La rebelión irlandesa de 1641 comenzó como un intento de golpe de Estado por la aristocracia católica que poblaba la isla de Irlanda, pero se convirtió en un conjunto de actos de violencia entre los nativos del país y los colonos procedentes de Inglaterra y de Escocia, dando lugar al comienzo del conflicto conocido como las guerras Confederadas. Estalló en la noche del 23 de octubre de 1641 tras una sucesión de situaciones de violencia y caos que continuaron durante varios meses, hasta que las clases terratenientes, junto al clero, formaron la Confederación católica en el verano de 1642. Uno de los principales instigadores del movimiento por la supresión del gobierno inglés fue Phelim O'Neill, noble que al igual que otros terratenientes católicos se sentía amenazado por los colonizadores ingleses y escoceses, particularmente durante la administración de Thomas Wentworth, conde de Strafford, señor diputado de Irlanda desde 1633-40.
Una vez organizada la resistencia, esta confederación se convirtió en el gobierno de facto en la mayoría de la isla, libre del control del Estado inglés, y vagamente alineada con el bando realista en las guerras de los Tres Reinos. El siguiente enfrentamiento continuó hasta 1650, cuando el «Nuevo ejército modelo» de Oliver Cromwell derrotó de forma decisiva a los católicos y a los Realistas y reconquistó el país.
La insurrección fue provocada por el temor que los irlandeses sentían ante una inminente invasión por parte de las fuerzas anticatólicas del Parlamento largo inglés y de los Covenanters escoceses. A su vez, la asociación de los rebeldes con el rey Carlos I de Inglaterra, Escocia e Irlanda promovió el estallido de la guerra civil inglesa. Las raíces de la contienda se asientan en la incapacidad por parte del Estado inglés de asimilar la élite nativa irlandesa durante el despertar de la reconquista Tudor y de la colonización del país. La población preisabelina se hallaba usualmente dividida entre irlandeses «viejos» (o gaélicos) e «ingleses viejos» o descendientes de los colonos normandos medievales. Grupos que eran históricamente antagonistas, con zonas asentadas de ingleses como La empalizada, alrededor de Dublín, en el Sur de Wexford y en otras ciudades amuralladas que se fortificaron contra los clanes gaélicos rurales. Sin embargo, hacia el siglo XVII, las diferencias culturales entre ambos grupos, especialmente en las élites sociales, tendieron gradualmente a desaparecer. Muchos lores ingleses no solo hablaban irlandés, sino que además adoptaron la poesía irlandesa, su música y sus costumbres, por lo que llegaron a ser descritos como «más irlandeses que los mismos irlandeses» (del latín Hibernis ipsis Hiberniores).
Durante este periodo fue común la práctica de la exogamia. En el despertar de la época isabelina, la población nativa se caracterizaba por profesar el catolicismo romano, en contraposición a los nuevos colonos anglicanos, los presbiterianos escoceses y la administración inglesa oficial, que era protestante. Durante décadas, entre el final de las guerras isabelinas de la reconquista de 1603 y el comienzo de la rebelión de 1641, la posición política de los señores irlandeses más acaudalados se vio amenazada por el gobierno inglés asentado en la isla.
Durante el siglo XVII, la conquista del país estuvo marcada por colonizaciones a gran escala, notablemente en Úlster y Munster, que consistieron en expropiaciones masivas de tierras a terratenientes irlandeses que se habían rebelado contra la Corona inglesa, y en ocasiones de sus trabajadores. Estos bienes pasaron a manos de colonizadores ingleses o escoceses. Los términos de las expropiaciones, particularmente en Úlster, fueron muy duros para los nativos: se les prohibió comprar o arrendar tierras en la zona colonizada y también trabajar en aquellas que eran propiedad de colonos. En 1607, como resultado de estas acciones, se disolvieron los antiguos clanes irlandeses O'Neills y O'Donnells, los cuales abandonaron la isla siguiendo a otros que lo habían hecho anteriormente en la conocida «Fuga de los Condes». Muchos de los exiliados (notablemente Owen Roe O'Neill) encontraron trabajo como mercenarios de los ejércitos católicos de España y Francia, formando una comunidad emigrante, militarmente hostil al gobierno inglés de la isla. El resentimiento que la colonización causó sobre las gentes, constituyó uno de los motivos principales que dieron lugar a la revuelta.
La mayoría de las clases superiores no se oponían ideológicamente a la soberanía del rey inglés sobre Irlanda, pero reivindicaban su condición de súbditos completos de la triple monarquía y el mantener su prominente posición en la sociedad. Esto no les fue concedido por dos factores: primero por su disidencia religiosa, y segundo por la amenaza que les cernía debida a la extensión de la colonización. La religión oficial de los tres reinos era el protestantismo. No asistir a los servicios de la iglesia protestante era punible con multas recusantes; y la práctica pública de otra religión, punible con arresto. Los católicos no podían ostentar altos cargos estatales o servir bajo cierto rango en el ejército. El consejo privado irlandés estaba dominado por los anglo-irlandeses protestantes. En 1613 ajustaron la constitución para permitir representantes ingleses y escoceses, lo que resultó en una mayoría de protestantes en el parlamento de Irlanda. Además, por una ordenanza del siglo XV (ley de Poyning), los irlandeses quedaron subordinados al parlamento inglés. Los protestantes dominaban la administración y aprovechaban todas las oportunidades para confiscar más posesiones a los nativos, cuestionando los títulos que de ellas poseían para así abrir el paso a sus colonizadores.
En respuesta, los irlandeses propusieron lo que se llamó Las Gracias, que consistía en apelar directamente al rey, primero a Jacobo I y después a Carlos I, solicitando plenos derechos como súbditos y la tolerancia de su religión. En varias ocasiones pareció que era posible un acuerdo, y los monarcas accedieron a sus peticiones a cambio de aumentar los impuestos. Sin embargo, los nativos se vieron decepcionados cuando después de 1630, al pagar los gravámenes, Carlos pospuso la implementación efectiva de sus demandas. Incluso a finales de 1630, Tomás Wentworth, el representante del rey en la isla, lanzó una nueva ronda de colonizaciones.
Con el pretexto de verificar los títulos que los nativos poseían de sus propiedades y así aumentar sus ingresos, Wentworth confiscó y colonizó tierras en Roscommon y Sligo. Además planeaba futuras colonizaciones en Galway y Kilkenny, dirigidas principalmente a las familias de los ingleses viejos. A juicio del historiador Padraig Lenihan, «Es probable que Wentworth hubiese encontrado resistencia armada por parte de los terratenientes gaélicos si hubiese llevado más lejos esta política». Sin embargo, la rebelión continuó con la desestabilización de las políticas inglesas y escocesas y la debilitada posición del rey.
Desde 1638 hasta 1640, muchos escoceses se involucraron en un altercado bélico conocido como la guerra de los obispos contra el intento de Carlos I, junto al arzobisbo Guillermo Laud, de reformar la iglesia escocesa para unir sus religiones en una, introduciendo un nuevo libro que reemplazaba el libro de oraciones escocés. El intento del rey por promover el catolicismo desencadenó una serie de disturbios que ocasionaron la formación de una alianza conocida como el Pacto escocés nacional, los cuales rechazaban cualquier movimiento que promoviese la religión católica y que los alejase de su creencia en el presbiterianismo. La tentativa del rey por sofocar la situación fracasó cuando el Parlamento largo inglés, el cual tenía una importancia religiosa similar a la de los escoceses, rechazó votar para que se pagasen nuevos impuestos para formar un ejército. Por el contrario, Carlos I comenzó a negociar con los irlandeses para reclutar un contingente militar que acudiese a sofocar la rebelión en Escocia a cambio de la concesión del requerimiento que tanto tiempo llevaban los católicos solicitando con el fin de poder practicar abiertamente su religión. A los escoceses y a los Parlamentarios esto les pareció la confirmación de que Carlos I era un tirano que quería imponer el catolicismo en sus reinos y gobernar de nuevo sin referencia a sus parlamentos, tal y como había hecho entre 1628 y 1640. Al principio de 1641, algunos escoceses junto a algunos Parlamentarios incluso propusieron invadir la isla para amortiguar el catolicismo organizado y así asegurarse de que ningún ejército irlandés pudiese desembarcar en Inglaterra.