L'année 1564 est une année bissextile qui commence un samedi.
Février : prise de Ayutthaya, capitale du Siam par les Birmans ; la ville est pillée la famille royale est prise en otage.
11 mars, Empire moghol : Akbar supprime la jizya, l'impôt religieux sur les non-musulmans.
22 avril : départ du Havre de la deuxième expédition française en Floride sous la conduite de René de Goulaine de Laudonnière (fin en 1565).
27 mai: mort de Jean Calvin grand réformateur du XVIe siècle et qui est à la base du calvinisme.
30 juin : fondation de Fort Caroline.
6 septembre : une flotte italo-espagnole dirigée par le duc d'Albe reprend le Penon de Velez, petite île d'Afrique du Nord.
10 septembre, Japon : cinquième bataille de Kawanakajima.
21 novembre : début de l'expédition de Miguel López de Legazpi du Mexique vers les Philippines. Il atteint Leyte le 13 février 1565. Les galions espagnols traversent régulièrement le Pacifique d’Acapulco à Manille, fondée le 24 juin 1571 (Galion de Manille).
26 janvier : bulle Benedictus Deus de Pie IV. Confirmation des décrets tridentins. En juillet, une bulle indique qu’ils seront obligatoires dans toute la catholicité.
13 mars : Hoorne, Egmont et Guillaume le Taciturne provoquent le renvoi de Granvelle des Pays-Bas espagnols, à la demande des chevaliers de la Toison d'or. Les troupes espagnoles quittent le pays et Philippe II d'Espagne renonce à une expédition militaire en France à partir des Pays-Bas.
24 mars : bulle Dominici gregis. Le pape, en accord avec les pères conciliaires, publie l’Index de Trente (ouvrages interdits aux catholiques).
11 avril : traité de Troyes entre la France et l'Angleterre, qui renonce à Calais.
16 avril : le pape envoie aux évêques d’Allemagne des brefs autorisant la communion sous les deux espèces, mais refuse de transiger sur le mariage des prêtres. Ferdinand Ier croit atteindre son but d’une voie médiane dans les affaires religieuses. Son fils Maximilien continue dans cette voie.
30 avril : exil du prince russe André Kourbski en Lituanie. Il prend du service auprès du roi de Pologne.
30-31 mai : première bataille navale d’Öland. Les flottes danoise et lübeckoise battent la flotte suédoise pendant la guerre nordique de Sept Ans.
2 juin : Théodore de Bèze anime l’Église de Genève à la mort de Calvin (fin en 1580).
4 juin : la Diète transylvaine réunie à Torda reconnaît l’égalité des droits entre les religions catholique, luthérienne (la « religion allemande ») et calviniste (la « religion hongroise »).