou bien que la flotte française se saborde, ou bien qu’elle rallie les positions britanniques ou américaines. En choisissant de se réfugier en Afrique du Nord jusqu’au mois de juin, la flotte élude les options présentées par Churchill et prend, aux yeux des Britanniques, le risque d’être engagée contre eux (ce qui arriva effectivement lorsque les Britanniques et les Français libres provoquèrent les combats de Dakar, au Gabon, en Syrie, à Madagascar et en Afrique du Nord le 8 novembre 1942 lors du débarquement des Alliés).
C’est à ce moment qu’un terrible malentendu se produit. Les conditions britanniques ont d’abord été adressées par deux télégrammes à Reynaud, mais elles n’ont pas été discutées en Conseil des ministres du 16 juin 1940 puisqu'un autre télégramme britannique est venu proposer une « union indissoluble » avec le Royaume-Uni en vue de poursuivre la guerre. Seule cette dernière proposition a été discutée en Conseil des ministres. Quelques jours plus tard, la Chancellerie britannique a rappelé ses conditions au gouvernement Pétain, qui, d'après Albert Kammerer, a un comportement équivoque. Pétain déclare qu’il n’a pas l’intention de remettre la flotte française aux Allemands et que le projet d’armistice ne le prévoit d’ailleurs pas, ce qui est vrai, mais ceci ne répond pas vraiment à la demande des Britanniques, qui craignent que les Allemands puissent s’emparer de la flotte française contre le gré des Français. C’est pourquoi le télégramme, transmis le 16 juin et reconfirmé ensuite, exige que si l’armistice est signé, il ne puisse l’être qu’« à la seule condition que la flotte française soit immédiatement dirigée sur les ports britanniques en attendant l’ouverture de négociations ». Durant la discussion de l’armistice entre la France et l’Allemagne, cet aspect est complètement omis. De plus, les Britanniques ne sont pas informés des clauses de l’armistice qui est finalement signé le 22 juin.
De facto, l’ambassadeur britannique ne prend connaissance de la clause 8 de l’armistice, exigeant que les navires français soient désarmés dans leur port d’attache sous contrôle allemand et italien, qu’après la signature (les navires devaient rejoindre leur base navale habituelle en temps de paix). Comme le confirme l’historien Max Lagarrigue : « […] Trois ports militaires de la marine française sont en zone d’occupation : Cherbourg, Brest et Lorient, donc à la merci d’un coup de force de la Wehrmacht. Seul Toulon est en zone non occupée. Dans l’état actuel de ses forces, l’Angleterre ne peut prendre le risque de ne pas demeurer la première puissance navale du monde. » Cette clause inquiète évidemment les Britanniques, qui n’avaient pas été informés que les installations portuaires de l’Atlantique et de la Manche avaient été sabotées par les marins français[réf. nécessaire], avant l’arrivée des troupes allemandes, et que l’amiral de la flotte, Darlan, avait donné l’ordre à tous ses états-majors, le 24 juin 1940, de saborder leurs bâtiments si les Allemands essayaient de s’en emparer. Darlan ajouta même que s’il devait donner plus tard un ordre contraire sous la contrainte, il ne faudrait pas en tenir compte et que seul l’ordre de sabordage devrait être considéré.