Shimon Sakaguchi (坂口 志文, Sakaguchi Shimon?, Nagahama, 19 de enero de 1951) es un inmunólogo japonés. Trabaja en la Universidad de Kioto y la Universidad de Osaka. Es conocido por el descubrimiento del linfocito T regulador y la descripción de su participación en el sistema inmunitario, así como por la aplicación de este conocimiento en el tratamiento de la autoinmunidad y el cáncer.
Recibió un doctorado en medicina y un doctorado de la Universidad de Kioto. Realizó investigación postdoctoral en los Estados Unidos en la Universidad Johns Hopkins y la Universidad de Sanford en 1983 a 1987 como becario Lucille P. Markey. Trabajó como profesor asistente en el Departamento de Inmunología en el Instituto de Investigación Scripps. Después de regresar a Japón en 1991, se convirtió en el jefe del Departamento de Inmunopatología en el Instituto Metropolitano de Gerontología de Tokio, Tokio. Entre 1998 y 2011, se desempeñó como profesor y luego director del Instituto de Ciencias Médicas de Frontera de la Universidad de Kioto. Su laboratorio se trasladó a la Universidad de Osaka en 2011.
En 2025, el Premio Nobel de Medicina o Fisiología le fue otorgado a Sakaguchi junto a Fred Ramsdell y Mary E. Brunkow por sus descubrimientos sobre la tolerancia inmunitaria periférica.
Medalla de Honor de Japón: 2009
Miembro extranjero de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos en 2012
Premio Internacional de la Fundación Gairdner: 2015
Premio Deutscher Immunologie: 2019
Premio Paul Ehrlich y Ludwig Darmstaedter: 2020
Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Shimon Sakaguchi.