Amilly est une commune française située dans le département du Loiret en région Centre-Val de Loire.
Exposée à un climat océanique altéré, elle est drainée par le canal de Briare, le Loing, le Puiseaux, le Vernisson et divers autres petits cours d'eau. La commune possède un patrimoine naturel remarquable composé de deux zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique.
La ville constitue l’un des trois pôles urbains de l’agglomération de Montargis. Elle a connu une croissance régulière depuis le XIXe siècle, grâce à l’industrie et au canal de Briare. Elle compte 13 582 habitants en 2023, après avoir connu une forte hausse de la population depuis 1962. Elle est ville-centre de l'unité urbaine de Montargis et fait partie de l'aire d'attraction de Montargis. Elle participe aujourd’hui aux pôles industriels de la région, notamment dans le secteur pharmaceutique.
Le patrimoine architectural de la commune comprend deux immeubles protégés au titre des monuments historiques. L'église Saint-Martin, construite au XVIe siècle, est inscrite en 1925. Le moulin Bardin, un moulin à eau avec roue verticale et passerelle métallique, est inscrit en 1991 (façades et toitures ; roue ; passerelle).
Une maison construite en 1967 par l’architecte Jacques Lavot et l’ébéniste Foessel est labellisée architecture contemporaine remarquable en 2019.
La commune d'Amilly se trouve dans le quadrant nord-est du département du Loiret, dans la région agricole du Gâtinais pauvre. À vol d'oiseau, elle se situe à 64,7 km d'Orléans, préfecture du département, et à 3 km de Montargis, sous-préfecture. La commune fait partie du bassin de vie de Montargis.
La commune est limitrophe de neuf communes : Conflans-sur-Loing (2,9 km), Montargis (3 km), Mormant-sur-Vernisson (3,8 km), Châlette-sur-Loing (4,8 km), Villemandeur (4,8 km), Saint-Germain-des-Prés (6,4 km), Paucourt (6,9 km), La Chapelle-Saint-Sépulcre (7,4 km) et La Selle-en-Hermoy.
L’altitude va de 86 à 139 m. La vallée du Loing marque un creux au sud-ouest de la commune, et la ville surplombe la vallée. La forêt se situe à l’ouest d’un vaste plateau calcaire. Le sol présente des trous localisés ou dolines liés à l’érosion du calcaire, 61 mares étaient répertoriées en 1994.
La commune se situe dans le sud du Bassin parisien, le plus grand des trois bassins sédimentaires français. Cette vaste dépression, occupée dans le passé par des mers peu profondes et des lacs, a été comblée, au fur et à mesure que son socle s’affaissait, par des sables et des argiles, issus de l’érosion des reliefs alentours, ainsi que des calcaires d’origine biologique, formant ainsi une succession de couches géologiques.
Les couches affleurantes sur le territoire communal sont constituées de roches sédimentaires datant du Cénozoïque, l'ère géologique la plus récente sur l'échelle des temps géologiques, débutant il y a 66 millions d'années, et du Mésozoïque, anciennement appelé Ère secondaire, qui s'étend de −252,2 à −66,0 Ma. Les plus anciennes sont de la craie blanche à silex remontant à la période Crétacé. Les plus récentes sont des alluvions récentes des lits mineurs remontant à l’époque Holocène de la période Quaternaire. Le descriptif de ces couches est détaillé dans la feuille « n°365 - Montargis » de la carte géologique harmonisée au 1/50 000ème du département du Loiret et sa notice associée.
La superficie cadastrale de la commune publiée par l’Insee, qui sert de références dans toutes les statistiques, est de 40,26 km2. La superficie géographique, issue de la BD Topo, composante du Référentiel à grande échelle produit par l'IGN, est quant à elle de 40,32 km2. L'altitude du territoire varie entre 86 m et 139 m.
La commune est traversée par le Canal de Briare (4,546 km) et le Loing (5,054 km). Le réseau hydrographique communal, d'une longueur totale de 23,05 km, comprend deux autres cours d'eau notables, le Puiseaux (0,145 km) et le Vernisson (2,013 km), et onze petits cours d'eau dont un bras de du Loing (0,905 km), un bras de l'Ouanne (1,708 km), le cours d'eau 01 de la Commune d'Amilly (0,058 km), le fossé 01 de la Justice (2,009 km), La Galissone (2,298 km), les Puiseaux (0,038 km), un bras du Loing (0,304 km) et un bras du Puiseaux (0,222 km) et le canal 01 de la Nivelle (0,589 km).
Le canal de Briare permet à la navigation de relier les fleuves de Loire et de Seine et est un des plus anciens canaux de France et le premier de type canal à bief de partage, prototype de tous les canaux modernes. Avec les 54 km de son parcours et ses 38 écluses, en suivant principalement les vallées du Loing côté Seine et de la Trézée côté Loire, il relie le canal du Loing, depuis le hameau de Buges dans le Loiret (non loin de Montargis), à la Loire et au canal latéral à la Loire à Briare. Le canal est géré par VNF.
Le Loing, d'une longueur totale de 142,7 km, prend sa source à Sainte-Colombe-sur-Loing, arrose la Puisaye et le Gâtinais et se jette dans la Seine à Moret-Loing-et-Orvanne. La station hydrométrique la plus proche de la commune est celle de Montargis, pont de Tivoli. La hauteur maximale a été atteinte le 20 janvier 1910 avec 3,16 m.
Le Puiseaux, d'une longueur totale de 37,1 km, prend sa source dans la commune des Choux et se jette dans la Loing à Chalette-sur-Loing, après avoir traversé 12 communes. Sur le plan piscicole, le Puiseaux est classé en deuxième catégorie piscicole. L'espèce biologique dominante est constituée essentiellement de poissons blancs (cyprinidés) et de carnassiers (brochet, sandre et perche).
Le Vernisson, d'une longueur totale de 37,1 km, prend sa source dans la commune de La Bussière et se jette dans le canal 01 des Bonnins à Montargis, après avoir traversé 11 communes. Sur le plan piscicole, le Vernisson est également classé en deuxième catégorie piscicole.
La commune a connu une inondation par remontée de nappe phréatique du 1er septembre au 31 décembre 2010, mais n'a pas été reconnue en état de catastrophe naturelle.
Plusieurs études ont été menées afin de caractériser les types climatiques auxquels est exposé le territoire national. Les zonages obtenus diffèrent selon les méthodes utilisées, la nature et le nombre des paramètres pris en compte, le maillage territorial des données et la période de référence. En 2010, le climat de la commune était ainsi de type climat océanique dégradé des plaines du Centre et du Nord, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) s'appuyant sur une méthode combinant données climatiques et facteurs de milieu (topographie, occupation des sols, etc.) et des données couvrant la période 1971-2000. En 2020, le climat prédominant est classé Cfb, selon la classification de Köppen-Geiger, pour la période 1988-2017, à savoir un climat tempéré à été frais sans saison sèche. Par ailleurs Météo-France publie en 2020 une nouvelle typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat océanique altéré et est dans la région climatique Nord-est du bassin Parisien, caractérisée par un ensoleillement médiocre, une pluviométrie moyenne régulièrement répartie au cours de l’année et un hiver froid (3 °C). Elle est en outre dans la zone H1b au titre de la réglementation environnementale 2020 des constructions neuves.