L'année 1539 est une année commune qui commence un mercredi.
Janvier : bataille de Naungyo en Basse-Birmanie : les forces du Royaume de Taungû conduites par le futur roi Bayinnaung écrasent celles du Royaume d'Hanthawaddy ; celui-ci disparait peu après.
7 mars : départ de Culiacán de l'expédition du prêtre franciscain Marcos de Niza, guidé par Esteban, ancien esclave de Andres Dorantes durant l'expédition de Narvaez, racontée par Cabeza de Vaca, en Arizona et au Nouveau-Mexique. Il découvre ce qu’il prend pour une des Sept cités de Cibola (l’actuel Zuñi, en fait un gros bourg au sommet d’un éperon rocheux).
27 avril : fondation juridique de Bogota par Nikolaus Federmann et Sebastián de Belalcázar.
Avril : nommé lieutenant général de la Nouvelle Tolède (Chili), Pedro de Valdivia entreprend la conquête difficile du Chili (1540).
30 mai : l'espagnol Hernando de Soto débarque à la baie de Tampa en Floride. Il atteint la baie de Mobile (octobre 1540), les Bouches du Mississippi (mai 1541), puis remonte vers l’Arkansas et les franges de l’Oklahoma. Ses soldats sont décimés par les fièvres et les attaques des Indiens. De Soto rebrousse chemin, puis meurt en 1542 sur les bords du Mississippi. Les rescapés, regroupés autour du penon de leur chef, décident de marcher vers le Mexique. Ils traversent l’Oklahoma pour se heurter aux contreforts des Rocheuses. Ils regagnent alors le Mississippi et descendent le fleuve après avoir construit sept grands canots. Attaqués par les Indiens, ils parviennent jusqu’au golfe du Mexique où ils sont pris dans la tempête. Les rescapés, rejetés sur la côte, marchent épuisés jusqu’au poste de Río Pánuco, à hauteur de Tampico.
8 juillet : départ d'Acapulco de l'expédition de l'espagnol Francisco de Ulloa vers le golfe de Californie.
28 juin : le moghol Humâyûn quitte Gaur pour regagner Âgrâ, mais il est vaincu à Chaunsa, sur les bords du Gange, par le sultan afghan Sher Shâh Sûrî, qui se trouve à la tête du nord de l’Inde entre l’Assam et Kânnauj (fin en 1545).
Guerre civile pour le partage du butin entre les conquistadores au Pérou. Tous les chefs (Diego de Almagro, Francisco Pizarro et ses frères, les fils d’Almagro) trouvent successivement la mort entre 1539 et 1541.
2 mars : mariage d'Isabelle Jagellon et du roi Jean Ier de Hongrie à Székesfehérvár.
28 avril : réunion d'un nouveau Parlement en Angleterre. Il confirme la dissolution des monastères par le Second Suppression Act.
Avril : Grand tric. Les compagnons des imprimeurs lyonnais arrêtent le travail pour revendiquer une hausse de salaire, un abaissement de la durée de travail (13 à 14 heures), une limitation du nombre des apprentis (1539 et 1569)
1er mai, Espagne : mort d'Isabelle de Portugal à Tolède. Début de la première régence de Philippe, fils de Charles Quint (1539-1542 ; 1543-1548 ; 1551-1554).
5 mai : une commission du Parlement d'Angleterre prépare le statut des Six Articles.
25 mai, Pentecôte : le monastère de Viðey, en Islande, reçoit la visite du secrétaire du gouverneur. Les moines sont malmenés, le monastère est pillé.
14 juin : l'Ordinatio ecclesiastica de 1537, traduit du latin en danois, est adopté à la diète d'Odense. Le luthéranisme devient religion d’État au Danemark et en Norvège.
28 juin : Henri VIII d'Angleterre promulgue le statut des Six Articles, modifiant certains points du dogme, qui vise à maintenir l’orthodoxie mais est mal accueilli par les protestants. Hugh Latimer, qui refuse de souscrire à l’Acte est destitué de son siège épiscopal de Worcester et connaît plusieurs emprisonnements à la Tour de Londres pour hérésie.
7 août : capitulation de Castelnuovo, assiégée par les Ottomans de Khayr ad-Din Barberousse.