Né vers 62 avant notre ère, Ptolémée XIII Théos Philopator est le fils de Ptolémée XII Néos Dionysos, souverain d'Égypte réputé pour sa dépendance aux puissances étrangères et son surnom populaire de « flûtiste ». Sa naissance dans le palais lagide d'Alexandrie le destine à régner sur l'un des royaumes les plus riches et les plus convoités du monde méditerranéen, mais également à hériter d'un trône fragilisé par des années de tutelle romaine croissante et de rivalités dynastiques envenimées.
En 51 avant notre ère, à la mort de son père, Ptolémée XIII monte sur le trône à l'âge d'environ onze ans. Conformément à la tradition ptolémaïque, il règne conjointement avec sa sœur aînée Cléopâtre VII, qu'il épouse selon les usages pharaoniques, bien que les deux enfants soient liés par le sang plutôt que par un véritable mariage au sens grec ou romain du terme. Cléopâtre, d'environ huit ans son aînée, dispose d'une intelligence politique nettement supérieure à celle de son frère et cherche rapidement à affirmer sa primauté sur le gouvernement du royaume.
La cohabitation entre les deux souverains s'avère rapidement explosive. Ptolémée XIII, encore adolescent, est entièrement sous la coupe de ses puissants ministres, au premier rang desquels se trouvent le général Achillas et l'eunuque Pothin, chambellan influent et véritable maître du jeu politique à la cour d'Alexandrie. Ces deux hommes, soucieux de préserver leur propre influence et voyant en Cléopâtre une rivale trop indépendante, organisent contre elle un complot qui aboutit probablement à la fin de l'année 49 avant notre ère à son éviction du pouvoir. La jeune reine, chassée d'Alexandrie, se réfugie d'abord en Syrie, où elle lève des troupes pour reconquérir son trône.
C'est dans ce contexte de guerre civile dynastique que survient l'un des épisodes les plus sombres du règne de Ptolémée XIII. Le 28 septembre 48 avant notre ère, Pompée le Grand, vaincu par Jules César lors de la bataille de Pharsale, se réfugie en Égypte, espérant y trouver protection auprès du souverain ptolémaïque. Ptolémée XII avait naguère bénéficié du soutien de Pompée, et le général romain comptait sur la reconnaissance filiale de son fils. Mais les conseillers de Ptolémée XIII — car le roi n'a guère plus de treize ans et ne prend aucune décision sans eux — calculent qu'il vaut mieux sacrifier le fugitif pour s'attirer la faveur du vainqueur César.
Pompée est assassiné dès son débarquement sur les côtes égyptiennes, et sa tête est envoyée à Jules César comme gage d'amitié. Le résultat est diamétralement opposé à celui escompté : César, en recevant cette tête sanglante, ne ressent qu'un mépris profond pour ceux qui ont ainsi trahi et assassiné l'un des premiers hommes de Rome. Loin de se montrer reconnaissant, il s'installe à Alexandrie et entreprend de réconcilier le frère et la sœur, imposant le retour de Cléopâtre au pouvoir. Cette décision, dictée autant par des raisons politiques que par la fascination que la reine exerce sur lui, plonge l'Égypte dans une nouvelle crise.
Ptolémée XIII est retenu comme otage par César, mais la situation s'emballe rapidement. Sa sœur Arsinoé IV, quatrième enfant de Ptolémée XII, prend les armes au nom de son frère et suscite dans la ville une résistance acharnée contre l'occupant romain. La bataille du phare d'Alexandrie, qui se déroule fin 48 avant notre ère, voit les troupes d'Arsinoé mettre César en difficulté, l'obligeant à se battre dans des conditions précaires avec des effectifs réduits. Ptolémée XIII parvient à s'échapper de la captivité romaine dans la confusion de ces combats et rejoint les forces hostiles à César.
La situation militaire tourne finalement à l'avantage de César lorsque des renforts arrivent. Battu définitivement, Ptolémée XIII prend la fuite avec son armée. C'est lors de cette retraite, le 15 janvier 47 avant notre ère, qu'il trouve la mort dans les eaux du Nil, à proximité du village d'Alqam. Les sources antiques suggèrent qu'il s'est noyé accidentellement, peut-être en tentant de traverser le fleuve avec une armure trop lourde, mais les circonstances exactes de sa disparition demeurent incertaines. Il avait à peine quinze ans.
La mort de Ptolémée XIII met fin à l'une des phases les plus turbulentes de l'histoire du royaume lagide. Cléopâtre VII, consolidant son pouvoir grâce à l'alliance avec César, épouse aussitôt son frère cadet Ptolémée XIV, conformément aux usages dynastiques, tout en conservant la réalité du pouvoir entre ses mains. Arsinoé IV, la sœur rebelle, est faite prisonnière par les Romains et conduite à Rome pour figurer dans le triomphe de César. Le dernier acte de la tragédie ptolémaïque vient de se jouer.
Le règne de Ptolémée XIII, bien que bref et largement déterminé par des figures plus fortes que lui, constitue un moment charnière de l'histoire de l'Égypte antique. Il illustre la vulnérabilité d'un royaume riche mais divisé face aux appétits de puissances extérieures, et préfigure l'absorption finale de l'Égypte dans l'Empire romain, qui surviendra après la mort de Cléopâtre VII en 30 avant notre ère. Ptolémée XIII reste dans l'histoire comme un roi mineur, manipulé par ses conseillers, dont les décisions malheureuses ont précipité la fin de la dynastie la plus durable de l'Orient hellénistique.
