Margarita Gonzaga (Mantua, 2 de octubre de 1591-Nancy, 6 de febrero de 1632) fue una noble italiana perteneciente a la familia Gonzaga. Era hija del duque Vicente I Gonzaga de Mantua y de Montferrato, y de Leonor de Médici, primogénita del gran duque Francisco I de Toscana y de la archiduquesa austriaca Juana de Habsburgo-Jagellón. Además, era hermana menor de los duques Fernando IV y Fernando I, y la hermana mayor del duque Vicente II y de Leonor Gonzaga.
Se casó el 24 de abril de 1606 con Enrique II de Vaudemont, duque de Lorena (1563-1624). De esta unión nacieron dos hijas:
Nicole (1608-1657), duquesa de Lorena. Casada en 1631 con su primo hermano, el duque Carlos IV de Lorena (1604-1675).
Claudia (1612-1648), casada en 1634 con el duque Nicolás II Francisco de Lorena (1609-1670).