L'année 1606 est une année commune qui commence un dimanche.
10 février : Pedro Fernández de Quirós découvre l'île d'Anaa.
Mars : le navigateur hollandais Willem Janszoon accoste sur la côte occidentale de la péninsule du cap York, en Australie.
6 - 27 avril : Jahangir mate la révolte de son fils Khusrav au Pendjab puis fait condamner à mort et confisque les biens du chef religieux des Sikhs, Gurû Arjan, qui avait aidé financièrement Khusrav.
10 avril : le roi Jacques Ier d'Angleterre accorde une charte qui donne la concession de la côte américaine comprise entre les 34° et 45° degrés de latitude à deux compagnies (Londres et Plymouth).
30 avril-17 août : les Hollandais de Cornelis Matelief, alliées au sultan de Johor, assiègent Malacca, mais sont repoussés par les Portugais de Martim Afonso de Castro au cap Rachado. Ils perdent leurs comptoirs de Ternate et de Tidore, où les Portugais se maintiennent. Aux îles Banda, ils passent des traités leur garantissant la livraison de toutes les noix de muscade.
14 mai : les Espagnols Luis Váez de Torrès et Pedro Fernandes de Queirós découvrent l'archipel des Nouvelles-Hébrides (actuel Vanuatu) dans l'océan Pacifique, qu'ils nomment Austrialia del Espíritu Santo.
30 mai : exécution de Gurû Arjan. Har Govinda devient chef religieux des Sikhs (fin en 1645). Emprisonné pendant 12 ans pour son refus de payer l’amende de son père Arjan, il organise la communauté sur des bases militaires.
17 juin-24 août : le diplomate français de Brèves est à Tunis où il rachète des esclaves chrétiens
14 juillet : Luis Váez de Torrès découvre probablement les Louisiades.
22 octobre : Cornelis Matelief fait une nouvelle tentative contre Malacca, et détruit sept vaisseaux portugais de Manuel Mascarenhas.
2 octobre : Luis Váez de Torrès traverse le détroit qui porte son nom au nord de l'Australie pour atteindre la côte occidentale de la Nouvelle-Guinée.
15 novembre : arrivée du jésuite italien Roberto de Nobili à Madurai, en Inde du Sud.
Mauvaises récoltes en Europe (1606-1609).
31 janvier : exécution de Guy Fawkes, impliqué dans la Conspiration des poudres.
4 mars : la Cour de Philippe III d'Espagne déménage de Valladolid à Madrid.
7 mars : Diète de Varsovie. Sermon de Christophe Warszewicki, pour l’établissement de l’absolutisme. Sigismond III Vasa tente de rendre la monarchie polonaise héréditaire, provoquant une insurrection générale légale (rokosz) contre le roi, prévue par la constitution, menée par le magnat Mikolaj Zebrzydowski, appuyé par une partie de la noblesse (1606-1609). L’insurrection s’arrête à la suite d’une loi d’amnistie et de l’assurance du respect de la Constitution.
17 mars : Livourne obtient le rang de cité du grand-duc de Toscane.