Juan Eusebio Nieremberg y Ottin (Madrid, 9 de septiembre de 1595-Madrid, 2 de abril de 1658) fue un humanista, físico, biógrafo, teólogo y escritor ascético español, perteneciente a la Compañía de Jesús.
Era hijo de padre tirolés, Gottfried Nieremberg, y de madre bávara, Regina Ottin, pertenecientes al séquito de María de Austria, hija de Carlos V y viuda del emperador Maximiliano II. Se establecieron definitivamente en España en 1576, y cuando nació Juan Eusebio en 1595 ya llevaban casi veinte años instalados en la Corte. Conocían a Juan Caramuel, con quien Juan Eusebio estrechó una gran amistad.
Estudió en el Colegio Imperial de los jesuitas de Madrid y a continuación se fue a Salamanca para estudiar Derecho civil y canónico. Tras una crisis espiritual, consecuencia de una grave enfermedad, y vencer una tenaz resistencia familiar (era hijo único y mayorazgo de su padre), hizo unos ejercicios espirituales a los diecinueve años e ingresó en la Compañía de Jesús (Salamanca, 31 de marzo de 1614). Su biógrafo, discípulo y sucesor en el Colegio Imperial, Alonso de Andrade, describió así su experiencia:
Imprimiole Dios, como él confiesa en los apuntamientos que hizo de las mercedes que recibió de su mano, tres conocimientos en esta ocasión. El primero fue de la fealdad y gravedad del pecado…. El segundo del conocimiento propio de su miseria y vileza. El tercero fue de la infinidad de Dios, su grandeza, en la que se anega sin hallar pie, ni fondo, ni medida a su inmensidad…
Como tenía que ser miembro de la provincia de Toledo, no de la de Castilla la Vieja, efectuó su noviciado en Villagarcía, Navalcarnero y Madrid. Pronunció sus primeros votos de escolar el 3 de abril de 1616, antes de que sus superiores lo enviasen a Huete para mejorar su latín y sobre todo para aprender el griego y el hebreo. En 1619 residía en el Colegio de Alcalá de Henares, y en la Universidad de Alcalá estudió Artes y Teología junto a su amigo Juan Caramuel entre 1618 y 1623. En 1623 fue ordenado presbítero y profesó como jesuita en 1633. Ayudó al padre Juan Luis de la Cerda a publicar unos Comentarios sobre Tertuliano y San Aldhelmo. Estuvo algún tiempo en Toledo, pero fue llamado a Madrid en 1628 para enseñar humanidades y ciencias naturales en el Colegio Imperial de Madrid, transformado en universidad de la Compañía de Jesús, durante seis años, encontrándose en su primera lección, el 19 de febrero de 1628, Lope de Vega, quien la celebró con un poema, la Isagoge. Cinco años más tarde hizo la profesión solemne del cuarto voto (4 de julio de 1633), añadiendo a su Cátedra de Ciencias Naturales la de Sagrada Escritura, y asumió largo tiempo ambas asignaturas. Fue además confesor y prefecto, actividades que compaginó con una infatigable vida pastoral, visitando cárceles y hospitales y dando siempre testimonio de su altísima espiritualidad, rasgo este el más característico de su personalidad. Andrade afirma que pidió ser misionero en las Indias, pero no ha quedado resto documental alguno que lo confirme; más bien parece que se dedicó solo a estudiar y escribir; el propio Andrade indica que retirado del bullicio de la Corte, tomó un aposento en lo más retirado de la casa, quatrocientos i más passos de la portería... donde vivía como en soledad del yermo, entregándose todo a la contemplación y lición, y al estudio de los libros, no saliendo de casa si no era compelido de gravísima causa.
Durante su etapa como profesor de ciencias naturales publicó algunas obras científicas como Curiosa Filosofía, y tesoro de maravillas de la naturaleza, examinadas en varias cuestiones naturales (Madrid: Imprenta del Reino, 1630), que es en realidad un compendio falto de sentido crítico de ciencia popular, e Historia naturae, maxime peregrinae (Amberes, 1634) escritas con amenidad, aunque sin contribuciones originales, aunque se sirvió de dibujos del famoso naturalista F. Hernández. En Filosofía renovada de los cielos expone la teoría de Tycho Brahe, a la que se adhiere, y comenta los descubrimientos de Galileo Galilei sobre la superficie lunar, las manchas solares, las fases de Venus, etcétera. En Oculta filosofía. Razones de la música en el hombre y la naturaleza (Madrid: imprenta del Reino, 1634) daba razón de la capacidad terapéutica de la música en las dolencias del cuerpo, así como de su valor como medicina del alma, inspirándose en el neoplatonismo. Tuvo empero el buen sentido de preferir, pese a que la raíz de su pensamiento en cuestiones de física es aristotélica, la explicación corpuscular del atomismo a la de las formas substanciales del estagirita, en lo que coincidió con su amigo Juan Caramuel y en lo que le seguirían después los novatores del siglo XVIII. Sus obras científicas se completan con Del nuevo misterio de la piedra imán y nueva descripción del globo terrestre (Madrid, 1643). Fue también Rector de la casa de Probación de Madrid y Maestro de Novicios.
En la corte alcanzó un cierto relieve que le granjeó respeto. Confesor de Margarita de Saboya, duquesa de Mantua, nieta de Felipe II y prima de Felipe IV, también fue consejero del rey y de su valido el Conde-duque de Olivares, a quien dirigió su folleto Causa y remedio de los males públicos, y un intelectual comprometido con los debates que afectaban a la religión católica en materia de doctrina entre el Papado y la propia Monarquía Hispánica, participando en la Junta Real sobre la Inmaculada Concepción, tema al que dedicó algunas obras.
Una enfermedad desconocida, probablemente una apoplejía, le atacó a los cincuenta años (1645) dejándolo largas temporadas hemipléjico, sin poder mover las manos, privado de la palabra y aun de la vista, lo que soportó con entereza, recuperando parte de sus facultades hasta que falleció a los sesenta y tres años en Madrid, el 2 de abril de 1658.
El pensamiento filosófico de Nieremberg es extremadamente ecléctico: mezcla la escolástica con elementos averroístas, cabalísticos, platónicos y estoicos y por eso padece la falta de organicidad de la escuela ecléctica, aunque siempre sometido al dogma católico. Pronto se orientó hacia la teología, la ascética y la hagiografía, que forman lo grueso de su obra escrita, de suyo abundante (73 títulos impresos, de ellos 53 en latín, y 11 manuscritos). Uno de sus principales estudiosos, Hugues Didier, afirma que "Nieremberg fue ante todo un erudito y un pensador neoplatónico, quizás más plotiniano que propiamente agustiniano, y muy típico del barroquismo. En algunas de sus obras latinas se encuentran las bases teóricas de la cosmovisión de Pedro Calderón de la Barca: ambos autores reflejan el ambiente intelectual del Colegio Imperial de Madrid".
Como escritor usó una elegante prosa castellana, todavía pura, desenvuelta y clara en el siglo del conceptismo, amena y algo recargada, al gusto barroco, de antítesis, paronomasias y juegos de palabras, pero sin los excesos culteranos de Paravicino y con un cierto buen gusto y brillantez para la metáfora y el ejemplo.
Dejó testimonio de sus estudios escriturísticos en De origine S. Scripturae libri duodecim y en Stromata S. Scripturae. Hizo una versión del Catecismo romano que fue reimpresa muchas veces y defendió en numerosos opúsculos la Inmaculada Concepción, en cuya definición dogmática participó a instancias del Rey. Sus obras ascéticas fueron un gran éxito de ventas en toda Europa, también durante el siglo XVIII, y fueron traducidas a las lenguas más importantes. Escribió aún joven una vida de San Ignacio de Loyola poco documentada que fue incluida en el Index librorum prohibitorum en 1646. También parecen demasiado crédulas las biografías contenidas en los cuatro volúmenes de Varones ilustres de la Compañía de Jesús (Madrid 1643-47), que luego completaría con otros dos su discípulo Alonso de Andrade. Escribió además la Vida del santo padre, y gran siervo de Dios el beato Francisco de Borja (1644), que es un poco mejor. Tradujo la De imitatione Christi / Imitación de Cristo de Tomás de Kempis, llegando su versión incluso a sustituir a la fray Luis de Granada.