Juan Manuel Vargas Risco (Lima, 5 de octubre de 1983) es un exfutbolista peruano. Jugaba de lateral izquierdo o extremo y su último equipo fue el Club Universitario de Deportes de la Primera División del Perú. Se formó en las divisiones menores de Universitario de Deportes con el que debutó en Primera División durante la temporada 2002, en la que obtuvieron el título del Torneo Apertura.
A mediados de 2005, fue cedido al Club Atlético Colón de la Primera División de Argentina. Gracias a sus buenas actuaciones atrajo la atención del Calcio Catania que lo contrató por 3 millones 350 mil dólares. Luego de permanecer durante dos temporadas en el equipo catanesi, fue fichado por la Fiorentina por un monto de 12 millones de euros. Con la fiore disputó cuatro temporadas en la primera división italiana y en agosto de 2012 fue cedido en préstamo al Genoa para finalmente regresar a la Fiorentina al año siguiente. Luego, tuvo un breve paso por España jugando por el Real Betis teniendo buenas actuaciones, convirtiendo dos goles y siendo incluido en el once ideal de latinoamericanos en la Liga Española de aquella temporada. Finalizó sus dos últimos años de carrera jugando por Universitario de Deportes.
Con la selección de fútbol del Perú debutó en un encuentro ante Paraguay el 13 de octubre de 2004. Con ésta disputó la Copa América 2011 celebrada en Argentina y la Copa América 2015 en Chile. Participó en sesenta y dos partidos internacionales con la blanquirroja y marcó cuatro goles.
Vargas comenzó su carrera como futbolista en las divisiones menores del Club Universitario de Deportes del Perú. Por recomendaciones de Luis Salhuana (padre de otro juvenil crema), llegó a las filas del Unión Minas de Cerro de Pasco, dirigido en ese entonces por Roberto Mosquera Vera. En este equipo nunca viajó a provincias, jugaba con los juveniles del conjunto cerreño y decidió retirarse del cuadro provinciano debido a la mala situación económica y futbolística del club minero. En el año 2002 regresó a la «U», aunque no llegó a tener muchas oportunidades de jugar debido a la presencia de experimentados futbolistas que tenía el cuadro estudiantil, donde destacaban José Guillermo del Solar, José Luis Carranza, Óscar Ibáñez, José Pereda, Martín Vilallonga, entre otros. La situación del club fue complicada tanto en lo futbolístico como en lo económico, hasta el punto que los futbolistas profesionales decidieron irse a la huelga y la dirigencia decidió recurrir a los juveniles.
De esta forma, Juan Vargas debutó oficialmente con Universitario el 24 de noviembre de ese mismo año en un encuentro disputado contra Cienciano en el Estadio Monumental que finalizó con marcador de 3:2 a favor de los cusqueños. Entre lo más destacable se apreció la actuación de Vargas, quien anotó un gol desde unos cuarenta metros de distancia a los sesenta y dos minutos del encuentro para decretar el empate transitorio. Luego, tuvo la oportunidad de ser titular bajo la dirección técnica del uruguayo Ricardo Ortiz, en la Copa Libertadores 2003, donde el cuadro crema luchó hasta la última fecha pero fue eliminado en la primera fase. En la temporada siguiente anotó seis goles en cuarenta y un encuentros, finalizando su equipo en la quinta posición de la tabla acumulada con ochenta y cuatro puntos clasificando así a la Copa Sudamericana 2005.
Después de tres temporadas, el lateral dejó a Universitario de Deportes y fue cedido al Club Atlético Colón. En Argentina, pudo seguir desarrollando su habilidad para ejecutar tiros libres, adueñándose de los balones parados. En su primera temporada con el club argentino disputó dieciocho encuentros y anotó tres goles en la liga. En el Torneo Clausura 2006 anotó un gol en treinta y nueve encuentros del campeonato nacional. Al Atlético Colón no le fue nada bien en el torneo, finalizó en el puesto 16.° con veinte puntos producto de cinco victorias, cinco empates y nueve derrotas. Cuando empezaba la segunda parte del año 2006 y el club se preparaba para el Torneo Apertura de dicha temporada, una oferta del Portsmouth F. C. de Inglaterra hizo que el peruano viajara a Europa. Tras no llegar a un acuerdo con el cuadro inglés, fue fichado por el Calcio Catania de Italia. El monto de la venta fue de 3 millones 350 mil dólares.
Su debut con el cuadro catanesi se produjo en un encuentro amistoso ante el U. S. Palermo que finalizó con marcador de 5:1 a favor del Catania. Su debut oficial en la Serie A se dio el 1 de octubre de 2006, en la quinta jornada de la temporada 2006-07 ante la Fiorentina, con derrota para su club por 3:0. Su primer gol lo anotó el 31 de octubre de 2007 ante el A. C. Siena para decretar el empate final en la décima jornada de la campaña 2007-08. En esa misma temporada, marcó un gol de bolea en un encuentro por los octavos de final de la Copa Italia ante el A. C. Milan que finalizó con marcador de 1:1, permitiendo al Catania avanzar hasta la siguiente fase, donde nuevamente fue incluido en la plantilla titular para enfrentar al Udinese Calcio tanto en el encuentro de ida como en el de vuelta. En la liga disputó un total de treinta encuentros y anotó seis goles y fue incluido en el Equipo Ideal de la Jornada # 23 del Calcio.
Debido a sus buenas actuaciones con el Calcio Catania, fue pretendido por grandes equipos de Europa como el Real Madrid, Roma, Juventus, Barcelona, entre otros. Finalmente fue transferido a la A. C. F. Fiorentina por un monto de 12 millones de euros por cinco temporadas. Fue presentado oficialmente el 5 de julio de 2008 después de pasar los exámenes médicos. Su debut con la camiseta de la Fiorentina se produjo el 6 de agosto de 2008 en un encuentro amistoso ante el Progresul Bucures y su debut en un torneo oficial se dio el 12 de agosto de 2008, en el encuentro de ida de la tercera fase previa de clasificación de la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 ante el Slavia Praga de la República Checa, que finalizó con victoria para el conjunto italiano por 2:0.
En su primera temporada con la Fiorentina disputó veintisiete encuentros y marcó tres goles, el primero de ellos en la victoria por 2:1 ante el Cagliari Calcio, el segundo en la goleada 4:1 ante la Roma y el último en la jornada treinta ante el Torino. En la temporada 2009-10 y gracias a que su club finalizó en la cuarta posición en la Serie A, disputaron la Liga de Campeones de la UEFA desde la ronda de play-offs contra el Sporting de Lisboa. En el encuentro de ida disputado en el Estadio José Alvalade anotó el 1:0 para el club viola, finalizando este empatado 2:2. En el encuentro de vuelta la Fiore clasificó agonicamente a la fase de grupos al empatar 1:1 en Florencia con Vargas en la cancha. Ya en la fase de grupos su equipo clasificó a la siguiente fase al quedar primero en su grupo con quince puntos.
En aquella instancia, Vargas anotó un gol en los seis partidos que disputó, este en un juego contra el Olympique de Lyon que terminó 1:0, definiendo la clasificación de su equipo a los octavos de final. En esta fase la Fiorentina enfrentó al Bayern de Múnich quedando eliminada de la competencia por la regla del gol de visitante (El Bayern anotó dos goles en el Estadio Artemio Franchi). En el encuentro de vuelta anotó un gol luego de un rebote dado por el guardameta alemán Hans-Jörg Butt. En la Serie A anotó un total de cinco goles en veintinueve partidos, el primero en la octava fecha de la liga frente a la Juventus de Turín, encuentro que finalizó con marcador de 1:1. Cuatro fechas después anotó el 1:0 frente al Udinese Calcio.
En la jornada quince convirtió el primer gol de su equipo frente al Atalanta B. C., encuentro que culminó 2:0 luego de que Alberto Gilardino anotáse en el minuto 89 el gol definitivo. Después de diez fechas sin anotar convirtió el empate 1:1 de su equipo contra el Livorno Calcio, además de dar un pase-gol a Gilardino. Gracias a esta victoria el cuadro viola terminó con una racha negativa de seis encuentros sin conocer la victoria. Su quinto y último gol de la temporada lo anotó de tiro libre en la fecha treinta y uno frente al Udinese, equipo que terminó perdiendo 4:1. En la Copa de Italia de aquel año, su equipo fue eliminado en semifinales por el Inter de Milán luego de perder los dos partidos por 1:0. En la competencia Vargas disputó tres encuentros en los que no anotó goles.