L'année 1546 est une année commune qui commence un vendredi.
1er janvier - 16 février : François Xavier quitte Malacca pour Amboine.
20 avril : début du deuxième siège de Diu par les Ottomans.
Juillet : François Xavier séjourne à Ternate aux Moluques (actuelle Indonésie).
11 novembre : heurt entre les Ottomans et les Portugais à Diu (Inde). Le gouverneur de l'Inde portugaise João de Castro parvient à débloquer la ville assiégée depuis sept mois.
Voyage du Portugais Jorge Álvares au Japon qui inaugure des relations commerciales régulières.
Début du règne de Malo, roi du Baguirmi (fin en 1561). Il impose son autorité aux tribus voisines de son royaume grâce à l’armée puissante et bien organisée qu’il a constituée.
18 janvier : le vice-roi du Pérou Blasco Núñez Vela réorganise ses forces et affronte les rebelles installés à Quito (bataille d'Añaquito). Il est vaincu et tué au cours de la bataille par les forces de Gonzalo Pizarro, qui s'empare du pouvoir. Il s’installe à Lima et s’attribue le poste de gouverneur.
19 janvier : Pedro de Valdivia publie un code de loi au Chili.
23 avril, Pérou : victoire de Francisco de Carvajal sur Diego Centeno qui senfuit à Arequipa.
Avril : assassinat de Felipe de Hutten, Bartolomé Welser, Diego Romero et Gregorio de Placencia. Échec de la compagnie allemande des Welser dans sa tentative de colonisation du Venezuela.
13 août : arrivée à Panama du nouveau vice-roi du Pérou Pedro de la Gasca.
8 septembre : découverte de gisements d’argent à Zacatecas au Mexique.
8 novembre : révolte maya au Yucatán. Les Espagnols soumettent définitivement les Mayas.
24 janvier-10 mars : colloque de Ratisbonne.
1er mars : le prêtre écossais protestant George Wishart est brûlé pour hérésie. Son ami John Knox doit s’exiler après avoir été condamné aux galères et prêche en Angleterre (1547-1549).
24 avril : lettres patentes du roi Henri VIII d'Angleterre établissant un conseil de la marine chargée de l'administration de la Royal Navy, qui devient une flotte permanente de près de 50 navires.
7 juin : traité d’Ardres entre François Ier et Henri VIII d'Angleterre, qui restitue Boulogne à la France contre une forte rançon.