L'année 1646 est une année commune qui commence un lundi.
15 février : Jacques Pronis est emprisonné par les colons insurgés de Fort-Dauphin (Madagascar). Libéré le 26 juillet à l'arrivée du navire Saint-Laurent de Dieppe, il parvient à reprendre le pouvoir. Il fait déporter douze mutins à La Réunion, alors inhabitée (fin en 1649).
17 juillet : l'empereur moghol Shâh Jahân prend Balkh.
Juillet - septembre : les Mandchous, profitant des dissensions entre les Ming prennent le Zhejiang (juillet) et le Fujian (août-septembre).
5 octobre : traité de paix entre les Anglais et les Indiens Powhatans en Virginie, signé après que le gouverneur sir William Berkeley a capturé leur chef Opechancanough.
15 octobre, Québec : reprise des hostilités avec les Agniers (Iroquois) quand ces derniers capturent le père jésuite Isaac Jogues et Jean de La Lande. Les Agniers se rendent compte que les Français qui reviennent d’Europe causent des décès dans leur communauté (microbes). Pour conjurer la mort, un Agnier tue d’un coup de hache le père Jogue (18 octobre) et le lendemain Jean de La Lande.
24 décembre : le dernier Ming est proclamé empereur de Chine sous le nom de Zhu Yongli (fin en 1662). Il résiste autour de Canton avec l’aide des Portugais de Nicolas Ferreira. Yongli et sa famille se convertissent au christianisme.
Mort du sultan de Mataram, Agung. Il s'ouvre une crise de succession dont la Compagnie hollandaise profite pour étendre sa domination sur Java.
Inde : le chef Marathe Shivâjî Bhonsla prend la forteresse de Torna (en) et fait construire le fort de Rajgad (Rajgarh).
Famine en Inde du Sud (1645-1647).
Mars : ambassade russe en Pologne : le tsar propose à Ladislas IV Vasa une jonction des Cosaques du Don avec ceux du Dniepr et la coopération des troupes russes et polonaises pour envahir la Crimée.
Avril : paix d'Eilenbourg entre la Suède et la Saxe ; le général suédois Wrangel traverse les territoires de l’Électeur de Saxe et marche vers la Weser.
10 mai-14 juin, Italie : échec des français à Orbetello.
Mai : Début du premier siège de Lérida par les Français (fin le 22 novembre).
28 juin : Gaston d'Orléans prend Courtrai.
15 juillet : Turenne passe le Rhin à Wesel et rejoint les Suédois de Wrangel, qui a succédé à Torstenson, à Giessen (Allemagne le 10 août. Ils passent le Main, puis le Danube, et envahissent la Bavière.
19 juillet : alliance de l’archevêque et prince-électeur de Trèves Philipp Christoph von Sötern avec la France : la forteresse de Philippsburg est confiée aux Français pour qu’ils y tiennent durablement garnison.
15 août : couronnement de Ferdinand de Habsbourg, roi de Bohême.