Los Mártires de Córdoba es como se conoce a un grupo de cristianos mozárabes —cerca de medio centenar— que optaron por el martirio al proclamar que Mahoma era un falso profeta (a sabiendas de las consecuencias) o fueron ejecutados por apostasía al haber incumplido la ley islámica (renegar del islam después de haberlo profesado) durante los emiratos de Abderramán II y Mohamed I en el Emirato de Córdoba, concretamente entre los años 850 y 859.
Fueron documentados por el clérigo Eulogio de Córdoba, cuyos escritos son, junto con los de Álvaro de Córdoba (biógrafo de Eulogio), la única fuente de los hechos. Eulogio consideraba que los mozárabes de Córdoba estaban viviendo unos «tiempos mortíferos» y frente a ellos los cristianos tenían que reaccionar poniendo de relieve los errores del Islam aunque ello supusiera su condena a muerte. La Iglesia católica conmemora su festividad el 7 de junio.
Tras la invasión musulmana de la península ibérica en el año 711 los cristianos de las zonas conquistadas se convirtieron en dhimmis o protegidos, término que englobaba a judíos y cristianos, los cuales, de acuerdo con el Corán, eran considerados «gente del Libro» por basar su fe en la Torá o en la Biblia entera, escritos considerados igualmente sagrados por el islam, lo que significaba que merecían protección y respeto por parte de los musulmanes, a diferencia de los paganos. Los dhimmis estaban sujetos a una serie de leyes que les obligaban a pagar un impuesto especial, la yizia, y se les permitía practicar su fe siempre que no hicieran apología o dañaran al islam en modo alguno. De este modo los insultos a la fe islámica se consideraban blasfemias y estaban penados con la muerte. También se consideraba (y se sigue considerando) blasfemia la apostasía de la fe islámica. Esto incluía a los hijos de matrimonios mixtos que según la ley islámica se consideran automáticamente musulmanes.
Muchos cristianos mozárabes veían con preocupación cómo la población se iba arabizando e islamizando progresivamente. Uno de ellos era el clérigo Eulogio de Córdoba quien, al igual que su maestro y amigo Álvaro de Córdoba, compuso una serie de obras en las que hizo una exaltación del martirio. Ambos estaban convencidos de que los cristianos en Al-Ándalus estaban viviendo unos «tiempos mortíferos» ante los que la única alternativa que cabía era morir por su fe, poniendo así de relieve los errores del islam. Según Eduardo Manzano Moreno, «el espejo en el que Eulogio se contemplaba era el de los mártires de la primera época y su esperanza residía en la posibilidad de generar un movimiento que fuera incontenible como el que en los primeros tiempos había obligado a los emperadores romanos a tener que ceder ante el cristianismo». Según Cyrille Aillet, «en el marco de Córdoba, nueva Roma pagana, Eulogio y Álvaro exaltan la lucha de los elegidos contra las fuerzas del mal. Diabolizando el islam, intentan sobre todo combatir la atracción que ejerce el islam sobre su comunidad. Tanto como la conversión, Álvaro denuncia el gusto de sus contemporáneos por la lengua árabe, vector de una cultura de imperio en plena expansión. Los jóvenes cristianos, visiblemente más aficionados a la poesía y a la dialéctica árabes que a los textos patrísticos, descuidan el aprendizaje del latín, lengua sagrada de la Iglesia».
Eulogio consiguió convencer a varias decenas de cristianos de Córdoba para que se presentaran ante el juez musulmán (cadí) y dijesen que Mahoma era un falso profeta y negasen que la religión musulmana fuese verdadera, teniendo la seguridad de que serían condenados a muerte porque la ley islámica prohíbe lo que considera blasfemia contra el profeta y su religión. Así fueron ejecutados unos cincuenta mozárabes cordobeses, entre los que se encontraban Aurelio y su esposa Sabigoto que fueron convencidos por Eulogio para que emprendieran el martirio con la promesa de que así alcanzarían el paraíso —y ello a pesar de que tenían dos hijas de corta edad, a las que dejaron huérfanas—. Los martirios voluntarios solo fueron disminuyendo hasta desaparecer tras la ejecución del propio Eulogio que tuvo lugar en año 859. Unos años antes, en 852, Recafredo, obispo de Córdoba, había convocado a instancias del emir de Córdoba un concilio para intentar detener los martirios voluntarios.
Eduardo Manzano Moreno ha destacado que el de los mártires de Córdoba no fue un movimiento popular —participaron fundamentalmente familias ricas de la capital del emirato— ni contó con el beneplácito de la jerarquía eclesiástica cristiana mozárabe —rechazó conceder la calidad de mártires a los que habían sido ajusticiados pues según ella no habían sido víctimas de ninguna persecución sino que se habían inmolado al desafiar públicamente los dogmas del islam—. Este historiador lo interpreta como «una reacción desesperada de gentes desesperadas». «La islamización creciente de la población estaba provocando una gradual pérdida de control social por parte de unos grupos acomodados acostumbrados a dotar iglesias o constituir dominios monásticos en manos de familiares cercanos. Los templos desiertos u ocupados por musulmanes eran testigos de lo imparable de un fenómeno que no se debía a una orden concreta de los emires, sino al imparable proceso de islamización que estaba transformando la sociedad andalusí».
Hace ya muchas décadas José Ángel García de Cortázar señaló a los «medios intelectuales intransigentes de la comunidad mozárabe frente a la progresiva islamización de la población de Al-Andalus» como los responsables de lo sucedido, con Eulogio de Córdoba y Álvaro de Córdoba al frente. Su intransigencia «les lleva a elaborar la teoría del martirio voluntario: bastaba con presentarse al cadí —oficial de justicia— y blasfemar de Mahoma para ser ejecutado; la sangre de los mártires rescataría de su debilidad a la comunidad mozárabe y prestaría a los vacilantes el calor del ejemplo» para mantenerse fieles a la religión cristiana.
Según el historiador francés Cyrille Aillet, la jerarquía eclesiástica mozárabe de la época, que mantenía una actitud conciliadora con el poder musulmán, rechazó conceder la calidad de mártires a algunos individuos que consideraba que no habían sido víctimas de ninguna persecución, sino que se habían inmolado al desafiar públicamente los dogmas del islam, mientras que a los mártires ejecutados por apostasía Eulogio y Álvaro los presentan como arrepentidos ejemplares, pero avergonzaban a dicha jerarquía. Sin embargo, Aillet afirma que sería un error interpretar los mártires de Córdoba como un llamamiento a la rebelión lanzado por un puñado de fanáticos religiosos. El testimonio de estos mártires tendría sobre todo un mensaje alegórico. Inspirados por los primeros mártires de la Iglesia y estableciendo un paralelismo entre la Roma pagana y la Córdoba califal, Eulogio y Álvaro pretendían combatir la arabización de sus contemporáneos hispanos al satanizar el islam.
Recientemente (2024) la arabista española Maribel Fierro ha señalado que «este episodio plantea dos cuestiones de relevancia. La primera es que parte de los correligionarios de estos "mártires voluntarios" se opusieron a ellos... lo que indica que entre los cristianos había posturas discrepantes sobre cómo vivir bajo gobierno musulmán. La segunda es que los cristianos que se decidieron a poner en riesgo su vida interpretaron el contexto en el que vivían como si estuvieran sometidos a una persecución: para ellos, la supremacía política de los musulmanes y la atracción de la nueva religión y la nueva cultura asociadas a los gobernantes ejercían sobre los cristianos, especialmente los jóvenes, constituían una situación que ponía en peligro la supervivencia de su forma de vida anterior y actuaron como si estuviesen siendo perseguidos».
Las ejecuciones están recogidas en una única fuente escrita por Eulogio de Córdoba, que fue uno de los dos últimos ejecutados. En Oviedo se conservó un manuscrito de su Documentum martyriale tres libros del Memoriale sanctorum y el Liber apologeticus martyrum, que son los únicos escritos conservados de este clérigo, cuyos restos fueron trasladados a la capital asturiana en 884.