L'abbaye Saint-Martin d'Autun est un ancien établissement religieux de bénédictins fondé au VIe siècle près d'Autun dans l'actuelle Saône-et-Loire, Bourgogne, par la reine Brunehaut et l'évêque d'Autun saint Syagre.
Son rayonnement et ses richesses ont été considérables, s'étendant bien au-delà de la Bourgogne.
Elle se trouvait dans le finage de Saint-Pantaléon au nord-est et hors des fortifications de la ville d'Autun, à 400 mètres de la porte romaine de Saint-André, sur la rive droite de l'Arroux, en bordure nord des voies romaines d'Autun à Langres, Beaune et Besançon.
À l'époque mérovingienne sont fondées les trois premières abbayes royales d'Autun par la reine Brunehaut et l'évêque d'Autun Syagre, en 589. Elles reçurent en leurs murs plusieurs des participants aux différents conciles tenus à Autun en 650, 1065, 1077, 1094.
Saint-Martin d'Autun fut construite à l'endroit d'un temple païen que saint Martin, évêque de Tours, détruisit. La nouvelle construction utilisa une grande partie des matériaux en place. Sa superficie totale semble avoir été d'environ 12 hectares. Elle dépendait directement du pape.
Devant héberger 300 moines, sa fondatrice la pourvut largement.
En 602, le pape Grégoire le Grand adresse aux trois abbayes royales une lettre de privilège dont la suivante à Loup, abbé de Saint-Martin : Lettre accordée à Loup, prêtre et abbé…, église qui a été construite dans les faubourgs d'Autun par Syagrius, évêque de bonne mémoire et par notre fille très excellente la reine sus-dite.
Le Missel gothique de l'abbaye de Saint-Symphorien d'Autun donne à entendre que le clergé de cette abbaye, qui étendait autrefois les processions des Rogations jusqu'à la ville, ne visitait plus au VIIIe siècle que les églises situées hors les murs : Saint-Martin, Saint-Étienne et Saint-Pierre l'Estrier.
Elles furent saccagées par les raids des Sarrasins en 731 et par les Aquitains vers 760. Elles connaîtront un regain d'activités par le développement de la ville et la création du duché de Bourgogne à la fin du IXe siècle et par l'arrivée des reliques de saint Lazare dans la cité épiscopale au début du XIIe siècle et les réformes de Benoît d'Aniane, en 817, que l'abbaye de Saint-Martin d'Autun adopte vers 859, à la demande de Charles le Chauve, qui en confie la réalisation au comte Badillon. Celui-ci va à l'abbaye de Saint-Savin-sur-Gartempe, fille d'Aniane, et revient avec 18 moines dont Arnuphe, qui devient l'abbé de la communauté réformée et Hugues de Poitiers, qui deviendra abbé d'Anzy-le-Duc.
Mais les luttes intestines des princes étaient un bon prétexte pour piller les richesses des abbayes. Ils avaient beau jeu de s'attaquer à des gens sans grande défense et de plus partisans du roi avec lequel ils étaient en brouille constante. Elle était occupée par ces moines aquitains venus de Glanfeuille après s'être arrêtés quelque temps à Poitiers. Parmi eux figurait en première ligne la famille du comte d'Autun expulsé : Bernard de Gothie. C'est Badilon d'origine Aquitaine qui les avait attirés à Autun. Sa famille et celle du comte déchu étaient favorables aux monastères et les avaient aidés à développer leur influence dans différents lieux des colonies (un Badilon, neveu du restaurateur de l'abbaye est moine à Saint-Martin). Les bienfaits conférés à l'abbaye par Badilon décidèrent les moines de Saint-Martin à le choisir comme abbé, à la mort d'Arnulf. Il réussit à faire restituer quelques terres à l'abbaye. En 877, Charles le Chauve lui fait une donation pour l'abbaye (charte IV avec Verrière et Neuvy). En 878 et 879, passage des Sarrasins. Le siège d'Autun offrait à Bernard de Gothie une occasion de se venger du roi qui l'avait dépouillé de son comté d'Autun et du Pape qui l'avait excommunié. Il s'en prit à l'évêque Adalgaire et mit les églises à nu. Boson, qui venait de trahir le roi en s'accordant une première fois avec Bernard de Gothie, finit par se fâcher avec lui et outrepassa les ordres en revendiquant pour lui le comté d'Autun qu'il devait remettre à Théodorik. Ce fut la médiation de Hugues l'Abbé qui parvint à l'accord : Boson reçut la ville et le comté d'Autun et Théodorik les abbayes dont Saint-Martin d'Autun, en 879.
À peine reconstruite et consacrée, le vieux Badilon vit périr en un instant l'œuvre de sa vie. Les nouveaux destructeurs étaient de ses anciens amis au Palais, qui l'avaient autrefois aidé dans une œuvre sacrifiée à leur ambition. La Charte VI, qui sur ce point supplée au silence des chroniques, parle de pseudo-chrétien. Le 15 octobre 879, Boson reçoit à Mantaille le titre de roi de Bourgogne et de Provence. L'événement fait arriver à Autun les forces royales en 880, Louis et Karloman s'emparent du comté. Boson est tué. L'abbaye de Saint-Martin, ruinée depuis plus d'un an, ne put profiter de ces réparations ; elle restera encore 5 ans sous les ruines. C'est en 885, que Charles le Gros, resté seul souverain, après la mort de Louis III et de Karloman ses frères, renouvela l'exemple de Charles le Chauve et entreprit de la relever. Il confia cette œuvre à un moine nommé Grégoire. Des religieux chassés d'Aquitaine par crainte des Normands qui assiégeaient sans cesse le pays y furent recueillis. Ils suivaient comme les précédents la règle de saint Benoît. Charles le Gros nomma Grégoire abbé à vie mais à sa mort les moines devaient rentrer dans leur droit d'élection, l'empereur leur garantit cette franchise. Il confirma le privilège apostolique par lequel saint Grégoire avait déclaré l'abbaye indépendante de tout pouvoir temporel.
Il lui rendit les terres de la Celle, Verrière, Thil sur Arroux, au territoire d'Autun ; Chambord en Nivernais ; Girolles près d'Avallon ; Bargemeont dans le pays de Fréjus, les bénéfices de Robert, Aymulf, Balduf, Gottedeus, seigneurs inconnus appartenant à la féodalité de second rang qui n'oubliait pas de faire sa part dans les luttes des grands. Il obligea les tenanciers de l'abbaye à payer exactement la none et la dîme et les obligea à concourir à sa reconstruction proportionnellement à l'importance de leur bénéfice.
Un des moines de l'abbaye deviendra célèbre, il s'agit de Bernon. Fils, probablement, du comte Audouin, seigneur de Gigny, il accompagne les religieux de l'abbaye pour aller prêcher la réforme à l'abbaye de Baume-les-Messieurs, vers 888, et quittera l'abbaye, pour fonder l'abbaye de Gigny, vers 890 et devenir abbé du monastère de Baume et de Gigny et sera appelé par Guillaume Ier d'Aquitaine pour fonder et devenir le premier abbé de l'abbaye de Cluny, le 11 septembre 910.
Le 6 avril 924, le roi Raoul, la reine Emma, figurent dans un diplôme en faveur de l'abbaye de Saint-Martin d'Autun. Le roi Raoul confirmera les biens de l'abbaye de Saint-Martin d'Autun en pays Viennois, à Fréjus et à Vaison-la-Romaine.
En décembre 1058, le pape Nicolas II, venant d'être élu donne, par une bulle, le privilège à l'abbaye de ne dépendre que du Saint-Siège.
Innocent II viendra en 1130 dédicacer l'église construite pour recevoir les reliques qui deviendra la deuxième cathédrale de la cité. En 1161, l'abbé Bernard II, obtient la reconnaissance par l'évêque de Nevers, Bernard de Saint-Saulge de la propriété de 20 églises dans son diocèse, dont au hameau de Commagny (prieuré), au finage de Moulins-Engilbert, et au hameau de James (chapelle). Pendant que le pape Alexandre III, confirme le prieur de l'abbaye dans les privilèges du prieuré Saint-Hilaire de Commagny. En 1191, Eudes III de Bourgogne, qui n'est pas encore duc, prend sous sa protection les hommes, terres et animaux de l'abbaye.
En 1236 l'abbaye décide de clore de murs le monastère. Guillaume, prieur, du prieuré Saint-Martin de Thil-sur-Arroux, un des plus riches établissements de l'abbaye, s'oblige à solder 20 livres pour sa part de la clôture de l'abbaye. Au Concile de Lyon de 1245, le pape Innocent IV, délivre à l'abbaye de Saint-Martin, plusieurs bulles, dont deux l'exemptant de payer aucune provision et une troisième autorisant les moines à hériter, sauf de fiefs. En 1250, les moines de l'abbaye Saint-Germain d'Auxerre s'associent avec ceux de Saint-Martin d'Autun. En 1253, Jean II de La Roche Milay, sire de Châtillon-en-Bazois, neveu de Odon de La Roche Milay, qui a des démêlés avec l'abbé de Cluny, part délivrer Guy de La Perrière, sieur de La Roche Milay de la prison des chanoines d'Autun. Le pape Alexandre IV, par une bulle du 4 décembre 1255, commet l'abbé de l'abbaye Saint-Martin de Nevers, pour examiner un rescrit de Rome, obtenu par l'évêque d'Autun, Girard de La Roche de Beauvoir, touchant l'exemption de Saint-Martin d'Autun, sans avoir déclaré qu'il y avait un litige à ce sujet entre les parties. Ce qui sera bientôt annulé par une nouvelle bulle du pape le 30 décembre 1255. En mars 1256, une transaction interviendra entre l'évêque Girard de La Roche de Beauvoir, qui obtient le droit de visiter le monastère une fois dans la vie de l'abbé, sans aucun droit de réforme. Il faudra au pape Alexandre IV par un bref de 1256, commettre le cardinal de Saint-Laurent, puis celui de Sainte-Sabine pour accorder les deux parties. Et finalement une transaction interviendra dans le courant de l'année où l'évêque visitera le couvent, seul et une seule fois dans la vie de l'abbé, sans pouvoir ni boire ni manger ou dormir sur place. Le 60e évêque de Nevers Robert II de Marzy (vers 1262-1272), reçut en 1267 une bulle du pape Clément IV, le commettant pour bénir l'abbé de l'abbaye Saint-Martin d'Autun, Michel de Meursault, l'évêque d'Autun Girard de La Roche de Beauvoir ayant refusé de le faire.