Melchor de Liñán y Cisneros (Torrelaguna, España, 19 de diciembre de 1629 - Lima, Perú, 28 de junio de 1708), fue un clérigo secular y político español que sirvió en distintos cargos administrativos en los territorios de América española. Fue obispo de Santa Marta (1664-1668) y de Popayán (1668-1672); gobernador y capitán general del Nuevo Reino de Granada (1671-1675) y presidente de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá (1671-1674); arzobispo de La Plata o Charcas (1672-1677); 8.º arzobispo de Lima (1677-1708); y 21.º virrey del Perú (interino, 1678-1681).
Como virrey del Perú, se preocupó por la defensa de las costas, enfrentando las correrías de los corsarios ingleses Bartholomew Sharp y John Watling, a quienes infligió una derrota ante el puerto de Arica en 1681. Además, consumó la expulsión de los portugueses de la colonia de Sacramento. En el aspecto económico mejoró las rentas y pudo enviar a España la cantidad de 2 164 080 pesos. Se preocupó por la protección de los indígenas y le correspondió promulgar las Leyes de Indias recopiladas en cuatro tomos (1680). En el orden interno tuvo que enfrentar una revuelta de los franciscanos criollos, descontentos con la elección de superiores venidos de España.
Como arzobispo de Lima, le correspondió celebrar las beatificaciones de Francisco Solano y de Toribio de Mogrovejo, que se realizaron en 1679 y 1680, respectivamente. Se esforzó también en imponer la disciplina en el clero. Reformó los monasterios de monjas, limitando su número. Tuvo una destacada actuación durante la reconstrucción de la ciudad de Lima luego de que esta fuera asolada por el terremoto de 1687. Por su cuenta reconstruyó la Iglesia del Sagrario y el palacio arzobispal. Favoreció también a los monasterios, beaterios, casa de recogimiento y hospitales, gestionando ante la Corona que se les otorgara licencias de funcionamiento y rentas; él mismo puso de su propio peculio en muchos casos y dio cuantiosas limosnas a los menesterosos. Gobernó casi 31 años como arzobispo, siendo el periodo más largo que tuvo un prelado en Lima durante la época virreinal. Le sigue en extensión el periodo del arzobispo Pedro de Villagómez, que duró 30 años y 10 meses.
Oriundo de la villa de Torrelaguna, en la arquidiócesis de Toledo, fue hijo de Francisco de Liñán de Cisneros e Isabel González. Estaba emparentado con el gran cardenal de los Reyes Católicos, Francisco Jiménez de Cisneros.
En la Universidad de Alcalá de Henares estudió Artes y Teología, doctorándose en esta última materia. Luego de recibir las órdenes sacerdotales, ofició de párroco en las villas de Santa María de Buitrago y de Torrelaguna.
En 1660 pasó a la villa y corte de Madrid, donde tuvo a su cargo la parroquia de San Salvador, hasta 1664. Al mismo tiempo ejerció como Calificador del Santo Oficio. Su desempeñó en tales responsabilidades le sirvió de trampolín para pasar a América envestido de las más altas dignidades.
Obispo y Gobernador en Nueva Granada
El 30 de agosto de 1664 fue propuesto por el rey Felipe IV como obispo de Santa Marta, en el Nuevo Reino de Granada (actual Colombia). El 6 de octubre de 1664 fue preconizado por el papa. En noviembre de dicho año se embarcó hacia su sede, de la que tomó posesión el 18 de enero de 1665, sin esperar la llegada de las bulas y el palio. Finalmente fue consagrado en Cartagena de Indias por el obispo Antonio Sanz Lozano, posiblemente en junio de dicho año.
En el breve tiempo que rigió la diócesis de Santa Marta, se dedicó a poner orden las rentas de la curia y a realizar la visita pastoral, preocupándose por frenar el maltrato que sufrían los indígenas.
El 22 de junio de 1666 fue promovido al obispado de Popayán, tomando posesión el 20 de octubre de 1667 como obispo electo. Pero la ceremonia oficial tardó en realizarse a la espera de la llegada de las bulas y el palio, hasta que finalmente se pudo realizar el 24 de julio de 1669.
No bien iniciaba la visita pastoral en el territorio de su nueva diócesis, cuando el 5 de diciembre de 1670 la Corona le nombró Gobernador y capitán general interino de Nueva Granada, y Presidente de la Real Audiencia de Santafé, cargos que asumió el 2 de junio de 1671. La primera labor que se le encomendó fue abrir un juicio de residencia a su antecesor, el general Diego de Villalba y Toledo, así como a dos oidores y al fiscal, acusados de abusos de autoridad.
Simultáneamente contuvo una nueva sublevación de indios yareguíes en el Magdalena y luego retiró la tropa para encomendar su adoctrinamiento a los padres franciscanos. En su gobierno se hizo sentir la acción de los piratas: fueron asaltadas Panamá, Portobelo, Cartagena de Indias y Santa Marta; las islas de Santa Catalina y Providencia pasaron a manos de los ingleses, para luego ser recuperadas.
Arzobispo de La Plata o Charcas
Continuaba siendo gobernador de Nueva Granada, cuando el 15 de septiembre de 1671 la Santa Sede lo designó como arzobispo de La Plata, en la provincia de Charcas, actual Bolivia. Pero continuó en el gobierno de Nueva Granada hasta el 18 de junio de 1674, cuando dio por culminada su misión con el envío de los autos de procesamiento del depuesto gobernador Villalba al Consejo de Indias.
Partió entonces hacia Charcas y a su paso por Popayán recibió el palio arquiepiscopal de su antecesor en la sede altiplánica, Cristóbal Bernardo de Quiroz. Continuó luego el largo viaje hacia su sede, que distaba mil leguas en total. Pasó por Lima y llegó finalmente a La Plata, tomando posesión de su silla el 12 de agosto de 1675.
En su nueva sede se destacó por sus obras de asistencia social y su esfuerzo en mejorar la educación y el culto sagrado, utilizando hasta su propio peculio para financiar las obras. Pero este gobierno epicospal sería nuevamente muy corto.
Arzobispo de Lima y virrey del Perú
El 14 de diciembre de 1676, Liñán y Cisneros fue promovido a la arquidiócesis de Lima, vacante entonces por la muerte del arzobispo Juan de Almoguera. Pero demoró en tomar posesión de su nueva sede por no llegar oportunamente las bulas y el palio, pudiendo hacerlo finalmente el 18 de febrero de 1678.