La Unión Soviética lanzó un ultimátum a Lituania antes de la medianoche del 14 de junio de 1940. Los soviéticos, usando un pretexto formal, demandaron que se les permitiera a un número sin especificar de soldados soviéticos entrar en territorio lituano y formar un gobierno prosoviético (posteriormente conocido como la República Socialista Soviética de Lituania). El ultimátum y la consecuente incorporación de Lituania a la URSS derivaron de la división de Europa del Este en las esferas de influencia alemana y rusa pactadas en el Pacto Ribbentrop-Mólotov de agosto de 1939, poco antes del comienzo de la Segunda Guerra Mundial en Europa. Lituania, junto con Letonia y Estonia, había caído bajo influencia rusa. De acuerdo al Tratado lituano-soviético de asistencia mutua de octubre de 1939, Lituania aceptó permitir a unos 20 000 soldados soviéticos estacionarse en varias bases dentro de Lituania a cambio de una porción de la Provincia de Vilna. El comienzo de la Guerra de Invierno con Finlandia retrasaría las acciones soviéticas posteriores para reafirmar el dominio sobre su esfera de influencia, que se retomarían después en la primavera de 1940, mientras Alemania hacía rápidos avances en Europa Occidental. A pesar de la amenaza a su independencia, las autoridades lituanas hicieron poco por organizar un plan de contingencias y no estaban preparados para el ultimátum.
Con las tropas soviéticas ya estacionadas en el país, conforme a lo dispuesto en el Tratado de Asistencia Mutua, fue imposible organizar una resistencia militarmente efectiva. El 15 de junio, Lituania aceptó incondicionalmente el ultimátum y perdió la independencia. Los soviéticos buscaban mostrar al mundo que no se trataba de una anexión u ocupación, sino de una legítima revolución socialista, iniciada por la población local, que pedía la unión a la URSS. Así, los soviéticos siguieron procedimientos semilegales tales como: tomar el control de las instituciones de gobierno, instalar un nuevo gobierno títere y organizar unas falsas elecciones para el Parlamento Popular (en lituano: "Liaudies Seimas"). Durante su primera sesión, los Seimas proclamaron la creación de la República Socialista Soviética de Lituania y pidieron su admisión en la Unión Soviética. La petición fue oficialmente aceptada por el sóviet supremo de la Unión Soviética el 3 de agosto de 1940. Al mismo tiempo, un proceso prácticamente idéntico se desarrollaba en Letonia y Estonia. Lituania no recobraría la independencia hasta el 11 de marzo de 1990, con la proclamación de la Ley de Restablecimiento del Estado de Lituania.
Los Estados bálticos de Lituania, Letonia y Estonia fueron parte del Imperio Ruso durante el siglo XIX, erigiéndose sus independencias como parte de las secuelas de la Primera Guerra Mundial. El surgimiento de la Alemania nazi en la década de los 30 hizo temer a los soviéticos una eventual invasión alemana, lo que animó a la Unión Soviética a firmar el Pacto Ribbentrop-Mólotov con Alemania en agosto de 1939, en un intento para retrasar esa posibilidad. Alemania inició la Segunda Guerra Mundial poco después con la invasión de Polonia el 1 de septiembre, seguida por la invasión soviética de Polonia el 17 de septiembre. El Protocolo Adicional secreto del Pacto, que fue reforzado por el Tratado Alemán-Soviético de Amistad, Cooperación y Demarcación del 28 de septiembre, dividía vastas zonas del noreste de Europa entre dos esferas de influencia, que se repartían las dos potencias. Una delegación lituana fue invitada a Moscú, donde firmó el Tratado de Asistencia Mutua el 10 de octubre de 1939, de acuerdo con el cual la Unión Soviética cedería a Lituania una parte de la Provincia de Vilna, incluyendo la importante ciudad de Vilna, ganada durante la invasión de Polonia. A cambio, tendría derecho a estacionar hasta veinte mil soldados del Ejército Rojo (en la propuesta original eran cincuenta mil) en bases militares permanentes en Lituania. Las fuentes oficiales soviéticas afirmaron que la presencia militar era necesaria para fortalecer la defensa de una nación débil ante un posible ataque alemán. A la postre, sería el primer paso hacia la ocupación de Lituania, descrito por The New York Times como «virtualmente, un sacrificio de su independencia».
A pesar de los diversos pactos, los temores soviéticos no desaparecieron. Según una postura sostenida desde hacía tiempo por la inteligencia militar rusa, el control del mar Báltico era crucial para la defensa de San Petersburgo, la segunda mayor ciudad de Rusia, y el territorio de los países bálticos se presentaba como una zona de contención entre Alemania y Rusia. Siguiendo esta estrategia, la URSS dio inicio a la Guerra de Invierno en Finlandia después de que ese país rechazara un tratado de asistencia mutua similar que Moscú había ofrecido. Stalin se hallaba intimidado por el éxito de los alemanes en Europa, que habían conquistado Dinamarca, Noruega, los Países Bajos, Bélgica y Luxemburgo hasta la primavera de 1940. De acuerdo con Nikita Jrushchov, después de la caída de Francia en mayo, Iósif Stalin expresó su preocupación de que Adolf Hitler pudiera masacrarlos.
La situación política en Lituania se mantuvo estable, pese a todo, entre octubre de 1939 y marzo de 1940. Los soviéticos no intervinieron en los asuntos internos lituanos y las tropas rusas se comportaban correctamente en sus bases. El 29 de marzo de 1940, el ministro de Exteriores Viacheslav Mólotov pronunció un discurso ante el Soviet Supremo de la Unión Soviética expresando su satisfacción con la ejecución de los tratados de asistencia mutua con Lituania, Letonia y Estonia. Mientras que, en público, los políticos lituanos alababan a la Unión Soviética por su generosidad y pregonaban la «tradicional amistad soviético-lituana», en privado entendían que el tratado era una seria amenaza a la independencia de Lituania. La actitud popular se reflejó en el eslogan "Vilnius – mūsų, Lietuva – rusų" (Vilna es nuestra, pero Lituania es de Rusia).
El Gobierno lituano había estado debatiendo sus opciones y valorando la posibilidad de ocupación desde noviembre de 1939. En ese momento, los enviados lituanos Stasys Lozoraitis, Petras Klimas, y Bronius Kazys Balutis prepararon un memorándum que contenía planes de contingencia. Aconsejaron reforzar el ejército, depositar fondos en el extranjero, revitalizar la Entente báltica de 1934 con Letonia y Estonia, e investigar la posibilidad de establecer de un Gobierno en el exilio. A pesar de que se aprobaron varias resoluciones, no hubo un resultado tangible. Durante el invierno de 1940, las naciones bálticas buscaron mayor cooperación. Conscientes de sus circunstancias, los tres Gobiernos fueron prudentes en sus comunicados, pero de todas formas las conversaciones serían usadas como la prueba de que Lituania conspiraba con Letonia y Estonia para violar el tratado de asistencia mutua.
El incremento de las tensiones entre la Unión Soviética y Lituania siguió una progresión paralela a la de los éxitos de Alemania. A mediados de marzo de 1940, la Guerra de invierno contra Finlandia terminó, lo que permitió a los soviéticos concentrar su atención en el control de los países bálticos. En abril, después de la ocupación alemana de Dinamarca, un enviado lituano en Moscú avisó de un aumento de la hostilidad de los diplomáticos soviéticos. Durante el mes de mayo, con la batalla de Francia en su apogeo, los soviéticos intensificaron su presión retórica y diplomática. El 16 de mayo, poco después de la invasión alemana de Luxemburgo, Bélgica y los Países Bajos, el periódico oficial soviético Izvestia publicó un artículo advirtiendo de la ingenuidad de los países pequeños al pretender permanecer neutrales mientras que los gigantes luchaban por su supervivencia. Entre el 18 y el 25 de mayo, los soviéticos trasladaron equipamiento militar de Vilna a Gaižiūnai, una localización mucho más cercana a Kaunas, donde se establecía el gobierno. La cercanía de esta acción a la entonces capital tuvo una gran carga simbólica.