L'année 399 est une année commune qui commence un samedi.
19 mars : les comtes Gaudentius et Jovius ordonnent la destruction des temples et des statues païennes à Carthage.
Printemps : révolte des auxiliaires du goth Tribigild à Nacoleia en Phrygie. Le chef goth Gaïnas et le général Léon, ami personnel d'Eutrope, sont envoyés contre lui. Tribigild pille la Pisidie, puis est d'abord vaincu en Pamphylie, mais parvient à se dégager et bat Léon qui est tué, tandis que Gaïnas, chargé de protéger les rives du Bosphore, s’allie aux déserteurs de Tribigild, ce qui provoque la chute d'Eutrope.
Fin juillet : disgrâce d'Eutrope, chassé du pouvoir par Eudoxie. Il se réfugie dans la cathédrale Sainte-Sophie, sous la protection du patriarche Jean Chrysostome, qui prononce un discours célèbre sur la vanité. Eutrope est exilé à Chypre, puis ramené à Chalcédoine à la fin de l'année pour être jugé et exécuté.
14 août : Yazdgard Ier monte sur le trône de Perse. Marié avec une juive, il est tolérant envers le christianisme et entretient de bonnes relations avec les Romains.
17 août : édit adressé à Aurélianus, le nouveau préfet du prétoire d'Orient à Constantinople, prononçant la déchéance d'Eutrope et la confiscation de ses biens. Aurélianus se place en opposant de Gaïnas.
27 août : Arcadius rappelle à Aurélianus qu'il est interdit d'offrir des Jeux le dimanche, sauf en cas d'anniversaire impérial.
26 novembre : mort du pape Sirice.
27 novembre : début du pontificat de Anastase Ier (fin en 401). Il réussit à réconcilier les Églises de Rome et d’Antioche.
Concile de Constantinople : Épiphane de Salamine et d'autres évêques condamnent la doctrine d'Origène.
Fermeture des écoles impériales de gladiateurs à Rome.
Le moine bouddhiste chinois Faxian quitte la Chine et se rend en Inde pour y chercher des manuscrits.
19 janvier : Pulchérie, impératrice d'Orient.
Genséric, roi des Vandales (ou en 389).
27 décembre : Fabiola, célèbre pour avoir ouvert un hôpital pour les pauvres à Ostie.
Aurelius Arcadius Charisius, jurisconsulte romain.
Eutrope, ex-favori de l'empereur Arcadius, exécuté.
Évagre le Pontique, moine égyptien, le premier à donner une liste des péchés capitaux.