John Wilson Shaffer (Lewisburg, 5 de julio de 1827 - Salt Lake City, 31 de octubre de 1870) fue un político y empresario estadounidense. Se desempeñó como séptimo gobernador del Territorio de Utah.
Nacido en Lewisburg, Pensilvania Shaffer participó activamente en la política republicana en Illinois. En 1849, Shaffer se instaló en Freeport, Illinois y se involucró en el negocio mercantil. Luego, en 1856, fue elegido alguacil del condado de Stephenson, Illinois. Fue elegido secretario y registrador del Tribunal de Circuito de Illinois para el condado de Stephenson. Shaffer sirvió en el 15º Regimiento de Infantería Voluntaria de Illinois durante la Guerra de Secesión y luego sirvió como intendente; siendo general de brigada brevetted cuando terminó la guerra. Fue nombrado gobernador del Territorio de Utah por el presidente Ulysses S. Grant. Era conocido por su estricta oposición a cualquier indicio de rebelión contra el gobierno federal, lo que generó preocupaciones con la población mormona. Falleció repentinamente durante su primer año como gobernador.
«Tumba de John Shaffer» (en inglés). Find a Grave.