L'année 1899 est une année commune qui commence un dimanche.
18 mai : ouverture de la première conférence de la paix à La Haye, proposée par le tsar pour le règlement pacifique des différends entre les puissances. Les vingt-six États représentés se sépareront sans grands résultats, si ce n’est la création d’une Cour internationale d’arbitrage sous la pression de la Russie et de la Grande-Bretagne (fin le 29 juillet).
1er janvier : le lieutenant-colonel Klobb atteint Gao et y édifie un fort, ainsi qu'à Ansongo, ville située en aval sur le Niger.
13 janvier : début des exactions de la mission Voulet-Chanoine, qui incendie le village de Sanssané-Haoussa.
16 janvier : le gouverneur du Kamerun Jesko von Puttkamer attribue une concession de 9 millions d’hectares dans le bassin de la Sangha à la compagnie du Sud-Cameroun (Gesellschaft Süd-Kamerun), une société germano-belge.
12 mars : la voie ferrée atteint Toukoto, à mi-chemin entre Kayes et Bamako.
23 mars, Somalie : le vice-consul du Somaliland britannique écrit une lettre insultante à Sayyid Mohammed (Mohammed Abdullah Hassan), lui demandant de déposer les armes. En août, Sayyid Mohammed, « le Mollah fou », se proclame Mahdi à Burao et déclare la guerre sainte contre les infidèles. Pendant 21 ans, il tient en échec les armées éthiopiennes, italiennes et britannique et mène une guerre sanglante et sans merci. La rébellion ne pourra être réduite qu’après sa mort à Imi de la grippe espagnole, le 23 novembre 1920.
4 avril : le roi du Bunyoro, Kabarega, et le roi du Buganda, Mwanga II, sont capturés et exilés aux Seychelles par les Britanniques.
16 avril : la mission Voulet-Chanoine attaque Lougou, le village de la reine Sarraounia, de la tribu des Azna, près de Dogondoutchi au Niger, qui résiste.
9 mai : la mission Voulet-Chanoine prend la ville de Birni N’Konni en pays Haoussa, une partie de la population est massacrée.
15 juin : l’État indépendant du Congo cède à bail le Ruanda à l’Allemagne. Musinga, souverain du Ruanda, accepte le protectorat allemand pour en finir avec son opposition interne. Jusqu’en 1919, le Ruanda sera considéré comme le district 13 de l’Afrique orientale allemande.
Juin : expédition du capitaine Bethe contre le mwami Mwezi IV Gisabo, souverain du Burundi.
14 juillet : le lieutenant-colonel Klobb, envoyé pour relever le commandement de la mission Voulet-Chanoine est tué par balle ; Voulet et Chanoine sont tués à leur tour par leurs propres hommes. La mission est reprise par le capitaine Joalland et le lieutenant Meynier. Elle occupe Zinder le 31 juillet, mettant en fuite le sultan Ahmadou, puis atteint le lac Tchad le 23 octobre.
17 juillet : combat de Togbao ; au Baguirmi, Rabah détruit un petit poste laissé par Gentil sous le commandement de Bretonnet. Il se trouve alors à la tête d’un État puissant, centré sur le Bornou et s’étendant du lac Tchad à la province du Barh el Gazel.
31 juillet : formation de la compagnie allemande du nord-ouest du Cameroun (Gesellschaft Nordwest-Kamerun). Elle arrache aux chefs locaux une concession d’environ 100 000 km². Elle y exploitera caoutchouc, banane, café, cacao, huile de palme, tracera des routes et une voie ferrée. Les terres des autochtones sont prises par des sociétés et, en 1896[Quand ?], elles seront déclarées propriétés de l’Empire.
15 août, Tchad : Émile Gentil, apprenant le massacre de la mission Bretonnet, crée le poste de Fort-Archambault.
Août-décembre 1900 : révolte de Sargaji. Insurrection des populations du Mawrey (Gubey, Touaregs, Maouris et Zarmas) de la région nord de Dosso au Niger contre les Français ; deux campagnes successives sont repoussées en août 1899 et en février 1900, et c’est seulement en novembre 1900 qu’une forte colonne munie d’armes à tir rapide parvient à mater la rébellion, qui se rallume en 1905.
11 septembre : prise de Tibati. Conquête de l’Adamaoua (Cameroun) par les Allemands.