L'assassinat de Zoran Đinđić, président du gouvernement de Serbie, a lieu le 12 mars 2003 à Belgrade, en Serbie. Đinđić est abattu par un tireur d'élite alors qu'il sort de son véhicule devant l'entrée arrière du siège du gouvernement serbe.
Sa mort, tué par des personnalités liées à la mafia serbe et à l'ancien régime Milošević, provoque une crise politique et force le gouvernement à lancer une opération d'envergure contre le crime organisé.
Tout au long de sa carrière politique, Zoran Đinđić se fait de nombreux ennemis sur le territoire national, principalement en raison de son attitude pro-occidentale et de sa politique dure en matière de crime organisé. Đinđić accepte notamment l'extradition de Slobodan Milošević vers le TPIY en 2001.
Il échappe à une première tentative d'assassinat en février 2003, dans laquelle un camion conduit par Dejan Milenković (alias Bagzi), membre du gang de Zemun, un groupe du crime organisé, tente de forcer la voiture du Premier ministre à quitter la route, à Novi Beograd. Il s'en sort indemne. Milenković est arrêté, mais libéré après quelques jours seulement. Le tribunal d'instruction explique sa décision de le libérer en déclarant qu'il est un commerçant dont les affaires souffrent de son absence.
Début 2003, le milieu du crime organisé comprend qu'une opération d'ampleur contre leurs intérêts est proche, Milorad Ulemek, également connu sous le nom de Legija, ne voit pour seule solution que de faire assassiner le Premier ministre Zoran Đinđić, espérant que cela paralysera le gouvernement. Ulemek est un ancien commandant du JSO (Jedinica za specijalne operacije, Unité des opérations spéciales), fondé par les services secrets de Slobodan Milošević dans les années 1990, et utilisée sous sa présidence pour des opérations spéciales, ainsi que pour l'élimination de ses opposants politiques. Ulemek est aussi lié au puissant clan de Zemun de la mafia serbe et a été précédemment condamné à 40 ans de prison pour d'autres infractions, notamment des meurtres et des tentatives de meurtre.
Il entre en contact avec son ancien camarade Zvezdan Jovanović, surnommé Zveki, et le désigne comme le tireur qui mènera à bien cette opération.
L'assassinat est organisé et planifié par Dušan Spasojević et Milorad Ulemek. C'est ce dernier qui ordonne à Zvezdan Jovanović de procéder à l'assassinat. Celui-ci est né en 1965 dans un village situé près de la ville de Peć, en Yougoslavie. Jovanović est lieutenant-colonel au JSO et déclare avoir tué Đinđić parce qu'il le considère comme un traître envers la Serbie.
Plusieurs tentatives d'assassinat échouent ou sont abandonnées en cours du fait du refus de Jovanović ou des circonstances rendant difficiles leur réussite. Finalement, l'équipe chargée de l'assassinat commence à visiter des points d'observation permettant de réaliser un tir en direction de l'entrée arrière du bâtiment du gouvernement. Plusieurs jours avant la date prévue, il part s'entraîner en tirant sur des cibles en papier dans la forêt. Quelqu'un apporte sur les lieux de la planque une couverture et l'arme prévu : un HK G3 modifié pour en faire un fusil de précision calibre 7,62 mm. Le bâtiment où est situé Jovanović est à environ 180 mètres de sa cible.
Le matin de l'assassinat, Zoran Đinđić quitte son domicile pour se rendre au bureau, où il doit rencontrer la ministre suédoise des Affaires étrangères, Anna Lindh, et son collègue, Jan O. Karlsson. Il fait le trajet dans un convoi de voitures blindées avec plusieurs gardes du corps. Des guetteurs informent l'équipe des mouvements du convoi.
À 12 h 25 (heure d'Europe centrale), Đinđić sort du véhicule aidé d'un de ses gardes qui lui tend les béquilles qu'il utilise pour marcher. Après avoir fait quelques mètres, il est mortellement blessé par un coup de feu alors qu'il s'apprête à entrer dans le bâtiment du gouvernement serbe. La balle très puissante avec laquelle il est touché traverse son cœur et le tue presque instantanément. Selon la déclaration officielle du gouvernement, Đinđić n'est pas conscient et n'a pas de pouls à son arrivée aux urgences. Son garde du corps, Milan Veruović, est également sérieusement blessé à l'estomac par un autre coup de feu, que Jovanović a tirée pour « confirmer le coup ».
Immédiatement après la mort du Premier ministre, le gouvernement active l'état d'urgence dans toute la Serbie et lance une opération contre le crime organisé serbe, visant en particulier le puissant clan Zemun ; elle est appelée « opération Sabre ». En 42 jours, plus de 11 000 personnes sont arrêtées et interrogées, 4 000 d'entre elles sont inculpées. L'Unité des opérations spéciales (JSO), force paramilitaire faisant le lien entre les services de l'État et la mafia, est démantelée.
L'état d'urgence permet également de résoudre d'anciennes affaires non élucidées, comme la disparition forcée d'Ivan Stambolić, et de montrer la bonne volonté de la Serbie vis-à-vis du TPIY : de nombreuses personnes recherchées sont livrées au tribunal.
Zvezdan Jovanović est arrêté le 27 mars 2003 et inculpé du meurtre de Đinđić. Il garde le silence pendant la plus grande partie de son procès, mais après avoir prétendument avoué le meurtre de Đinđić, il aurait déclaré dans un rapport de police qu'il ne ressentait aucun remords pour l'avoir tué.
Dušan Spasojević et son associé, Mile Luković, sont tués par des policiers serbes lors d'un raid effectué le 27 mars 2003.
Aleksandar Simović, l'un des conspirateurs, est arrêté à Belgrade le 23 novembre 2006.
Le procès, qui dure plus de quatre ans, est marqué par de fortes pressions politiques et l'assassinat de plusieurs témoins au cours du procès. En outre, des menaces de mort visent des membres de la Chambre et des témoins coopératifs.
Le 23 mai 2007, le tribunal spécial de Belgrade pour le crime organisé déclare Simović et onze autres hommes — Milorad Ulemek, Zvezdan Jovanović, Dejan Milenković, Vladimir Milisavljević, Sretko Kalinić, Ninoslav Konstantinović, Milan Jurišić, Dušan Krsman Bezarević — coupables du meurtre prémédité de Zoran Đinđić.
En septembre 2014, le journaliste Nikola Vrzić et Milan Veruović, garde du corps de Zoran Đinđić, également grièvement blessé mais ayant survécu, publient un livre intitulé The Third Bullet (en serbe Treći metak). Le nom du livre vient de l'affirmation selon laquelle un second tireur isolé aurait tiré sur Đinđić une troisième balle, contrairement à ce que dit la version officielle. Les auteurs affirment que l'acte d'accusation (et le verdict ultérieur du procès) ne reposent pas non plus sur des preuves physiques ni sur des témoignages oculaires, mais sur une expertise non durable et sur un réseau soigneusement constitué d'aveux et de témoignages de témoins coopératifs.