L’assassinat de la famille impériale russe se produit lors de son exil à Ekaterinbourg dans la nuit du 16 au 17 juillet 1918, sur les ordres de Lénine. Le déroulement de l'assassinat des Romanov, et de celui de leurs compagnons d'exil, le Dr Evgueni Sergueïevitch Botkine, Anna Demidova, Alekseï Egorovitch Trupp et Ivan Kharitonov, est établi par le juge d'instruction Nikolaï Sokolov, qui enquête sur place à compter de 1919 et publie une partie de son rapport en 1924. Ses conclusions sont remises en cause par des recherches controversées, mais sont admises par la majorité des historiens et des scientifiques.
Le 15 août 2000, l’Église orthodoxe russe annonce la canonisation des Romanov pour « [leur] humilité, [leur] patience et [leur] douceur ». Le 1er octobre 2008, la Cour suprême de la fédération de Russie poursuit la campagne de réhabilitation des Romanov et estime que Nicolas II et sa famille ont été victimes de la répression politique.
Le 22 mars 1917, Nicolas II, qui a abdiqué quelques jours plus tôt dans le cadre de la révolution russe, est placé en résidence surveillée avec sa famille au palais Alexandre situé à Tsarskoïe Selo près de Saint-Pétersbourg. La même nuit, une bande de soldats profane le tombeau de Raspoutine, conseiller intime du couple impérial assassiné quelques mois plus tôt, et jette son cadavre sur un bûcher. Le corps brûle pendant six heures jusqu'à ce que les cendres soient dispersées par le vent.
En août 1917, le gouvernement provisoire d’Alexandre Kerenski évacue les Romanov à Tobolsk en Sibérie, selon lui, pour les protéger contre les débordements de la révolution. Là, ils vivent plutôt confortablement dans l’ancien hôtel particulier du gouverneur. Après la prise du pouvoir des bolcheviks en octobre 1917, les conditions de leur détention se durcissent. L’imminence de leur procès est fréquemment évoquée tandis que la famille subit régulièrement insultes et vexations : on interdit à Nicolas II de porter ses épaulettes, les sentinelles griffonnent des dessins obscènes sur la clôture pour choquer ses filles, etc. Le 1er mars 1918, la famille vit sur des rations de soldats et doit se séparer de dix serviteurs.
La guerre civile russe, opposant les révolutionnaires bolcheviks de l’Armée rouge et les Armées blanches des monarchistes partisans du retour à l'ancien régime tsariste, s’intensifie et la famille est rapatriée en deux convois (le tsar Nicolas II, la tsarine Alexandra et leur fille Maria en avril, tandis que le tsarévitch Alexis, trop malade pour accompagner, reste avec ses sœurs Olga, Tatiana et Anastasia et le groupe ne quitte Tobolsk qu’en mai 1918) dans la direction de Moscou avant de bifurquer vers l’Oural et d'être enfermés dans la maison Ipatiev à Ekaterinbourg.
La peur que des membres de la famille Romanov s'évadent ou soient exfiltrés par les Britanniques (Nicolas II étant le cousin et ami du roi du Royaume-Uni George V) a ainsi poussé les autorités russes à passer d'une résidence surveillée à Tsarskoïe Selo à une détention dans la maison Ipatiev.
Son frère, le grand-duc Michel Alexandrovitch de Russie, qui lui a succédé pour une journée en mars 1917 (sous le nom de Michel II), est également placé en résidence surveillée à Perm. Dans la nuit du 12 au 13 juin 1918, il est assassiné avec son secrétaire, sur ordre de la Tchéka. Le grand-duc Michel est le premier membre de la famille impériale à être assassiné. Du 13 juin 1918 au 30 janvier 1919, dix-huit membres de la famille impériale sont assassinés.
Au cœur de l’été 1918, le geôlier des Romanov est remplacé par le nouveau commissaire de justice Iakov Iourovski. La pression des Armées blanches sur les faubourgs de Ekaterinbourg accélère les événements : un télégramme donnant l’ordre d’exécuter les prisonniers au nom du Soviet régional de l'Oural est signé par Iakov Sverdlov. Vers minuit, le 16 juillet 1918, Iakov Iourovski ordonne au Dr Evgueni Sergueïevitch Botkine de réveiller les Romanov et leurs quatre derniers serviteurs et de leur demander de se préparer pour un voyage dont on leur tait la destination. Ils sont conduits vers une pièce dans l’entresol. L’ex-empereur fait apporter trois chaises pour son fils, sa femme et lui-même. À 3 h 15, onze hommes armés font leur apparition et le geôlier déclare :
« Nicolas Alexandrovitch, vos amis ont essayé de vous sauver, mais ils n’y ont pas réussi. Nous sommes dans l’obligation de vous fusiller. Votre vie est terminée. »
Les tirs ont lieu à bout portant. Iourovski lève son arme et tire sur Nicolas II, qui est le premier tué. Les autres bourreaux tirent jusqu’à ce que toutes les victimes tombent, leurs cris pouvant être entendus à l’extérieur. Le tsarévitch n’étant pas mort, Iourovski tire encore deux balles sur l’enfant qui gît dans une mare de sang. Les dernières survivantes (Olga, Tatiana, Maria et Anastasia, dont les diamants cousus dans leurs vêtements leur ont servi un temps de gilet pare-balle) sont sauvagement transpercées à coups de baïonnette. Les corps sont placés dans des draps et conduits en camion dans la forêt, vers un puits de mine abandonné à trente kilomètres de là, où ils sont déchargés par un peloton d’une dizaine d’hommes toujours armés. Les bourreaux découpent leurs victimes en morceaux et certains défoncent leurs visages à coups de crosse. Les corps sont ensuite dissous à la chaux et à l’acide sulfurique. Un bûcher est allumé pour brûler les victimes ; les corps n’étant pas complètement consumés sont jetés dans le puits de mine.
Le lendemain, 18 juillet 1918, Sverdlov annonce lors d’une séance du Conseil des commissaires du peuple que les prisonniers ont été exécutés sur l’ordre de l’Uralispolkom (Soviet de l'Oural) en raison de l’approche des Armées blanches tchécoslovaques. La presse nationale, sous contrôle, indique deux jours plus tard que le monarque a été tué car il projetait de s’enfuir, mais que la tsarine et ses filles sont toujours vivantes. Cette annonce suscite des interrogations sur le sort du reste de la famille qui officiellement a été évacué par les Bolcheviks (déclarations des dirigeants bolcheviks, notamment en avril 1922 du commissariat du peuple aux Affaires étrangères Gueorgui Tchitcherine).
Bien que les officiels soviétiques placent la responsabilité de la décision sur l’Uralispolkom, Léon Trotsky écrit dans son journal personnel que cet assassinat a été commis sous l’autorité de Lénine. Trotsky affirme alors dix-sept ans après les faits que les Bolcheviks ont massacré toute la famille dans le but de terroriser l'ennemi.
En 1989, le rapport de Iakov Iourovski est publié. Selon ce rapport, les unités des légions tchèques approchaient des lieux. Craignant que ces légions prennent la ville et libèrent les Romanov, les geôliers les ont exécutés, faisant valoir qu’il n’y avait pas de « retour en arrière possible ». Mais d'après ce rapport, que copie le rapport Sokholov, les corps ont été tous incinérés, ce qui expliquerait qu'on ne les ait pas retrouvés entre juillet 1918 et juillet 1919.
Liste des hommes ayant participé à l’assassinat de la famille impériale
Iakov Mikhaïlovitch Iourovski, né le 19 juin 1878 et mort le 2 août 1938 ; il se confesse le 1er février 1934 ; la même année sa fille est envoyée dans les camps de travail.
Grigori Petrovitch Nikouline, né le 27 décembre 1894 et mort en 1965, adjoint de Iakov Iourovski.
Piotr Zakarovitch Ermakov, né le 13 décembre 1884 et mort le 22 mai 1952, commandant du détachement chargé de l'exécution de la famille impériale.
Mikhaïl Alexandrovitch Medvedev, de son vrai nom Mikhaïl Koudrine, né le 30 septembre 1891 et mort en 1964 ; peu avant son décès, il offre son revolver au musée de la Révolution, un Browning portant le numéro de série 3891965, cette arme aurait été utilisée pour assassiner le tsar.