L'année 1639 est une année commune qui commence un samedi.
23 janvier : autodafé à Lima. Sept judaïsants sont brûlés vifs, dont Francisco Maldonado da Silva.
24 janvier (14 janvier du calendrier julien) : le Connecticut adopte sa première constitution : les Fundamental orders.
11 février : Philippe de Lonvilliers de Poincy, lieutenant-général des îles d'Amériques, parti de France le 12 janvier, arrive à la Martinique. Il aborde à la Guadeloupe le 17 février, puis s’établit à Saint-Barthélemy. De 1639 à 1660, il prend possession d'une partie de Saint-Martin, de Sainte-Croix et la Tortue.
1er août : arrivée des Ursulines au Québec. La même année, elles enseignent aux jeunes filles dans leur maison à la Basse-Ville de Québec. Arrivée le même jour des Hospitalières venues fonder un hôpital.
Soulèvement d'esclaves à Saint-Christophe. Les nègres marrons qui vivaient cachés dans les bois en harcelant les colons, sont anéantis par une troupe de cinq cents hommes : « Ils furent écartelez et leurs membres exposez sur des pieux afin de donner de la terreur aux autres nègres et de les empêcher de se rendre marrons ».
2 mai : les Hollandais contrôlent Trincomalée à Ceylan.
12 mai : transfert de la capitale de l’Empire moghol d’Āgrā à Delhi (Shahjahanabad).
17 mai : le traité de Qasr-i-Chirin ou de Zuhab met fin à la troisième guerre entre l'Empire ottoman et la Perse séfévide, confirmant à la Turquie Bagdad et Tabriz. Les Séfévides récupèrent la région d'Erevan.
4 août : dernier édit de fermeture du Japon (Sakoku) interdisant le commerce occidental, à l’exception de celui des Hollandais (1641). Les Chinois peuvent envoyer deux navires par an. Les Portugais sont expulsés de Deshima, îlot artificiel dans le port de Nagasaki, soupçonnés d’avoir fomenté la rébellion de Shimabara. Le Japon se ferme à l’Occident jusqu'en 1853.
22 août : la ville de Madras, sur la côte de Coromandel en Inde, est fondée par l'Anglais Francis Day.
Août : partie de Iakoutsk, une expédition menée par le Cosaque Ivan Moskvitine atteint l'océan Pacifique par la rivière Okhota.
19 septembre : la paix entre la Perse et l'empire ottoman est ratifiée à Constantinople.
30 septembre : la flotte hollandaise, qui fait le blocus de Goa depuis 1636, entre dans le port et incendie trois vaisseaux de guerre portugais après un âpre combat.
Mongolie : le tulku Zanabazar (Bogdo Gegen) et ses réincarnations siègent à Ourga (Örgöö, aujourd’hui Oulan-Bator) de 1639 à 1924.
1er février : Baner passe l'Elbe et envahit la Saxe.
14 février : Bernard de Saxe-Weimar, après avoir pris Morteau et Pontarlier fin janvier, s'empare du fort de Joux ; il ravage la Franche-Comté puis retourne en Alsace en juin.
18 février : l'amiral Maarten Tromp bat une flotte espagnole devant Dunkerque, mais ne parvient pas à l’empêcher de convoyer des troupes vers La Corogne.