Juan Cruz Villagra (Villa Yapeyú, Argentina, 3 de enero de 2000) es un futbolista argentino. Juega como delantero en Villa San Carlos de la Primera B Argentina.
Es hermano de los también futbolistas Brian Fernández, Leandro Fernández y Nicolás Fernández.
Comenzó su carrera en las divisiones inferiores de Defensa y Justicia, luego de una prueba exitosa el año 2015. A finales de 2020 comenzó a alternar con el primer equipo bajo la dirección técnica de Hernán Crespo, firmando su contrato profesional a fines de marzo. Luego de 4 partidos inactivo en la banca de suplentes durante 2020-21, debutó el 21 de noviembre de 2022 en una derrota ante Colón de Santa Fe por 1:2, válida por la Copa de la Liga Profesional, jugando 14 minutos en un partido en el que su hermano Brian defendió los colores del equipo rival. Participó en 5 partidos más.
En febrero de 2021, es anunciada su cesión a San Martín de San Juan de la Primera B nacional. En enero de 2022, es cedido a Guillermo Brown hasta fines de la temporada 2022. Sin embargo, el préstamo terminó el 12 de junio de 2022, por lo que fue cedido a Douglas Haig hasta fin de temporada.
En febrero de 2023, nuevamente es cedido, esta vez a Excursionistas de la Primera C Argentina. El 14 de octubre, fue el autor del gol con que su equipo se coronó campeón de la división, venciendo por la cuenta mínima a San Martín.
En julio de 2025, nuevamente es cedido, esta vez a Villa San Carlos de la Primera B Argentina.