L'abbaye de Saint-Claude — appelée monastère de Condat à son origine puis abbaye de Saint-Oyand de Joux au Moyen Âge — est une ancienne abbaye bénédictine située à Saint-Claude dans le massif du Jura qui a existé du Ve au XVIIIe siècle et dont il ne reste plus que des vestiges.
Un premier ermitage est fondé vers 420 par saint Romain et saint Lupicin au confluent de la Bienne et du Tacon dans le sud du massif du Jura : la particularité du lieu donne son nom à l'institution que l'on désigne comme le monastère de Condat (le mot signifiant en effet « confluence »). Le rôle majeur joué par saint Oyand, abbé qui transforme vers l'an 500 la fondation des Pères du Jura en vrai monastère, conduit à un culte du saint qui s'établit aux VIIe et VIIIe siècles et on désigne dès lors le monastère sous le nom de Saint-Oyand de Joux (orthographié aussi avec des variantes comme Oyend) qu'il conserve jusqu'à la fin du Moyen Âge. Cependant, on découvre en 1160 le corps intact de saint Claude décédé plus de quatre siècles auparavant en 699 : abbé renommé de Saint-Oyand à la fin du VIIe, il y avait fait évoluer la règle monastique vers celle de saint Benoît. Cette découverte initie un culte du saint thaumaturge et un pèlerinage qui deviendra très important (le roi Louis XI s'y rend en 1456 et 1482). Le nom de Saint Claude est alors associé à celui de Saint-Oyand puis finit par supplanter l'ancienne dénomination à l'époque moderne.
L'abbaye est enrichie par les donations et par les pèlerinages qui développent la ville et font naître un important artisanat religieux : elle possède nombre de prieurés et d'églises ou chapelles dans plusieurs évêchés qui constituent la puissante « Terre de Saint-Claude » et conservera son indépendance en étant directement rattachée au Saint-Siège. Dès le XIVe siècle les riches moines nobles de Saint-Claude ne respectent plus la règle bénédictine et en 1510 le régime de commende s'installe. Malgré les tentatives de réforme le relâchement monastique perdure et les conflits entre les moines et les prieurs conduisent à la sécularisation de l'abbaye en 1742 : elle est transformée en chapitre de 16 chanoines dirigés par quatre dignitaires dont un prieur. Une réorganisation ecclésiale en profondeur est entreprise dans le même temps avec la création du nouvel évêché de Saint-Claude pour « procurer à l'Église une sentinelle vigilante aux portes mêmes de Genève » et l'église abbatiale devient la cathédrale de Saint-Claude. Le chapitre de Saint-Claude y est rattaché et défend victorieusement ses droits seigneuriaux comme la mainmorte sur les serfs du Haut-Jura qui malgré l'implication de Voltaire et de l'avocat Cristin ne seront affranchis que par la Révolution lors de la Nuit du 4 août 1789 ; l'abolition réelle n'entrant en vigueur qu'après les décrets d'application du 15 mars 1790.
Le 10 octobre 1789 la Constituante « met les biens de l’Église à la disposition de la nation » et les mainmortables de la Terre de Saint-Claude deviennent propriétaires des biens dont ils étaient les usufruitiers. L'évêque refuse la Constitution civile du clergé et s'exile, puis le 20 août 1790 la Constituante supprime les institutions religieuses et un décret municipal du 23 octobre 1790 l'applique au chapitre de la cathédrale. Les maisons canoniales et les bâtiments de l'abbaye sont vendus comme biens nationaux en octobre 1791 et disparaissent comme tels. Ne subsiste que l'ancienne église abbatiale devenue la cathédrale en 1742.
Le monastère primitif est désigné sous les noms de Condadisco, Monasterium Condatescensis ou Condatense signifiant « Confluent », et relié au lieu où s'établirent les Pères du Jura, fondateurs d'un ermitage aux temps mérovingiens au confluent de la Bienne et du Tacon. La renommée de saint Oyand qui fit de l'ermitage une véritable fondation monastique à la fin du Ve siècle entraîne la nouvelle dénomination de Saint-Oyand-de-Joux, cette titulature est attestée dans les sources à compter du VIIIe siècle et prévaut durant tout le Moyen Âge avec des variantes orthographiques.
Le développement du culte de Saint Claude à partir du XIIe siècle va induire un nouveau changement de nom qui apparaît au XIIIe siècle et s'impose à l'époque Moderne. La « Terre de Saint-Claude » est mentionnée dès 1466 et la titulature « abbaye de Saint-Claude » (« Monasterium sancti Claudii », parfois avec une précision géographique « Saint-Claude au Mont Jura ») commence à être utilisée dans les textes officiels au XVIe siècle comme (en 1538 arrêt de Charles-Quint, deux documents de la fin du XVIe (1574 et 1589). C'est cette dénomination que retiennent la plupart des auteurs d'une Histoire de l'abbaye.
Au début du Ve siècle, à l'âge de 27 ans, Romain de Condat, originaire d'Izernore dans le Haut-Bugey, est rejoint par son frère Lupicin de Lauconne dans son voyage au cœur des forêts du Jura en quête de spiritualité. Ils se dirigent en direction de Moirans-en-Montagne mais le lieu ne les satisfait pas. Ils décident de descendre jusqu'à la Bienne et de continuer en direction de Jeurre, déjà habité à cette époque, car c'était un point fortifié par les Romains pour contrôler le passage vers l'Helvétie. Arrivé aux alentours de Saint Claude, nommé alors Condat (qui signifie en celte, confluent, car situé au lieu où se rejoignent le Tacon et la Bienne), ils y fondent un ermitage à l'ombre d'une grotte et auprès d'un ruisseau nommé "la Rochette". Bientôt rejoint par d'autres, ils construisent des cellules au pied d'une petite colline et décident d'élaborer des règles de vie en s'inspirant de celles de saint Basile, de saint Pacôme et de l'œuvre de Cassien (cette règle prescrit un jeûne rigoureux autorisant la consommation de lait et d'œufs, ne laissant la viande qu'aux malades, les moines observent un silence presque continuel et la journée est consacrée au travail) ; la règle des bénédictins, ou moines noirs, ne sera appliquée qu'à la fin du Xe siècle. Leur communauté s'agrandissant très vite, ils se lancent dans l'édification de granges monastiques (probablement à Étables, Villard-Saint-Sauveur, Septmoncel et Cinquétral) destinées à l'exploitation agricole des terres défrichées, puis plus tard d'un deuxième lieu de culte à Saint-Lupicin, alors nommé Lauconne, dont Lupicin de Lauconne devient le premier abbé.
L'entretien de deux monastères et des nombreux moines qu'ils abritent devenant difficile dans ces contrées désertes, les deux frères accompagné d'un disciple nommé Pallade partent au devant du roi Chilpéric alors à Genève pour solliciter son aide : "Prince, nous sommes les serviteurs du grand Dieu, avec son aide, nous avons pénétré au milieu de la forêt du Jura, pour y vivre dans l'état monastique. Seuls d'abord, et uniquement appliqués à nos saints exercices, nous n'avons pas tardé à voir arriver auprès de nous, des divers points de la contrée, une jeunesse nombreuse et animée du plus vif désir de servir Dieu dans la solitude, il nous a fallu céder à leurs instances réitérées. Devenus les pères de ces ouailles que le divin Pasteur nous a confiées, nous leur donnons la nourriture spirituelle ; mais comme nous n'avons ni terres, ni revenus, la nourriture corporelle leur manque quelquefois, et c'est pourquoi nous avons recours à votre libéralité". Le monarque fit don de terres, d'une dotation annuelle de blé, de vin et de cent sous d'or. De là les trois hommes se dirigèrent vers Agaune, alors simple sanctuaire, pour vénérer les reliques des martyrs de la légion thébaine. Avant d'entreprendre le voyage de retour la légende raconte que Romain fonda le monastère de Romainmôtier.
À l'image de ses frères, Iole (ou Yole), qui veut également consacrer sa vie à servir Dieu, vient rejoindre l'abbaye de Condat où ils la reçoivent et l'installent comme abbesse au monastère de la Balme, ou la Baume, à Pratz, autrefois nommé Saint-Romain-de-Roche. Les moniales se doivent de vivre dans la plus sévère retraite, elles ne peuvent pas même recevoir leurs parents, ni leur écrire. C'est ce lieu qui recevra la dépouille de saint Romain, conformément à son vœu, avant qu'elle ne rejoigne Saint-Claude lors de la destruction de la Balme ; son frère sera inhumé à Saint-Lupicin où, en 1689, lors du déplacement du maître-autel, il fut découvert une tombe contenant des ossements et une lame de plomb sur laquelle était gravé : "hic requiescit beatus Lupicinus abbas (ici repose le bienheureux Lupicien, abbé)".