Mario Alberto Yepes Díaz est né le 13 janvier 1976 à Cali, en Colombie. Dans l'une des villes les plus vibrantes d'Amérique du Sud, il grandit dans une famille unie de quatre personnes — ses parents et une sœur — où son père, professeur d'université, et sa mère, agent immobilier, lui offrent une enfance relativement stable dans un environnement social qui lui permet de nourrir sa passion naissante pour le football.
Tout commence dans les rues de son quartier de Cali, où il pratique le football avec une ardeur qui ne tarde pas à attirer l'attention. Son père l'emmène régulièrement au Stade Deportivo Cali, et c'est là que s'éveille son amour pour les couleurs vertes du club local. À dix-sept ans, son talent est remarqué par l'académie Sarmiento-Lora, une institution réputée et indépendante qui représente une véritable filière de formation dans le football colombien.
Après avoir évolué à des postes offensifs dans sa jeunesse, il rejoint Cortuluá en 1993 où un entraîneur perspicace décide de le replacer en défense. Ce repositionnement tactique s'avère déterminant : c'est dans l'axe défensif que Yepes trouve sa véritable vocation. En mars 1994, il honore sa première apparition en première division colombienne face au Junior de Barranquilla. Parallèlement, il obtient son baccalauréat et entame des études de gestion des entreprises à Cali, qu'il abandonne à dix-neuf ans pour se consacrer pleinement au football.
En 1997, il signe au Deportivo Cali, le club de ses premières émotions sportives. Cette période est faste : il est champion en 1998, puis participe à l'épopée de la Copa Libertadores 1999, dont son club atteint la finale avant de s'incliner aux tirs au but. Ces grandes échéances continentales forgent en lui la mentalité du compétiteur capable d'assumer la pression dans les moments décisifs.
En juillet 1999, River Plate en Argentine lui ouvre ses portes. Il y remporte le Tournoi d'ouverture 1999 et celui de clôture 2000. Mais l'Argentine traverse une crise économique et politique profonde à la fin de l'année 2001, et Yepes doit assurer la sécurité de sa famille. Des clubs italiens se manifestent pour un transfert à l'été 2002, mais c'est le FC Nantes qui lui propose un contrat immédiat. En janvier 2002, il débarque à La Jonelière dans un contexte difficile : l'entraîneur Denoueix vient d'être limogé et les Canaris traversent une période de turbulences sportives. Soutenu par ses compatriotes sud-américains Mauro Cetto et Néstor Fabbri, le défenseur colombien s'adapte rapidement et monte en puissance.
Ses performances à Nantes lui valent une place dans l'équipe type de Ligue 1 en 2004, aux côtés de Sébastien Squillaci, Patrice Evra et Bernard Mendy. Il participe à la demi-finale de la Coupe de France 2004 contre le PSG et à la finale de la Coupe de la Ligue 2003-2004. C'est précisément ses qualités combatives qui séduisent Vahid Halilhodžić, entraîneur du Paris Saint-Germain, qui le recrute à l'été 2004 avec son coéquipier Sylvain Armand.
À Paris, Yepes s'impose comme un élément majeur de la défense parisienne. En 2006, il est désigné comme le joueur le mieux payé du championnat de France, avec un salaire mensuel de 287 000 euros. Il remporte la Coupe de France 2006 et la Coupe de la Ligue 2008 avec le PSG, et figure à nouveau dans l'équipe type de Ligue 1. Le 4 février 2007, lors d'un match OM-PSG qui se termine sur un score d'égalité, il est victime d'une fracture de la malléole externe de la cheville gauche lors d'un contact avec Djibril Cissé, une blessure qui l'écarte des terrains pendant trois mois. Il revient néanmoins en fin de saison pour aider son club à se maintenir en Ligue 1.
En 2008, en fin de contrat, il signe pour deux saisons au Chievo Vérone, récent promu en Serie A, où il dispute 65 matchs de championnat. En juillet 2010, c'est la consécration italienne : il rejoint le Milan AC pour deux saisons, et le 23 octobre 2011, il inscrit son premier but sous les couleurs rossoneri. La carrière de Mario Yepes, de Cali à Milan en passant par Buenos Aires, Nantes et Paris, est celle d'un défenseur exceptionnel dont la rigueur et la combativité ont traversé les continents.
