L'abbaye Saint-Germain-des-Prés (Sancti Germani de pratis), qui comprend l'actuelle église Saint-Germain-des-Prés, est une ancienne abbaye bénédictine de Paris (France), située 3 place Saint-Germain-des-Prés dans l'actuel 6e arrondissement. Fondée au milieu du VIe siècle sous le nom de basilique Sainte-Croix et Saint-Vincent par le roi mérovingien Childebert Ier et saint Germain, évêque de Paris, elle doit son nom actuel à ce dernier.
C'est une abbaye royale, qui bénéficie donc d'une exemption et est directement soumise au pape. La première église abbatiale est consacrée le 23 avril 558 à la Sainte Croix et à saint Vincent de Saragosse. Cette basilique possédait des colonnes de marbre, un plafond lambrissé et des fenêtres vitrées. Elle est nécropole royale jusqu'à la création de celle de la basilique Saint-Denis et les reliques de saint Germain y sont vénérées, mais plus aucune sépulture médiévale ne subsiste et les reliques se sont considérablement amoindries.
L'église est rebâtie par l'abbé Morard, à partir de la fin du Xe siècle. Les quatre premiers niveaux du clocher occidental, la nef et le transept de l'église actuelle remontent à cette époque, dans lesquels on peut notamment voir d'intéressants chapiteaux d'autour de l'an mil. Le chœur actuel est construit au milieu du XIIe siècle dans le style gothique primitif et consacré par le pape Alexandre III le 21 avril 1163. C'est l'un des premiers édifices gothiques, qui contribue à la diffusion de ce nouveau style et est de toute première importance sur le plan archéologique. Les bâtiments conventuels sont reconstruits successivement au cours du XIIIe siècle, et une chapelle abbatiale inspirée par la Sainte-Chapelle est édifiée par l'architecte Pierre de Montreuil puis dédiée à la Vierge ; l'ensemble est démoli au début du XIXe siècle.
L'instauration de la réforme mauriste en 1630 fait de l'abbaye un centre de l'érudition d'un grand rayonnement. Mais la Révolution impose la suppression de la totalité des abbayes et, pour Saint-Germain-des-Prés, la fin survient le 13 février 1792. L'église devient bientôt une manufacture de salpêtre et le culte n'y est rétabli que le 29 avril 1803. Depuis lors, l'église est exclusivement paroissiale. Entre 1821 et 1854, l'église, mise à rude épreuve sous la période révolutionnaire, est restaurée par les architectes Étienne-Hippolyte Godde et Victor Baltard. Elle est classée aux monuments historiques par la liste de 1862 et les vestiges de l'abbaye sont inscrits par l'arrêté du 26 octobre 1953. L'église Saint-Germain-des-Prés est la plus ancienne des grandes églises parisiennes.
Le quadrilatère compris entre les rues de l'Échaudé, Gozlin, Saint-Benoît et Jacob marquent les limites l'enclos de l'abbaye de Saint-Germain-des-Prés.
Avant la fondation de l'abbaye, se trouvait à son emplacement, à l'époque romaine, un lieu de culte. Aucune preuve n'existe qu'il ait été dédié à Isis. Ce lieu de culte profitait d'une position légèrement plus haute qu'aux alentours (un « mamelon » aujourd'hui invisible, car en partie arasé) à l'abri des crues annuelles, car ce temple se trouvait alors le long d'une route allant vers l'ouest qui longeait la Seine à bonne distance (grosso modo à la hauteur du boulevard Saint-Germain), hors des zones humides connues au Xe siècle sous le nom de « Clos de Laas ». Cette voie rejoignait ensuite le passage du fleuve par ce qui est aujourd'hui la rue Saint-André-des-Arts.
L'époque mérovingienne (481-751) : la fondation
Afin de glorifier la tunique de saint Vincent et une croix d'or de Tolède, reliques ramenées de Saragosse à la suite d'une expédition en 542, Childebert Ier, fils de Clovis et roi mérovingien, fit construire une basilique qui fut placée sous la double protection de saint Vincent et de la Sainte Croix et dénommée basilique Sainte-Croix et Saint-Vincent. Il fera également une donation des terres du « clos de Laas » à cette dernière en 553 et lui cède toutes les pêcheries qui sont sur la Seine, depuis le pont de la Cité jusqu'au point où le ruisseau, appelé Savara, se jette dans ce fleuve. Elle fut consacrée vers 558 par l'évêque de Paris, Germain, ancien moine de l'abbaye Saint-Symphorien de Saint-Pantaléon (Saône-et-Loire) dont il fait venir les moines en 543.
Dans une charte du 6 décembre 558, Childebert Ier annonce « J'ai commencé de construire une église », ce qui permet de dater la fondation du monastère aux environs de 557. Le souverain mérovingien y fut inhumé le 23 décembre 558 entre les 2e et 3e piliers sud, puis, à sa suite, plusieurs membres de la famille royale des Mérovingiens de Paris : Chilpéric Ier en 584, Frédégonde en 598, Clotaire II en 628, Childéric II en 673 et son épouse Bilichilde, morte en 679. Les corps, entourés d'un suaire ou vêtus, furent déposés dans des tombeaux placés dans le chœur des moines ; ainsi, l'abbaye de Saint-Germain-des-Prés fut, avant l'abbaye de Saint-Denis, et après celle de Sainte-Geneviève, nécropole royale. L'évêque Germain, lui, avait été enterré dans la chapelle Saint-Symphorien, à côté de l'église le 28 mai 576 alors qu'il avait fait don de son alleu de Bitry.
Dès le VIe siècle, un monastère s'installa à côté de l'église. Son premier abbé fut saint Doctrové († vers 580), qui assura la mise en œuvre du service liturgique de l'église, où son corps fut déposé à sa mort. À partir du VIIe siècle, le nom de Saint-Germain fut associé à celui de Saint-Vincent.
L'époque carolingienne (751-987)
En 756, en présence de Pépin le Bref et de son fils Charles, futur Charlemagne, le corps de saint Germain est transféré de la chapelle Saint-Symphorien dans l'église même, derrière l'autel principal, en raison de l'affluence des pèlerins qui venaient lui rendre hommage. L'importance du cimetière, mis au jour à côté de l'église en 1876, s'explique aussi par ce désir de rapprochement de la sépulture de Saint-Germain. L'église est désormais uniquement connue sous le nom d'église Saint-Germain-des-Prés. Ornée d'un sol en mosaïque, de hautes colonnes de marbre supportant des arcades, de peintures à fond d'or sur les murs, son toit revêtu de cuivre doré répand une lumière dorée, ce qui lui vaut d'être longtemps appelée « Saint-Germain-le-doré ».
L'abbaye parisienne dispose alors d'un vaste réseau spirituel et économique le long des grandes voies de communication terrestres et fluviales de l'empire carolingien, depuis la vallée de la Seine jusqu'à la Belgique, la Suisse, en passant par la Bourgogne et le Morvan.
L'abbaye, largement et richement dotée de terres à cette période (le polyptyque d'Irminon, rédigé autour de 823-828, en donne une idée), est assaillie à plusieurs reprises par les Normands dès 845, puis en 856 et n'est sauvée du saccage que contre le paiement d'une importante rançon. Mais en 861, un incendie détruit l'abbatiale. Restaurée en 869, elle est à nouveau occupée par ceux-ci lors du siège de Paris (885-887), dont le déroulement nous est connu par le récit qu'en fit un moine de l'abbaye, Abbon de Saint-Germain-des-Prés. Les bâtiments sont pillés, saccagés, puis brûlés, marquant la destruction de l'œuvre de Childebert. Les reliques de Saint-Germain, mises plusieurs fois à l'abri des murailles de Paris, retrouvent leur place en 888.
L'époque des Capétiens directs (987-1328)
L'abbé Morard (990-1014) rebâtit l'église et sa tour vers l'an mil : cette dernière était expressément mentionnée dans son épitaphe, conservée dans l'église actuelle, mais la datation des chapiteaux de la nef est contestée. En même temps que le clocher-porche terminé en 1014, deux tours encadrent le chevet : elles sont quasiment détruites au XIXe siècle.
Les études dendrochronologiques de la charpente de la nef ont donné une date d'abattage des bois comprise entre 1018 et 1038. Cette période de construction de la nef est confirmée en rapprochant sa réalisation d'ensembles sculptés comme la tour-porche de l'abbatiale de Saint-Benoît-sur-Loire. Cette construction a dû être largement commanditée par Robert II le Pieux. Cette construction royale s'est traduite par l'usage de la pierre de taille, encore rare à l'époque, et par l'utilisation de certains thèmes mythologiques pour les chapiteaux, comme Hercule et la biche de Cérynie qui relève d'une culture savante encore courante dans le milieu monastique du XIe siècle. D'autres chapiteaux renvoient aux débats théologiques de cette période.