Martin Doktor (Polička, 21 de mayo de 1974) es un deportista checo que compitió en piragüismo en la modalidad de aguas tranquilas.
Participó en tres Juegos Olímpicos entre los años 1996 y 2004, obteniendo dos medallas de oro en Atlanta 1996, en las pruebas de C1 500 m y C1 1000 m. Ganó catorce medallas en el Campeonato Mundial de Piragüismo entre los años 1995 y 2003, y doce medallas en el Campeonato Europeo de Piragüismo entre los años 1997 y 2006.
Lista de medallistas olímpicos y mundiales en piragüismo (1936-2007): parte 1, parte 2. Federación Internacional de Piragüismo (en inglés).