Philipp Franz von Siebold (Würzburg, 17 de febrero de 1796 - Múnich, 18 de octubre de 1866) fue un médico, botánico y viajero alemán. Fue el primer europeo que enseñó medicina occidental en Japón. Adquirió notoriedad por su estudio de la flora y fauna del archipiélago nipón, biotopo único abundante en endemismos.
Nacido en Würzburg, Baviera en el seno de una familia de médicos y profesores de medicina, inicialmente estudió medicina en la Universidad de Würzburg desde noviembre de 1815. Uno de sus profesores fue Franz Xaver Heller, autor de Flora Wirceburgensis (flora del Gran Ducado de Würzburg, 1810-1811). Ignaz Döllinger, su profesor de Anatomía y Fisiología, sin embargo, fue el que más le influenció. Döllinger fue uno de los primeros profesores en comprender y tratar la medicina como una Ciencia de la Naturaleza. Von Siebold permaneció en contacto con Dollinger, el cual a su vez, entraba en contacto regularmente con otros científicos punteros de su tiempo. Leyó los libros de Alexander von Humboldt, un famoso naturalista y explorador, que probablemente incrementó sus deseos de viajar a lugares lejanos. Von Siebold alcanzó su graduación en medicina en 1820. Ejerció la medicina durante un tiempo en Heidingsfeld, Alemania.
Invitado a Holanda por un allegado a su familia, solicitó un puesto de médico militar. Este puesto le permitió viajar a las colonias neerlandesas. Entró en el servicio militar neerlandés el 19 de junio de 1822. Se le designó como médico en la fragata Adriana en el viaje que partiendo de Róterdam debía de arribar a Batavia (actualmente Yakarta) en las Indias Orientales Neerlandesas (actualmente Indonesia), en su viaje a Batavia en la fragata Adriana, practicó sus conocimientos de la lengua holandesa y rápidamente aprendió Malayo. Durante su largo viaje, empezó una colección de fauna marina. Llegó a Batavia el 18 de febrero de 1823.
Como oficial médico, fue asignado a una unidad de artillería. Sin embargo, permaneció unas semanas en la residencia del gobernador general para recobrarse de una enfermedad. Con sus conocimientos de erudito, impresionó al gobernador General barón Van der Capellen y al encargado del Jardín Botánico de Buitenzorg, Caspar Georg Karl Reinwardt. Estos se lo presentaron a unos terceros, Engelbert Kaempfer y Carl Peter Thunberg (autor de la Flora Japonica), ambos antiguos médicos residentes en Deshima. La academia de las Ciencias y las Artes de Batavia le hizo uno de sus miembros.
Enviado a Dejima Isla de Nagasaki el 28 de junio de 1823, llegó a la isla el 11 de agosto de 1823 como el nuevo residente médico y científico. Durante su accidentado viaje escapó por poco de ahogarse a causa de un tifón en el Mar oriental de China. Debido a que solamente se permitía permanecer en esta isla a un pequeño número de ciudadanos holandeses, el puesto de científico y médico debían de ser ocupados por la misma persona. En esos momentos, Dejima era el único lugar de Japón donde podía acceder la Compañía Holandesa de las Indias Orientales con fines comerciales.
Von Siebold invitaba continuamente a los científicos japoneses, para mostrarles las maravillas de la ciencia occidental, aprendiendo por contrapartida de los japoneses y de sus costumbres. Después de curar a un influyente oficial local, se ganó la singular prerrogativa de poder abandonar el enclave comercial de Dejima y poder desplazarse fuera de él hacia el vecino puerto de Nagasaki. Aprovechó la oportunidad que se le daba para tratar a sus pacientes japoneses que se encontraban en el gran área alrededor del puerto.
Debido a que los matrimonios mixtos entre japoneses y occidentales estaban prohibidos, vivió amancebado con su pareja japonesa Kusomoto Sonogi. En 1827 Kusomoto Sonogi dio a luz a su hija, Oine. Más tarde, Oine fue la primera mujer "doctor" y partera (hebamme) del Japón y murió en 1903. Von Siebold acostumbraba a llamarla "Otakusa" y nombró una Hydrangea en su honor.
Von Siebold promovió activamente el Rangaku -la transmisión de conocimientos científicos europeos- con la ayuda de 50 intérpretes (designados por el shōgun) y estudiantes japoneses. Su casa, la escuela Narutaki, se convirtió en el lugar de encuentro de unos cincuenta rangakusha. Se reconoce por los japoneses a von Siebold el mérito de haber sido el experto que transmitió la ciencia europea en Japón de manera masiva, aprovechando que el neerlandés se había convertido en la lengua franca por estos contactos académicos.
Sus pacientes japoneses, en el ejercicio como médico, le pagaban con toda clase de objetos y artefactos que más tarde podrían tener importancia. Estos objetos de uso cotidiano, más tarde serían la base de una enorme colección etnográfica de Von Siebold, la cual consta de objetos de uso diario en el hogar, trabajos en madera, herramientas y objetos artesanales utilizados por las gentes del Japón.
Sin embargo su máximo interés, estaba enfocado en el estudio de la fauna y flora japonesa, y recolectó tanto material como pudo. Comenzando a plantar un pequeño Jardín botánico detrás de su casa, (no había mucho espacio en la pequeña isla) reunió más de 1000 plantas nativas. En una casa de cristal especialmente construida, cultivaba las plantas japonesas, para que pudieran soportar el clima neerlandés. Artistas locales japoneses dibujaron imágenes de estas plantas, creando ilustraciones botánicas e imágenes de la vida diaria del Japón, que complementaban su colección etnográfica. Contrató cazadores japoneses para conseguir animales raros y recolectar especímenes. Muchos especímenes fueron recolectados con la ayuda de colaboradores japoneses, Ito Keiske, Mizutani Sugerok, Ohkochi Zonshin y Katsuragawa Hoken, un médico del shōgun. Además, el asistente de von Siebold y su sucesor, Heinrich Bürger, probó ser un elemento indispensable para el buen desenvolvimiento del trabajo de von Siebold en Japón.
Fue el primer introductor en Europa de plantas de jardín que actualmente resultan muy familiares, como Hosta e Hydrangea otaksa. Sin que lo supieran los japoneses, Von Siebold también sacó de contrabando fuera del país semillas germinables de la planta del té, para el jardín botánico Buitenzorg en Batavia. Con este acto tan simple, comenzó el cultivo del té en la isla de Java, entonces una colonia holandesa. Hasta entonces Japón había reservado estrictamente el comercio en plantas de té; es de mencionar, que en 1833, Java albergaba ya más de medio millón de plantas de té.
Durante su permanencia en Deshima, Von Siebold mandó tres navíos con un número desconocido de especímenes de Herbario a Leiden, Gante, Bruselas y Amberes. En el cargo mandado a Leiden iba el primer espécimen de la "salamandra gigante de Japón" (Andrias japonicus) en ser enviado a Europa.
En 1825 la compañía de la Indias Orientales le suministró dos asistentes: el farmacéutico y minerólogo Heinrich Bürger (su último sucesor) y el pintor Carl Hubert de Villeneuve. Cada uno de ellos probaría serle útil en sus esfuerzos investigadores que abarcaban desde la etnografía, la botánica, a la horticultura, en el intento de documentar la exótica experiencia japonesa.
Se sabe que no tenía un carácter fácil de tratar, pues continuamente entraba en conflicto con los oficiales holandeses de rango superior, que le reprochaban su actitud de superioridad en el trato. Este rosario de conflictos resultó en el reclamo por parte de las autoridades coloniales neerlandesas para que volviera a Batavia en julio de 1827. Pero el barco Cornelis Houtman, que fue mandado para conducirlo de vuelta a Batavia, fue arrojado por un tifón, contra la orilla de la bahía de Nagasaki. La misma tormenta dañó gravemente Dejima y destruyó su jardín botánico. Reflotado y reparado el Cornelis Houtman, hizo el viaje de vuelta a Batavia con 89 cajones de lo que se pudo salvar de la colección botánica, sin embargo, Von Siebold permaneció en Dejima.
En 1828 hizo un viaje a la corte de Edo. Durante el largo viaje fue recolectando numerosas plantas y animales. Pero también obtuvo copias de varios mapas de Japón y de Corea, que le suministró el astrónomo de la corte, Takahashi, un acto que estaba estrictamente prohibido por el gobierno japonés. Cuando por casualidad se descubrió que Von Siebold poseía tales artículos, el gobierno del bakufu lo acusó de ser espía de Rusia.