La Universidad Ruperto Carola de Heidelberg (en alemán: Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg; también conocida simplemente como Universidad de Heidelberg), la más antigua de las alemanas, se creó en el año 1386 en la ciudad de Heidelberg, Baden-Wurtemberg. Su nombre en latín es Ruperto Carola Heidelbergensis. El programa alemán para el fomento de investigación científica y actividades académicas de alto nivel, financiado con recursos federales y regionales, llevó a cabo en 2007, un "concurso de excelencia" entre los centros de estudios superiores del país. Resultaron ganadoras seis universidades de todo el país entre las que se encontraba la de Heidelberg, siendo distinguida con la etiqueta de Universidad de Elite. Con sus sobresalientes logros en la investigación y la enseñanza se alinea entre las mejores universidades del mundo.
Es miembro del Grupo Coimbra y del LERU.
Fue fundada por Ruperto I, para tener en su territorio facultades para el estudio de la filosofía, teología, jurisprudencia y medicina. El Cisma de Occidente en 1378, que desgarró la cristiandad europea entre dos grupos hostiles, se inició con la elección de dos papas tras la muerte del Papa Gregorio XI en ese año. Un sucesor estaba en el Papado de Aviñón (elegido por los franceses) y el otro en Roma (elegido por los cardenales italianos). Los líderes seculares y espirituales alemanes se decantaron en su apoyo por el sucesor en Roma, lo que produjo consecuencias para los estudiantes y profesores alemanes en París: perdieron sus asignaciones y se tuvieron que marchar. El elector del Palatinado, Ruperto I, vio la oportunidad e inició un diálogo con la curia, que finalmente condujo a la concesión de la bula papal de fundación, que puede ser considerado como la creación de la Universidad de Heidelberg. El 18 de octubre de 1386 con una ceremonia se celebró la apertura de las puertas de la universidad. Como lema, Marsilio de Inghen, el primer rector de la universidad, eligió "Semper apertus" - el libro del aprendizaje está siempre abierto. En esos momentos Heidelberg podría tener no más de 3500 habitantes y en el primer año de existencia de la universidad tenía unos 600 inscritos. La primera lección se impartió el 19 de octubre de 1386. Así, la Universidad de Heidelberg es la universidad más antigua de Alemania (la primera universidad de habla alemana en establecerse en el mundo fue en Viena en 1365).
Durante la segunda mitad del siglo XVI la universidad pasó por un periodo floreciente, y fue convertida en una institución calvinista en el reinado del elector Luis VI del Palatinado. Atrajo a estudiantes procedentes de todo el continente desarrollándose como un importante centro cultural y académico de Europa. Sin embargo, con el comienzo de la guerra de los Treinta Años en 1618, la riqueza intelectual y fiscal de la universidad declinó. En 1622 la entonces Bibliotheca Palatina, biblioteca de la universidad, fue sustraída de la Heiliggeistkirche (la colegiata de la universidad) y llevada a Roma.
No se detuvo su decadencia hasta 1803. En este año, la universidad fue restablecida al estatus propio de la institución por Carlos Federico I de Baden y desde entonces su nombre se encuentra asociado con el de Ruperto I. El estudiante más influyente de esta época fue Karl Drais, inventor de un vehículo de dos ruedas con el que comenzó la mecanización y más tarde la motorización del transporte personal. Durante la última parte del siglo XIX, la Ruperto Carlos acogió un espíritu muy liberal y abierto de mente que fue especialmente impulsado por Max Weber, Ernst Troeltsch y un círculo de colegas alrededor de ellos. En la República de Weimar, la universidad fue reconocida como un centro de pensamiento democrático, propiciado por profesores como Karl Jaspers, Gustav Radbruch, Martin Dibelius y Alfred Weber. Desafortunadamente, hubo fuerzas contrarias trabajando dentro de la universidad: el físico nazi Philipp Lenard fue nombrado director del instituto de Física durante este tiempo. Seguido del asesinato de Walther Rathenau rehusó poner a medio mástil la bandera nacional en el instituto, lo cual provocó conflictos con los estudiantes comunistas.
Con la institucionalización de la Alemania nazi, la universidad al igual que las demás universidades alemanas, apoyó a los nazis y perdió a sus profesores disidentes. Pero tras la Segunda Guerra Mundial (1939-1945), ya que la ciudad se salvó en su mayor parte de la destrucción, la reconstrucción de la universidad fue rápida. Con la fundación del Collegium Academicum, Heidelberg sería el primer lugar de Alemania donde se estableció un gabinete de estudiantes gobernado por ellos mismos, y que actualmente sigue siendo el único. Nuevamente los estatutos obligaban a la universidad al "espíritu vivo de la verdad, justicia y humanismo".
Durante las décadas de 1960 y 1970, la universidad se expandió en gran medida. En las afueras de la ciudad, en el área del Neuenheimer Feld, se construyó un gran campus para medicina y ciencias naturales. La universidad se desarrolló lentamente pero en última instancia fue una de las células de base para las inquietudes políticas entre estudiantes, con las consiguientes protestas estudiantiles.
En 1975, una masiva intervención de la policía arrestó al parlamento estudiantil "AStA" al completo. Después de esto, el "Collegium Academicum", una organización universitaria progresista aneja a los campus de la universidad matriz, fue tomado por unos 700 oficiales de policía y se cerró definitivamente.
Durante la primera y segunda guerra del golfo, las Fuerzas del ejército estadounidense en Europa, situadas en la parte meridional de Heidelberg, fueron objetivo de varias manifestaciones (pacíficas) estudiantiles.
El programa alemán para el fomento de investigación científica y actividades académicas de alto nivel, financiado con recursos federales y regionales, llevó a cabo en 2007, un "concurso de excelencia" entre los centros de estudios superiores del país. Resultaron ganadoras seis universidades de todo el país entre las que se encontraba la de Heidelberg, siendo distinguida con la etiqueta de "Universidad de Elite".
En 2006 uno de cada cinco habitantes de la ciudad era un estudiante universitario.
Según el número de premios nobel afiliados a la universidad al tiempo del anuncio del premio, Heidelberg está ubicada en el primer lugar en Alemania, 4.ª en Europa y 13 en el mundo en 2008.
En octubre de 2012, The New York Times ubicó a la Universidad de Heidelberg en el lugar 12 a nivel mundial según "empleabilidad". El ranking fue basado en una encuesta entre reclutadores y gerentes de empresas internacionales líderes en veinte países distintos.
En 2014, U.S. News / QS World University Rankings colocó a Heidelberg en el puesto 49 de todo el mundo, primera en Alemania y decimocuarta en Europa.
El ranking Shanghai (ARWU) le adjudica a Heidelberg la primera posición en Alemania, 12 en Europa, y 49 en el mundo.
El ranking THE TIMES 2014 ubica a Heidelberg en tercer lugar en Alemania, 18.ª en Europa y 70.ª en el mundo.
En la actualidad alberga a unos 25.000 estudiantes. Más de 15.000 académicos y unos 400 profesores hacen de esta una de las mayores universidades de Alemania. Después de una reforma de sus estructuras, la universidad en el año 2003 constaba de doce facultades:
Facultad de Medicina, en un convenio con IAH International Academy for Homotoxicolgy