José Fernando Bonaparte (Rosario, 14 de junio de 1928-Mercedes, Argentina, 18 de febrero de 2020) fue un paleontólogo argentino que descubrió una plétora de dinosaurios sudamericanos, que modificaron el conocimiento mundial que se tenía hasta ese entonces al revelar la diferencia notable entre los dinosaurios del hemisferio sur, el antiguo supercontinente de Gondwana, y aquellos que vivieron en el norte, en el antiguo supercontinente Laurasia.
Distinguido con el apelativo de «Amo de la era Mesozoica» por el paleontólogo estadounidense Robert Bakker, Bonaparte formó científicamente a toda una nueva generación de paleontólogos argentinos de relevancia internacional como Rodolfo Coria, Fernando Novas, Luis Chiappe, Guillermo Rougier, Leonardo Salgado y Jorge Calvo. También formó a paleontólogos más jóvenes como Sebastián Apesteguía y Agustín Martinelli y a técnicos como Pablo Puerta.
Bonaparte nació en la ciudad de Rosario, Argentina y creció en el pueblo de Mercedes, en la Provincia de Buenos Aires. Su padre era marinero.
En 1947, con tan solo diecinueve años, Bonaparte encabezó un grupo de amigos que fundaron el Museo Popular de Ciencias Naturales Carlos Ameghino de la ciudad de Mercedes.
Años antes, este grupo de adolescentes habían logrado conformar una colección de fósiles que habían encontrado en las márgenes del Río Luján y en los acantilados del partido de Monte Hermoso.
En 1959 se incorporó al Instituto Miguel Lillo de la Universidad Nacional de Tucumán, donde fue profesor titular de Paleozoología entre 1975 y 1979 y director de la Sección de Paleovertebrados entre 1960 y 1978. Bajo su dirección, esta sección alcanzó una jerarquía notable, no solo por los excepcionales materiales que se reunieron sino también por los numerosos trabajos que se publicaron.
En 1974, la Universidad Nacional de Tucumán le otorgó, previa consulta internacional, el título de Doctor honoris causa, durante el primer Congreso de Paleontología y Bioestratigrafía organizado por la misma universidad y la Asociación Paleontológica Argentina.
En 1978 debió dejar el Lillo y trasladarse a Buenos Aires para tomar la dirección de la Sección de Paleontología de Vertebrados del Museo Argentino de Ciencias Naturales “Bernardino Rivadavia”. No obstante continuó dictando algunas clases en Tucumán entre 1980 y 1982.
Falleció a los 91 años en Mercedes (Buenos Aires) el 18 de febrero de 2020.
Los dinosaurios que Bonaparte descubrió evolucionaron en el supercontinente meridional de Gondwana en la Era Mesozoica, y poseen características consideradas como muy singulares al comparárselos con sus equivalentes norteños (provenientes de Laurasia), entre las que sobresale a primera vista el tamaño generalmente más desarrollado de las variedades australes.
Abelisaurus comahuensis (1985, con Novas), un carnívoro terópodo, como el Allosaurus
Agustinia ligabuei (1998, anteriormente Augustia), un saurópodo como el Brachiosaurus con placas espinales como el Stegosaurus
Alvarezsaurus calvoi (1991), el original y más primitivo miembro de la enigmática y difícil de clasificar familia de proto-aves alvarezsáuridos
Amargasaurus cazaui (1991, con Salgado), un dicraeosáurido como el Dicraeosaurus, con espinas (y posiblemente una vela) a lo largo del lomo
Andesaurus delgadoi (1991, con Calvo), un titanosáurido y uno de los más grandes dinosaurios
Argentinosaurus huinculensis (1993, con Coria), un titanosáurido y el mayor dinosaurio conocido hasta el presente (2006)
Argyrosaurus superbus (1984), un titanosáurido y uno de los más grandes dinosaurios
Carnotaurus sastrei (1985), un terópodo carnívoro con cuernos