Juan José Flores y Aramburu (Puerto Cabello, 19 de julio de 1800-Isla Puná, 1 de octubre de 1864) fue un militar, político, y estadista ecuatoriano, de origen Venezolano. Es conocido de forma relevante por ser uno de los líderes políticos más influyentes de Ecuador a partir de 1830, siendo su primer presidente. Estuvo en el cargo en tres oportunidades: de 1830 a 1834; de 1839 a 1843 y de 1843 a 1845.
Se destacó como estratega del ejército grancolombiano, habiendo alcanzado el grado de coronel antes de los 30 años de edad. Una vez consolidada la independencia, fue designado por Simón Bolívar como gobernador del Distrito del Sur de la Gran Colombia. Distrito que posteriormente, al escindirse de aquella, en 1830, pasó a convertirse en la actual República del Ecuador, de la que fue investido como su primer presidente.
Nació el 19 de julio de 1800 en Puerto Cabello, Capitanía General de Venezuela, Imperio español.
Hijo de Juan José Aramburu, comerciante peninsular, y su madre fue Rita Flores, oriunda de Puerto Cabello.
Ingresó muy joven al ejército español donde inició como militar pero decidió enlistarse a las fuerzas independentistas de Simón Bolívar. Con 23 años de edad, ya ejercía como coronel y gobernador de la provincia de Pasto .En 1823 llegó a Ecuador como comandante general del Ejército y en 1828 y 1829 participó de la defensa del Distrito del Sur de la Gran Colombia, donde contribuyó al triunfo del mariscal Antonio José de Sucre sobre las tropas peruanas en la batalla del Portete de Tarqui.
En 1830, fue nombrado el primer Presidente del Ecuador, por el Congreso Constituyente de Riobamba del mismo año. Con este hito, el 11 de septiembre de 1830, el presidente Flores, junto a los 21 diputados constituyentes, se convirtieron en una de las primeras personas en obtener la nacionalidad ecuatoriana, según la promulgada Constitución de Ecuador de 1830. Curiosamente, obtuvo su nacionalidad venezolana posteriormente, puesto que la Constitución de Venezuela de 1830 fue promulgada 13 días después de que lo fuera la constitución ecuatoriana. Este cargo lo desempeñó en tres oportunidades hasta que en 1845 fue obligado a salir del país luego de la derrota que sufrió en la Revolución del 6 de marzo. Volvió en 1859 y sirvió en las campañas contra el Perú y en la guerra civil al mando del presidente Gabriel García Moreno.
Una vez en el poder, Flores consolidó una alianza política entre el tradicional latifundismo de la Sierra, al que se había vinculado por matrimonio con la aristócrata y terrateniente otavaleña Mercedes Jijón de Vivanco, con los terratenientes de Guayaquil y los altos mandos del ejército. El floreanismo, como se llamó al grupo de sus partidarios, surgió de la tradición conservadora del bolivarianismo. En el año 1831, bajo su gobierno, se creó la Sociedad Colonizadora del Archipiélago de Colón, nombre con el que en la época, se conocían las Islas Galápagos, bajo el mando del general José de Villamil. Luego, al año siguiente, el 20 de enero de 1832, la goleta Mercedes, zarpó de Guayaquil, y bajo la dirección del coronel Ignacio Hernández, se incorporaron oficialmente las islas Galápagos al Ecuador. Su gobierno estuvo caracterizado por inestabilidad interna, denuncias de corrupción, y dificultades para mantener el orden público, así como por tensiones con las fuerzas armadas. Se dieron dos guerras con Nueva Granada, en la que Ecuador fue derrotado.
En 1831 enfrentó con éxito una rebelión de Luis Urdaneta y en 1832 libró una guerra con Colombia. En 1833 castigó con dureza a varios batallones alzados y a los ideólogos llamados utilitaristas. Además, tuvo que enfrentar al que fue su vicepresidente, Vicente Rocafuerte con quién logró un acuerdo para llevar a este último a la presidencia, Flores venció a las fuerzas que se oponían al gobierno de Rocafuerte en Miñarica en 1835.
En su mandato transitorio, Flores negoció con Rocafuerte. También debió reducir un alzamiento en Pasto, al norte. Y una epidemia de fiebre amarilla en Guayaquil traída por marinos provenientes de Panamá, la cual diezmó la ciudad.
En 1843, cuando terminaba su mandato, dio un golpe de Estado siendo elegido presidente por tercera vez por una Asamblea Constituyente mediante una constitución que fue llamada “Carta de Esclavitud”.
En 1845 se organiza un movimiento en su contra y lo expulsan del poder. Se firma un documento denominado Pronunciamiento Popular de Guayaquil, y Flores fue al destierro.
Había cuatro grupos disputándose el gobierno, y el presidente del momento, García Moreno, le solicita su ayuda. Flores dirige un ejército y derrota al general Guillermo Franco quien, con el apoyo de Francia, estaba en la zona portuaria. Esa acción se denominó la batalla de Guayaquil.
Tres años más tarde, con 63 años, debe salir de su retiro a comandar de nuevo el ejército para combatir contra las milicias colombianas, y es derrotado en los campos de Cuaspud.
Flores, designado prefecto del Departamento del Sur, se casó con la aristócrata y terrateniente otavaleña Mercedes Jijón de Vivanco, descendiente por línea paterna de los Condes de Casa Jijón, título que llegó a disputar infructuosamente con su primo Francisco Jijón. La recepción se llevó a cabo en los salones del Palacio de Carondelet, con toda la pompa, para ello había mandado a pintar 22 retratos de los generales vinculados a la Independencia del Ecuador, que dispuso originalmente en la galería del edificio, y después trasladó a su propiedad de la Quinta El Placer.
Se dice que Mercedes era una joven hermosa, de porte distinguido, con profundo sentido de la solidaridad y la familia. El mismo Simón Bolívar hablaría de Mercedes en estos términos, después de conocerla el 12 de abril de 1829: «no sé si es más discreta que bella, o más bella que discreta». El 11 de julio de 1829 Flores y su esposa fueron padrinos de bautizo de Teresa de Sucre y Carcelén de Guevara, la única hija del mariscal Antonio José de Sucre y Mariana Carcelén de Guevara, esta última, prima segunda de Mercedes.
El matrimonio tuvo trece hijos, ocho mujeres y cinco varones, que les darían alrededor de 35 nietos:
Elvira Flores Jijón, nacida en Quito en 1826. Casada en 1844 con Eusebio Isaza y Muñoz, con quien tuvo cinco hijos:
José Antonio Isaza Flores (1849-1892)