El sitio de Malta, también conocido como el Gran Sitio de Malta, fue el asedio que, en 1565, sufrió la isla de Malta, sede de la Orden de Malta —llamada también Orden Hospitalaria de San Juan—, por parte del Imperio otomano, que la intentó conquistar y que culminó con la derrota de los invasores otomanos.
Situada estratégicamente al sur de Sicilia y casi equidistante de las costas libias y tunecinas, Malta controlaba las rutas comerciales entre el mar Mediterráneo Occidental y el Oriental, así como las que unían la península itálica y el Norte de África. Dotada de excelentes puertos naturales, su caída en manos turcas hubiera tenido consecuencias nefastas para la Europa cristiana, habida cuenta de la escasa resistencia que algunas potencias europeas —enzarzadas entre ellas en conflictos de escala continental — presentaban por entonces al avance del islam conquistador tanto de los turcos como de sus tributarios berberiscos.
Está considerado como uno de los asedios más importantes de la historia militar y, desde el punto de vista de los defensores, el más exitoso. Sin embargo, no debe ser visto como un hecho aislado, sino como el momento álgido de una escalada de las hostilidades entre los imperios español y otomano por el control del Mediterráneo, que incluyó un ataque previo sobre Malta en 1551 por parte del corsario turco Dragut Rais y que en 1560 había supuesto una importante derrota de la Armada Española ante los turcosen la batalla de Djerba.
La Orden de los Caballeros Hospitalarios de San Juan de Jerusalén cambió de nombre en 1530 a Orden de Malta —apodada «La Religión»—, desde que el 26 de octubre de ese año Philippe Villiers de l’Isle-Adam, Gran Maestre de la Orden, llegó junto con sus caballeros al Gran Puerto de Malta a tomar posesión de la isla, cedida por el Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, Carlos V.
Siete años atrás, a finales de 1522, los Caballeros habían sido expulsados de la isla de Rodas por el sultán del Imperio otomano, Solimán el Magnífico, tras un sitio de seis meses.
Entre 1523 y 1530 los Caballeros no tuvieron asentamiento alguno, hasta que el rey de España Carlos I les ofreció las islas de Malta y Gozo a cambio de un pago simbólico anual, consistente en un halcón, que se enviaría al Virrey de Sicilia y una misa a celebrar el Día de Todos Los Santos. También se les entregó Trípoli, plaza situada en un territorio hostil, pero que el rey pretendía utilizar para mantener a raya a los corsarios de Berbería, tributarios de los otomanos.
Tras consultar con el papa, Villiers de l’Isle-Adam aceptó la oferta con ciertos recelos, pues comparada con Rodas, Malta era una isla pequeña y desolada.
Durante algún tiempo los altos cargos de la Orden hicieron planes para reconquistar Rodas, pero pronto la Orden se acomodó a Malta como base de operaciones desde la que siguieron atacando provechosamente las naves turcas. La isla, en el centro del Mediterráneo, ocupaba una posición clave en el cruce de caminos entre Oriente y Occidente, de gran importancia estratégica, sobre todo cuando, desde 1540, los corsarios berberiscos empezaron a operar en aguas del Mediterráneo occidental, atacando con frecuencia las costas de la cristiandad y, entre otras, las de las islas Baleares, tierra que dio Grandes Maestres y de donde procedían muchos caballeros. Un ataque muy recordado es el de Turgut Reis —también conocido como Dragut— a Pollensa (Islas Baleares) en 1550, en el que los turcos salieron derrotados. Cada 2 de agosto se conmemora el evento, al grito del aviso que dio el héroe local Joan Mas:
Efectivamente, el corsario Dragut estaba empezando a ser una amenaza considerable para las naciones cristianas del Mediterráneo occidental, y la permanencia de la Orden de Malta en la isla era un obstáculo para sus propósitos. En 1551, Dragut y el almirante turco Sinán decidieron hacerse con Malta e invadieron la isla con unos 10 000 hombres. A los pocos días, Dragut detuvo el ataque y se trasladó a la vecina isla de Gozo, donde bombardeó la ciudadela durante varios días, hasta que finalmente el gobernador de los Caballeros en Gozo, Galatian de Sesse, considerando que la resistencia era inútil, rindió la ciudadela. El corsario turco tomó como rehenes a la práctica totalidad de la población (unos 5000 habitantes) para después dirigirse a Trípoli junto con Sinán Bajá, de donde expulsó fácilmente a la guarnición de Caballeros. En un primer momento, nombró gobernador a un prohombre local, Aga Morat, aunque poco después él mismo se erigió en Bey de la ciudad.
Ante estos ataques, el Gran Maestre de la Orden, Juan de Homedes, supuso que habría otra invasión otomana en menos de un año, por lo que dispuso que se reforzase el Fuerte de San Ángel en Birgu (hoy día Vittoriosa), y que además se construyesen dos fuertes nuevos, el de San Miguel en el promontorio de Senglea, protegiendo el Burgo, y el de Fuerte de San Telmo, en la falda de la península del Monte Sceberras (hoy día, centro urbano de La Valeta). Los dos fuertes nuevos se construyeron en apenas seis meses en el año de 1552, y los tres juntos fueron de una importancia crucial para el resultado del Gran Sitio. Especialmente San Telmo, encargado a un arquitecto italiano que lo diseñó de forma hoy conocida como traza italiana —en Italia denominada alla moderna— que era una adaptación a la importancia creciente de la artillería.
Los años siguientes fueron especialmente tranquilos para la isla, aunque las actividades de los corsarios turcos —turcos era una palabra que designaba también a todas las tribus bereberes, que mantenían algún tipo de vasallaje con el Sultán— y las de los cristianos no cesaron ni mucho menos.
En 1557 Jean Parisot de la Valette, caballero de la lengua de Provenza, fue elegido 49.º Gran Maestre de la Orden y alentó los ataques a embarcaciones no cristianas. Sus propias naves llegaron a apresar alrededor de 3000 esclavos musulmanes o judíos solo en el periodo en que ostentó el cargo de Gran Maestre.
No obstante ser un periodo relativamente tranquilo, en 1559 Dragut era ya un problema de primer orden para las potencias cristianas, llegando a atacar las costas orientales de España, en connivencia con los moriscos. Esto provocó que el rey Felipe II de España organizara una expedición naval con el fin de desalojar al corsario de su base tripolitana. La Orden se unió a la expedición, consistente en unas 54 naves y 14 000 hombres. La campaña finalizó en desastre, al verse sorprendida la flota cristiana cerca de la isla de Djerba por las fuerzas del almirante Pialí Bajá, en mayo de 1560. Los otomanos capturaron o hundieron la mitad de la flota y el lance marcó el ápice de la dominación otomana en aguas del Mediterráneo.
Después del episodio de la batalla de Djerba, la posibilidad de que los otomanos organizasen un ataque inminente contra Malta aumentó en gran medida.
Consciente de ello, en agosto de 1560 Jean de la Valette envió una orden a todos los priorazgos de la Orden de Malta instando a los caballeros a estar preparados para presentarse en Malta tan pronto como se publicase una citazione (citación). Así, los turcos cometieron un grave error estratégico dejando pasar la oportunidad de atacar la isla en ese mismo momento, con la flota mediterránea española maltrecha y no cinco años después, en los que España tuvo tiempo de rehacer su armada. A pesar de lo cual, «la Religión» continuó con gran éxito practicando el corso con las embarcaciones comerciales turcas.
A mediados de 1564, Mathurin Romegas, uno de los marinos más notables de la Orden, capturó cierto número de naves de importancia, entre las que se incluía una perteneciente al Eunuco Mayor del Serrallo, haciendo prisioneros a varios personajes de importancia, como el gobernador de El Cairo, el de Alejandría y la antigua tutora de la hermana del sultán Solimán. Los éxitos de los corsarios de Romegas dieron a los turcos un casus belli plausible y a finales de 1564, la Sublime Puerta decidió tomar medidas para repetir el éxito de 1522, pero esta vez, bastante más lejos de Anatolia, y mucho más cerca de los puertos españoles y de los de las Repúblicas marítimas italianas.