L'année 1859 est une année commune qui commence un samedi.
28 août-2 septembre : une tempête magnétique solaire de grande puissance atteint la Terre.
6 janvier : le prince Napoléon prend des mesures contre l’esclavage, interdisant le recrutement de travailleurs sur la côte orientale de l’Afrique. Les négriers continuent de pratiquer la traite sur la côte du Mozambique malgré son abolition par le gouvernement français en 1848. Ils recrutent en nombre des « travailleurs libres avec contrat d’émigration de cinq ans », main-d’œuvre gratuite destinée aux plantations des Mascareignes et des Comores.
24 mars : Jérôme Napoléon est remplacé à la tête du ministère de l’Algérie et des Colonies par le comte de Chasseloup-Laubat qui dote l’Algérie d’une importante infrastructure (installation portuaire d’Alger, d’Oran, de Philippeville, construction de routes, de chemins de fer, câble télégraphique Alger-Toulon, etc.).
13-16 avril : échec d’El Hadj Omar devant Matam, défendue par le mulâtre Paul Holle. El Hadj reprend l’offensive vers le sud-ouest, mais une nouvelle fois battu par les troupes françaises à Matam et à Bakel, il décide de porter ses efforts vers l’est ; il est à Nioro en juillet, puis avance vers le Bélédougou pendant l’hiver.
25 avril : début du percement du canal de Suez par Ferdinand de Lesseps (fin en 1869). Le pacha Mohammad Sa'id n’assiste pas à la cérémonie, contrarié par l’emprise européenne sur la vie politique égyptienne. La Porte refuse de soutenir le projet.
1er mai : Henri Duveyrier part de Paris pour une expédition auprès des Touaregs (1859-1860).
18 mai : victoire française décisive sur les Sérères du royaume du Sine à la bataille de Logandème (Fatick).
24 août : convention signée à Tétouan entre le Maroc et l’Espagne étendant les limites de la juridiction de Melilla.
28 août : mort d’Abd ar-Rahman, sultan du Maroc. Début du règne de Sidi-Mohammed (fin en 1873).
31 août-1er septembre : incursion des tribus marocaines des Angades et des Maïa à Sidi Zaher près de Lalla-Maghnia en territoire algérien. Le 22 octobre, un corps expéditionnaire français franchit la frontière marocaine et, en vertu du droit de suite accordé à la France, poursuit les Béni-Snassen au-delà de la plaine des Angades (5 novembre).
16 septembre : l’explorateur britannique David Livingstone, lors de sa grande exploration au Mozambique entre 1858 et 1864 découvre l’immense lac Nyassa (lac Malawi) d’une surface de 26 000 km2 (45 fois le lac Léman).
23 septembre : début du règne de Sadok Bey, bey de Tunis (fin en 1882). Les grands travaux entrepris par le souverain s'accompagnent d'impôts plus lourds et plus nombreux et obligent le bey à réclamer des crédits qu'il ne peut rembourser.
12-19 octobre : Barghach, qui a fomenté des troubles pour détrôner son frère le sultan de Zanzibar Madjid ibn Saïd, est arrêté et doit s’exiler à Bombay sur un navire britannique, le H.M.S. Assaye.
22 octobre : l’Espagne déclare la guerre au Maroc (fin en 1860). Le 1er janvier 1860, une armée de 40 000 hommes passe au Maroc.
25 octobre : prise de Guémou dans le Guidimakha par le lieutenant-colonel Faron.
27 octobre - 5 novembre : défaites des tribus marocaines qui ont attaqué les positions françaises en Algérie.
10 novembre : est dénombré à 2393 le nombre de morts parmi le corps militaire français lors des attaques contre les tribus marocaines des Béni-Snassen en raison d'une épidémie de choléra.