La temporada 1999-2000 de la Primera División de España de fútbol corresponde a la 69.ª edición del campeonato. Comenzó el 21 de agosto de 1999 y terminó el 20 de mayo de 2000. Fue la primera temporada con tres puestos de descenso directo a Segunda División.
El Real Club Deportivo de La Coruña se proclamó campeón por primera vez en su historia, convirtiéndose en el noveno club en conquistar un título liguero.
Veinte equipos tomaron parte este año. El Club Deportivo Numancia jugó por primera vez en su historia en la máxima categoría.
Esta temporada el RCD Mallorca estrenó el Estadio de Son Moix. También el Nuevo Estadio Los Pajaritos, de Soria, se estrenó como campo de Primera.
La Primera División de España 1999-00 fue organizada por la Liga Nacional de Fútbol Profesional (LFP), aunque la Real Federación Española de Fútbol fue la responsable de la justicia deportiva y de designar a los árbitros de cada encuentro.
Como en temporadas precedentes, constaba de un grupo único integrado por veinte clubes de toda la geografía española. Siguiendo un sistema de liga, los veinte equipos se enfrentaron todos contra todos en dos ocasiones -una en campo propio y otra en campo contrario- sumando un total de 38 jornadas. El orden de los encuentros se decidió por sorteo antes de empezar la competición.
La clasificación final se estableció con arreglo a los puntos obtenidos en cada enfrentamiento, a razón de tres por partido ganado, uno por empatado y ninguno en caso de derrota. Los mecanismos para desempatar la clasificación, si al finalizar el campeonato dos equipos igualaban a puntos, fueron los siguientes:
El que tuviera una mayor diferencia entre goles a favor y en contra en los enfrentamientos entre ambos.
Si persiste el empate, el que tuviera la mayor la diferencia de goles a favor y en contra en todos los encuentros del campeonato.
En caso de empate a puntos entre tres o más clubes, los sucesivos mecanismos de desempate previstos por el reglamento fueron los siguientes:
La mejor puntuación de la que a cada uno corresponda a tenor de los resultados de los partidos jugados entre sí por los clubes implicados.
La mayor diferencia de goles a favor y en contra, considerando únicamente los partidos jugados entre sí por los clubes implicados.
La mayor diferencia de goles a favor y en contra teniendo en cuenta todos los encuentros del campeonato.
El mayor número de goles a favor teniendo en cuenta todos los encuentros del campeonato.
Al término del campeonato el equipo que acumuló más puntos, se proclamó campeón de la liga española y se clasificó para la fase de grupos de la próxima Liga de Campeones de la UEFA, junto con el segundo clasificado. El tercero y el cuarto (Real Zaragoza) también obtuvieron la clasificación para dicha competición, aunque disputando las eliminatorias preliminares. Aunque en este caso por conseguir el Real Madrid ganar la Liga de Campeones, el cuarto clasificado, el Real Zaragoza, no disputó la Liga de Campeones, ya que su plaza la ocupó el Real Madrid.
El quinto y el sexto clasificado obtuvieron una plaza para la Copa de la UEFA de la temporada siguiente, junto con el ganador de la Copa del Rey.
Los dos equipos mejor clasificados que no accedieron a la Liga de Campeones ni a la Copa de la UEFA pudieron participar en la Copa Intertoto de la UEFA, torneo clasificatorio para la Copa de la UEFA.
A partir de esta temporada, se suprime la promoción de ascenso y descenso. Los tres últimos equipos fueron relegados, directamente, a la Segunda División para la próxima temporada. De esta ascendieron, a su vez, los tres primeros clasificados, para reemplazar a los equipos descendidos.