Manuel Marques de Sousa (Río Grande, 1780 - Montevideo, 1824) fue un militar brasileño.
Nació en 1780 en Rio Grande do Sul. Era hijo del teniente general Manuel Marques de Sousa, el primero de ese nombre.
Llegó a estar implicado en los conflictos territoriales entre Portugal y España en el actual Brasil meridional. Participó en las invasiones portuguesas contra el general José Gervasio Artigas, reconquistando las posiciones que había conquistado el general Lecor y Artigas las había tomado nuevamente bajo su poder. Estas eran el fuerte de Santa Teresa, la ciudad de Maldonado, Rocha y Pelotas (Río Grande del Sur). Sufrió una contusión durante la Batalla de India Muerta en 1816. Murió envenenado cerca de Montevideo en 1824.
Fue padre del conde de Porto Alegre.