La Universidad de La Habana (UH) fue fundada el 5 de enero de 1728 por los frailes pertenecientes a la Orden de Predicadores. Es pública y es la institución educativa superior más antigua de Cuba.
Su primer nombre fue Real y Pontificia Universidad de San Gerónimo de La Habana. En la época las universidades necesitaban autorización real o papal, lo que explica los nombres Real y Pontificia; Quienes autorizaron la fundación de la universidad fueron el papa Inocencio XIII y el rey Felipe V de España. Posteriormente fue fundada la Universidad de La Habana (UH) el 5 de enero de 1728 por los frailes dominicos del convento de San Juan de Letrán, siendo esta la primera universidad de Cuba. En el acto de inauguración se nombra a fray Tomás Linares del Castillo como su primer rector, quien a partir de ese momento regiría las primeras facultades: Artes y Filosofía, Teología, Cánones, Leyes y Medicina.
El 2 de enero de 1733 se presentan los primeros estatutos de la Universidad; sin embargo, no es hasta agosto de 1735 que entran en vigor. En ellos se establecía que el gobierno de la Universidad debía estar constituido por un rector, un vicerrector, cuatro conciliarios, un maestro de ceremonias y un secretario; cada año el Claustro Mayor realizaría las elecciones para estos cargos. En esta primera etapa se destaca un importante catedrático: Tomás Romay, autor de trascendentales investigaciones en el campo de la medicina y la biología.
Tras un proceso de reformas, la Universidad de San Gerónimo de La Habana pasa a ser una institución laica en 1842, y en 1850 cambia su nombre por Real y Literaria Universidad de La Habana. En esta segunda etapa se profundiza el desarrollo científico en la Universidad. Con tal objetivo se funda el museo de historia natural y el jardín botánico nacional pasa a ser regido por la institución. Para ese entonces la enseñanza contaba con las facultades de Jurisprudencia, Medicina, Cirugía y Farmacia.
La universidad fue inicialmente establecida en el convento de San Juan de Letrán hoy desaparecido y ubicado en el casco histórico colonial de la ciudad (en lo que ahora se conoce como La Habana Vieja).
Bajo las ideas del Plan Varona, en este período se llevan a la universidad las más modernas ideas docentes de la época. Sin embargo, las condiciones estructurales del edificio de San Juan de Letrán no eran las mejores: se tornaba incómodo e inadecuado. El 1 de mayo de 1902 comienza el traslado de la Universidad a la Colina de Aróstegui, ubicada en el Vedado, cerca de la Quinta de los Molinos; hoy en día se le conoce como la «colina universitaria» o también como la «Loma de la Pirotecnia» (había un polvorín y fábrica de armas en la época colonial). En esta época comienza también una importante etapa de su historia; acontecimientos como la fundación de la Federación Estudiantil Universitaria (FEU), el pronunciamiento de los discursos de José Antonio Echeverría, el descenso por su amplia y ancha escalinata de la Generación del Centenario en su histórica marcha de las antorchas y la valentía demostrada por sus estudiantes, son algunos de los sucesos que pueden mencionarse.
Los interiores del Aula Magna de la Universidad de La Habana en donde reposan los restos del pensador cubano Félix Varela, fueron decorados por el artista cubano Armando Menocal, estos representan o hacen alegoría a las principales facultades que existían en la época, la Medicina, la Ciencia, el Arte, el Pensamiento, las Artes liberales, la Literatura, y el Derecho.
En la entrada principal de la universidad se alza con su arquitectura neoclásica el rectorado, inspirado en el Partenón griego, y justo entre el rectorado y la gran escalinata de 88 escalones (construida en 1928) se alza una estatua en bronce, la alma mater, símbolo de la universidad y que con los brazos abiertos da la bienvenida a los estudiantes, la escultura fue creada en 1919 por el artista checoslovaco Mario Korbel, la modelo para el rostro, cabeza, y cuello fue la joven cubana Feliciana Villalón y Wilson que entonces contaba con dieciséis años, hija de José Ramón Villalón y Sánchez, un profesor de matemática analítica, y para el cuerpo el artista tomo como modelo una mujer criolla mestiza de más edad.
En varias ocasiones durante el siglo XX esta Universidad fue obligada a cerrar temporalmente sus puertas o les fueron impuestas importantes limitaciones en las matrículas de algunas de sus facultades, destacando el cierre de la Facultad de Derecho y de Economía durante años. Estas medidas fueron tomadas, porque su cuerpo docente y estudiantado tenían una larga tradición de activismo político. En 1926 la UH otorgó al presidente Gerardo Machado el primer título de doctor honoris causa de esa institución; era en Derecho Público, pero se le retiró tiempo después, porque su gobierno se volvió una dictadura. Esa universidad fue cerrada en diciembre de 1930 por el propio Machado para aplacar las protestas estudiantiles contra su gobierno, y reabrió en enero de 1934. La universidad estuvo cerrada desde el 21 de abril al 16 de junio de 1956 después de una protesta estudiantil. Fue otra vez cerrada desde el 28 de noviembre de 1956 hasta el 10 de mayo de 1959, por decisión del Consejo Universitario por las tensiones políticas y la represión del gobierno de Fulgencio Batista.
Fue una de las primeras universidades latinoamericanas en adoptar la Autonomía universitaria, otorgada el 6 de octubre de 1933 por un decreto del presidente Ramón Grau San Martín e incluida en la Ley Constitucional de febrero de 1934, pero abolida por la Ley Constitucional de junio de 1935, promulgada por el presidente Carlos Mendieta; fue restablecida en 1937 por el presidente Federico Laredo Brú y consagrada en la Constitución cubana de 1940. Una ley posterior del gobierno de Fidel Castro el 10 de enero de 1962, durante la nueva reforma, no la restableció, basándose en la implantación del credo de que "la Universidad es para los revolucionarios".
La Universidad de La Habana cuenta con un importante estadio donde se celebran los juegos deportivos universitarios con más tradición en el continente, los "Juegos Caribes", de los que han surgido destacados deportistas conocidos por sus resultados internacionales. Atendiendo a esa tradición deportiva, en los planes de estudios de todas las Facultades la asignatura de Educación Física es obligatoria durante al menos dos años.
La biblioteca principal Rubén Martínez Villena fue establecida más tarde en 1936. Por la Ley de 11 de agosto de 1919, sancionada por el presidente de la República Mario García Menocal (1913-1921), la Universidad de La Habana quedó autorizada para otorgar grados académicos honoríficos denominados por tradición doctor honoris causa. Tal potestad quedó recogida asimismo en los Estatutos Universitarios de 1942 y posteriormente en la Ley de Reforma Universitaria, de 1960.
La Ley del Sistema de Condecoraciones y Títulos Honoríficos (Ley número 17, de 28 de junio de 1978) derogó tácitamente toda la legislación honorífica universitaria, pero su fuerza es tal que aún hoy, con poco rigor normativo, se continúan otorgando los títulos doctor honoris causa, así como casi todas las instituciones universitarias del país, aún sin estar autorizadas a ello, conforme el principio de legalidad de la actividad administrativa.
La Universidad de La Habana, además de ocupar un sitial de honor en la historia por su aporte a la lucha patriótica, ha sido el centro de grandes educadores cubanos como Enrique José Varona, Luis de Soto, Vicentina Antuña, Mirta Aguirre, Hortensia Pichardo y un grupo de pedagogos cubanos que a lo largo de los más de 290 años de vida de la Universidad han ofrecido sus conocimientos para beneficio de las nuevas generaciones.
Asimismo, fueron fruto de sus aulas figuras destacadas de la política cubana como Fidel Castro, Ramón Grau San Martín y Carlos Prío Socarrás, y además destacados intelectuales y artistas. Entre 1922 y 1956 los estudiantes de la UH se opusieron a las injusticias y corrupción de los gobiernos cubanos. Un grupo de estudiantes dentro de la UH crearon en 1937 un clima hostil y de violencia (bonche universitario) que fue erradicado en 1944, pero después surgieron algunas pandillas violentas en La Habana integradas por algunos estudiantes universitarios y otros, que se batían a tiros en las calles.