La historia de Guinea Ecuatorial se asienta sobre las raíces de reinos tribales medievales de escasa organización, surgidos por la influencia de estructuras protoestatales más avanzadas que se desarrollaron paralelamente en la zona: el Imperio oyo, el Reino de Dahomey, el Reino de Benín, el Reino de Loango, el Reino del Congo, el reino benga de la isla Mandj (luego llamada Corisco), la organización de los clanes bubi de la isla de Bioko y las villas-estado de los clanes bubi de la isla de Bioko y las villas-estado de los clanes fang de la parte continental.
Existe la posibilidad de que la zona del golfo de Guinea fuera visitada por Hannón el Navegante, un general cartaginés que realizó un viaje bordeando las costas de África hacia finales del siglo VI a. C. o comienzos del siglo V a. C.
La parte continental del territorio de Guinea Ecuatorial, conocida como Río Muni (Mbini), y actualmente dividida en 4 provincias (Litoral, Centro Sur, Kié-Ntem y Wele-Nzas) fue poblada desde tiempos mucho más antiguos que las islas. Todos los pueblos históricos conocidos de estos territorios son pueblos bantúes aunque pertenecen a ramas de la familia lingüística bantú, lo cual sugiere una historia compleja de poblaciones, repoblaciones y desplazamientos entre pueblos. La principal etnia es la de los fang que ocupan la región más interior y cuya lengua, el idioma fang, es una variedad dialectal del beti y es actualmente el grupo étnico mayoritario en Guinea Ecuatorial. Otros grupos étnicos localizados básicamente sobre la costa son:
Pueblos que hablan lenguas sawabantúes, cuyo origen parece ser la costa de Camerún. Entre estos grupos se encuentran:
los ndowés que hablan kombe o ngumbi.
los batangas, cuya lengua el noho.
los bengas cuya lengua el benga.
los ngumba, los kwasio, los gyele y los mabi, todos ellos hablan kwasio (grupo makaa-njem) que parecen proceder del sureste de Camerún.
Edad del Hierro en la isla de Corisco
Durante la Edad del Hierro (50 a. C. - 1400 d. C.) la isla de Corisco fue colonizada densamente. La prueba más importante de la ocupación humana proviene de la zona de Nandá, cerca de la costa oriental de la isla, donde se han excavado decenas de enterramientos prehistóricos. Estos hallazgos pertenecen principalmente a dos períodos diferentes: Edad del Hierro (50 a. C. - 450 d. C.) y Edad del Hierro Media (1000-1150 d. C.). Durante el primer período, los habitantes isleños depositaron, por ejemplo, montones de huesos humanos y objetos de hierro (hachas, brazaletes, lanzas, cucharas, moneda de hierro) en pozos poco profundos excavados en la arena. Se han documentado tumbas de enterramientos rituales del segundo período. En 2011 una serie de excavaciones en una zona de enterramientos de inicios de la Edad del Hierro en Corisco descubrieron la que es la mayor necrópolis prehistórica del África centro-occidental. Fueron descubiertos en las tumbas: ajuares cerámicos y metálicos, abundantes hachas, collares, brazaletes y lingotes-monedas.
La isla fue aparentemente abandonada hacia el siglo XIV. Después de más de tres siglos de abandono, durante el cual visitaron la isla esporádicamente marineros europeos y africanos, Corisco fue ocupada de nuevo permanentemente por clanes del pueblo benga, que se extendía hasta allí desde la zona costera del río Muni en la segunda mitad del siglo XVIII, atraídos por las perspectivas de comercio con los navegantes europeos.
Poblamiento humano de la isla de Bioko
Con respecto al poblamiento humano de la principal isla de la actual Guinea Ecuatorial, Bioko, se produjo entre los V y VI d. C. aproximadamente, por pequeñas expediciones desde diferentes puntos de la costa del Golfo, y configurando con el tiempo un grupo sociocultural diferenciado de sus orígenes bantú, los clanes bubi. Dentro de la mitología popular ha pervivido el nombre de Momiatú como el legendario líder de los primeros establecimientos. La estructura de clanes que se irá configurando con el paso del tiempo mantendrá unas regulares pero débiles comunicaciones con el continente. La isla recibió el nombre de Etulá por parte de los antiguos colonos bubis.
Dominio portugués (1471 - 1777)
Fueron navegantes portugueses los primeros europeos que con certeza exploraron el golfo de Guinea en 1471. Ese año, el portugués Fernão do Pó (que buscaba una ruta hacia la India) situó la isla de Bioko en los mapas europeos. La bautizó "Formosa" (hermosa). Sin embargo, pronto fue conocida por el nombre de su descubridor.
Hacia 1493, don Juan II de Portugal añadió a la serie de sus títulos reales el de Señor de Guinea y primer Señor de Corisco. Los portugueses iniciaron la colonización las islas de Bioko, Annobón y Corisco en 1494, las cuales se convirtieron en "factorías" o puestos para el tráfico de esclavos.
A principios del siglo XVI (1507), el portugués Ramos de Esquível realizó un primer intento de colonización en la isla de Bioko. Estableció una factoría en Riaba y desarrolló las plantaciones de caña de azúcar, pero la hostilidad del pueblo insular bubi y las enfermedades pusieron fin rápidamente a esta experiencia. El clima lluvioso de la isla, la humedad extrema y los cambios de temperatura acabaron con la vida de la mayoría de los colonos europeos a las pocas semanas, y pasarían siglos hasta el próximo intento de establecer una colonia.
Con la llegada del explorador portugués Fernando Poo la vida de los nativos bubis cambió drásticamente. Algunas fuentes afirman que hasta un 80 % de los bubis murieron por las enfermedades traídas por lo europeos. Otras fuentes sugieren que la tasa de mortalidad tan alta es el resultado de un genocidio. Durante varios siglos los europeos trataron de penetrar en la isla de Bioko. Sin embargo, se encontraron con una gran resistencia y un supuesto salvajismo por parte de los bubis. Un comerciante de la colonia brandemburguesa de Costa de Oro escribió "La isla de Fernando Pó está habitada por un pueblo salvaje y cruel", y que los europeos no se atrevían a desembarcar en sus playas por temor a ataques sorpresa de los nativos armados con arcos; los ataques a exploradores y colonos eran un fenómeno común en esta época. De hecho, los bubis tenían una jerarquía social que dependía en gran medida de cuántos rivales había matado un hombre sigilosamente o mediante subterfugios. Debido a esto los bubis no fueron conquistados por el imperialismo europeo hasta comienzos del siglo XX. Liderados por sus reyes, los bubis eran conscientes del comercio de esclavos en la región y, durante siglos, se mantuvieron fuera del alcance de los extranjeros. Este aislamiento deliberado se reduciría cuando los líderes de la isla comenzaran a comerciar con los europeos, de modo que estos consiguieron infiltrarse en las estructuras sociopolíticas de la isla.