Jonathan Guilmette (Montreal, 18 de agosto de 1978) es un deportista canadiense que compitió en patinaje de velocidad en pista corta.
Participó en dos Juegos Olímpicos de Invierno en los años 2002 y 2006, obteniendo tres medallas, oro y plata en Salt Lake City 2002 y plata en Turín 2006. Ganó nueve medallas en el Campeonato Mundial de Patinaje de Velocidad en Pista Corta entre los años 1997 y 2006, y seis medallas en el Campeonato Mundial de Patinaje de Velocidad en Pista Corta por Equipos entre los años 1999 y 2006.