L'année 1259 est une année commune qui commence un mercredi.
11 août : décès de Möngke, 4e khan suprême des Mongols, pendant un siège au cours de sa campagne contre les Song. L’expédition prend une tournure favorable. Les troupes mongoles cernent sur trois côtés l’armée Song en déroute. Ariq-bögè, jeune frère de Koubilaï Khan et de Möngke veut se faire élire grand khan à Karakorum. Koubilaï conclut un armistice avec les Chinois pour aller le combattre. La frontière avec la Chine des Song est fixée au Yangzi Jiang.
Septembre : Houlagou Khan part d’Iran pour une campagne en Syrie décidée par le quriltay de 1251, renforcé par les armées des pays vassaux dont les troupes chrétiennes arméniennes et géorgiennes. Il prend Nusaybin, soumet Édesse et Harran. Il envoie un ultimatum à Qutuz pour que l’Égypte se soumette. Celui-ci refuse et tue l’ambassadeur mongol.
12 novembre : l’esclave Khârezmien Qutuz (le yack) est proclamé sultan d'Égypte à la faveur d’un coup d’État. Il en appelle à la guerre sainte et à la mobilisation contre les Mongols. Le pays se met sur le pied de guerre.
L’Hafside de Tunis al-Mustansir est confirmé dans ses fonctions de calife par le chérif de la Mecque (fin en 1261).
Le Koryŏ (Corée) se soumet à l'empire mongol. Les rois de Koryŏ retrouvent leur position dominante sous le contrôle de commissaires résidents mongols. Pour venir à bout des révoltes endémiques en Corée, Koubilaï Khan fait venir à la cour un des prétendants coréens et lui donne sa fille en mariage.
Mengrai fonde le royaume thaï du Lan Na.
1er janvier : après l’assassinat du régent Georges Muzalon, Michel VIII Paléologue est couronné co-empereur de Nicée.
2 février : Sandomierz est pillée par les Mongols.
Raid mongol en Lituanie et en Pologne : Les Kiptchak incendient Cracovie et forcent le prince Boleslav à s’enfuir, avancent jusqu’à Bytom, et ne retournent dans leur campement qu’après avoir saccagé le pays entier.
Avril - mai : le prince Jaromar II de Rügen et son armée débarquent en avril sur Seeland et pillent Copenhague en mai.
29 mai : à la mort de Christophe Ier de Danemark, peut-être empoisonné par l'abbé Arfast, son fils mineur Erik V Glipping (le Louche) devient roi du Danemark (jusqu'en 1286) sous la régence de sa mère Marguerite Sambiria (jusqu'en 1264).
14 juin : les troupes levées par la régente de Danemark Marguerite sont battues par Jaromar II de Rügen à la bataille de Næstved (no).
Été : Thomas d'Aquin est appelé en Italie par le pape Alexandre IV, où il est investi de la fonction de conseiller et de maître à la cour papale (fin en 1268).
Août : le pape Alexandre IV approuve la Sorbonne.
Septembre-octobre : victoire de Byzance sur l'Épire et la Sicile à la bataille de Pélagonia.
Guillaume de Villehardouin, prince de Morée, qui rêve de conquérir toute la Grèce, est battu par Michel VIII Paléologue à Castoria à l'automne. Prisonnier pendant deux ans, il doit céder les principales forteresses du Péloponnèse. Pour les récupérer, il fait appel à Charles d'Anjou qui hérite de la principauté après sa mort. Charles n’y porte aucun intérêt, tout comme ses successeurs.
24 octobre : provisions de Westminster qui complètent les provisions d'Oxford de 1258 accordées par Henri III d'Angleterre à la suite de la révolte des barons anglais.