L'église Saint-Nicaise est une église située dans les quartiers Saint-Marc - Croix de Pierre - Saint-Nicaise de Rouen. Elle est aujourd'hui fermée au culte et désaffectée depuis 2017.
Fondée par saint Ouen, archevêque de Rouen, en 640, elle est alors une chapelle hors de la ville de Rouen, et abrite les reliques de saint Nicaise, rapportées de Gasny.
Sous Saint Louis, elle est comprise dans la ville. En 1388, elle devient une église paroissiale. Le curé de Saint-Nicaise est nommé par l'abbé de Saint-Ouen. Un nouveau chœur est construit de 1538 à 1561.
En 1560, les calvinistes pillent l'église.
L’ancienne église comportait une nef principale du XIIIe siècle, à laquelle étaient accolés deux collatéraux assez larges, formant une triple nef. Cette architecture marquait l'aspect du portail d'entrée, qui présentait trois pignons juxtaposés les uns aux autres. Le chœur primitif fut reconstruit au milieu du XVIe siècle, ainsi que ses collatéraux. Toujours existant, il atteint une hauteur de 30 mètres sous voute. Le clocher, modestement édifié en charpente, surmontait le collatéral nord et fut complètement calciné par l'incendie de 1934.
Celle ancienne église était reconnue pour ses vitraux des XVe et XVIe siècles, dont plusieurs disparurent dans l'incendie, pour sa chaire (1636), et aussi pour son orgue dû à Crépin Carlier, construit en 1634. Restauré en 1927-1928, il est inauguré le 24 octobre 1928 par Joseph Bonnet.
Auprès de l'église se trouve le séminaire Saint-Nicaise.
Le 10 mars 1934, un incendie, parti du côté nord de la nef, détruit en partie l'église. La ville de Rouen lance un concours de reconstruction pour la nef et le clocher. Le projet retenu en 1935 est celui des architectes Pierre Chirol et Émile Gaillard ; il est réalisé en béton armé. Les travaux durent de 1934 à 1937. La triple nef est remplacée par une nef unique beaucoup plus élevée, ornée de grands vitraux modernes conçus par Max Ingrand. Quatre arcs en béton armé supportent une coupole lumineuse rappelant les tours lanternes. Cette nouvelle nef est jouxtée par un nouveau clocher en béton armé, surmonté d'une flèche, également en béton armé. L'église est rendue au culte lors d'une cérémonie solennelle de bénédiction, le 13 octobre 1940.
Le maître autel subsiste depuis l'incendie, avec ses statues de Saint Nicaise et de Saint Quirin, à l'exception de la Crucifixion, peinte par Pierre Letellier, qui en ornait le retable.
Jusqu'en 1967, la paroisse Saint-Nicaise fut desservie par un prêtre titulaire, avant d'être rattachée à celle de Saint-Vivien. À partir des années 1990, elle fut affectée au culte traditionnel autorisé par l'archevêque de Rouen, Mgr Duval, puis par ses successeurs.
A la fin du XXe siècle, le béton armé utilisé pour la reconstruction s'est beaucoup dégradé et se délite. Des infiltrations d'eau ont fragilisé le collatéral sud qui a dû être en partie étayé. L'église est donc fermée au public par la ville, en 2006.
L'ancien orgue de tribune, du à Crespin Carlier, classé objet monument historique en 1908, a été détruit par l'incendie de 1934. Un nouvel instrument a été construit en 1940 par le facteur d'orgues Louis Eugène-Rochesson, achevé en 1957 par la maison Beuchet-Debierre.
Cet orgue a été cédé à la ville de Paris pour être transféré, après restauration, à l'église du Saint-Esprit de Paris. En vue de ce transfert, le démontage de cet orgue a été effectué en avril 2026.
L'ancienne église comportait un orgue de chœur mis en place en 1862 par les frères Damiens, qui a été détruit en 1934.
L'église actuelle comporte également un orgue de chœur de Louis-Eugène Rochesson, inauguré en 1941, et qui sera transféré à la halle aux Toiles.
Jusqu'en 2014, le Secours Catholique distribue des repas dans ce lieu historiquement destiné à la charité envers les pauvres.
À partir du 5 mai 2016, des activistes de Nuit debout occupent l'église désacralisée et fermée au public. L'église a été fermée pour raisons de sécurité à cause du délabrement, et la mairie de Rouen veut la vendre. Les participants de Nuit debout s'y installent pour nettoyer le sol et consolider les parties fragiles ainsi que les œuvres d'art. Leur revendication est que les habitants du quartier soient consultés sur l'avenir de l'édifice (vente ou rénovation). Ils demandent également l'expertise d'un conservateur de patrimoine pour savoir s'il serait encore possible de continuer à l'utiliser pour distribuer des œuvres de charité. Ils en sont expulsés le 6 juin.
À la suite de ce mouvement, une association La Boise de Saint-Nicaise est créée afin de promouvoir l'édifice et réfléchir aux possibilités de reconversion.