La guerra de Restauración portuguesa (en portugués: Guerra da Restauração) enfrentó a Portugal con el resto de reinos, estados y señoríos hispánicos. Esta contienda comenzó con el levantamiento a favor de la restauración de la independencia el 1 de diciembre de 1640 —que puso fin a la monarquía dual de los Habsburgo, que databa de 1580— y terminó con el Tratado de Lisboa de 1668, firmado por Alfonso VI de Portugal y Carlos II de España, en el cual se reconoció la total independencia de Portugal. El alzamiento de 1640 y la dilatada guerra que desencadenó pusieron fin a un periodo de sesenta años de dominio de la Casa de Austria en Portugal.
El período de 1640 a 1668 se caracterizó por enfrentamientos periódicos entre Portugal y España, tanto pequeñas contiendas como graves conflictos armados, muchos de los cuales implicaron a potencias no ibéricas. España participó en la guerra de los Treinta Años hasta 1648 y en la guerra franco-española hasta 1659, mientras que Portugal participó en la guerra luso-neerlandesa hasta 1663. El frente se mantuvo estático y, por parte española, fundamentalmente a la defensiva hasta 1660, dada la prioridad que la corte hispánica otorgó a sofocar la sublevación de Cataluña. Las principales plazas no cambiaron de manos.
La guerra estableció la Casa de Braganza como nueva dinastía reinante de Portugal, en sustitución de los Austrias. Esto puso fin a la llamada Unión Ibérica.
La unión de reinos (1580): crisis sucesoria, invasión, acuerdo y actitud de los grupos sociales
Tras la muerte sin herederos del rey Sebastián I de Portugal en 1578 y de su sucesor Enrique I de Portugal en enero de 1580, se instauró un vacío de poder en el trono de Portugal que provocaría una crisis dinástica. Esta se debió en gran parte a la ausencia de normas que regulasen adecuadamente la situación y se produjo en un momento de decaimiento nacional, por las derrotas en el norte de África, la reducción del comercio y los embates de los piratas ingleses y franceses. Las Cortes debían decidir quién de entre varios reclamantes debería ocupar el trono portugués, pero antes de que la elección fuera hecha, Felipe II de España se anticipó a la decisión amparándose en sus derechos a la sucesión a la Corona portuguesa. Felipe había pactado con los poderosos del país —la clase media, la nobleza y alto clero—, y no esperaba una resistencia seria a la ofensiva del duque de Alba. En realidad, la unión ibérica era muy probable, pues de los once matrimonios celebrados por la extinta dinastía de Avis en sus últimas tres generaciones, ocho lo habían sido con los Austrias españoles. La relación entre las dos dinastías era tal, que casi formaban una única familia, con intereses similares.
En efecto, la oposición principal provino del pueblo y del bajo clero, los que menos podían esperar del cambio de dinastía. El 20 de junio de 1580, adelantándose a la decisión del consejo regente, Antonio, prior de Crato, candidato de dudosa legitimidad por su origen bastardo, se proclamó rey de Portugal en Santarém, siendo aclamado en varias localidades del país; su gobierno duró treinta días, puesto que sus escasas tropas fueron vencidas por el ejército español mandado por Fernando Álvarez de Toledo y Pimentel, duque de Alba, en la batalla de Alcántara en agosto de 1580. Don Antonio, descendiente ilegítimo del rey Manuel I, obtuvo el respaldo popular, inspirado en un vago sentimiento patriótico, que no bastó, sin embargo, para hacer frente a las tropas del duque. Siguió sosteniendo la oposición a los Austrias durante décadas, infructuosamente. Los privilegiados portugueses, por el contrario, celebraron el fracaso del prior. Al año siguiente, Felipe II fue proclamado por las Cortes de Tomar rey Filipe I de Portugal. Felipe contaba con el apoyo de los grupos influyentes del país: el alto clero, la nobleza y los mercaderes. Para granjearse su favor, el monarca español prometió respetar y ampliar sus privilegios. El campesinado y el pueblo bajo en general nunca tuvieron aprecio a la nueva dinastía Habsburgo.
Este sería el comienzo de un periodo en el que Portugal junto con los demás reinos hispánicos fue gobernado por virreyes o gobernadores de los reyes de España, viviendo bajo el dominio de la rama española de la casa de Habsburgo, compartiendo el mismo monarca en una monarquía dual aeque principaliter, que se prolongaría hasta 1640. Al tiempo, en Madrid existía un Consejo de Portugal —compuesto en exclusiva por portugueses— para asesorar al rey sobre asuntos concernientes al reino. Portugal conservó, empero, sus propias leyes e instituciones, que le permitieron mantenerse como nación cuasiindependiente con un importante imperio ultramarino que le otorgaba grandes ventajas económicas. El rey se comprometió además a defender el vasto imperio portugués, que se extendía por territorios americanos, africanos y asiáticos. Los nobles aumentaron su poder político y económico a costa del de la Corona. No obstante, la autonomía portuguesa se redujo durante el reinado de Felipe III.
La ilusión inicial de las dos partes, que esperaban prosperar con la unión, duró aproximadamente hasta la firma de la Tregua de los Doce Años con las Provincias Unidas de los Países Bajos en 1609. La tensión creció a partir de entonces, ahondada por las depredaciones holandesas en Brasil, que se acentuaron tras el fin de la Tregua. El aumento de impuestos de 1611 tampoco mejoró la situación, al empobrecer a la población, y la crisis económica y política se ahondó durante la década siguiente. A partir de 1630, se extendió el espíritu de la sublevación que se desató finalmente en 1640. La década se caracterizó por las sucesivas revueltas y el malestar social: las hubo en Oporto y Lisboa en 1629 y en Évora en 1637. La principal causa del descontento eran los perjuicios que para los portugueses suponía el conflicto entre la Corona y los holandeses. A esto se unió, a principios del reinado de Felipe IV, la reglamentación a la que el valido regio, conde-duque de Olivares, sometió el comercio luso. Otra de las razones del descontento era la incapacidad real para defender las colonias de otras potencias como Francia e Inglaterra, pese a los esfuerzos gubernamentales, poco apreciados en Portugal. Un cuarto motivo de queja, la ausencia del soberano, en realidad era hipócrita, pues la nobleza la aprovechó para aumentar su poder en el territorio mediante la participación en juntas de administración que trataban de rivalizar con el poder del virrey. Relacionado con esta se hallaba el empeño real en recuperar las rentas que le correspondían, entregadas principalmente en usufructo a la nobleza, y reformar la tributación para aumentar las contribuciones de los privilegiados, objetivos que disgustaron profundamente a los portugueses.
Los partidarios de la unión, los que habían salido favorecidos por ella (los miembros de la Administración, el alto clero y la alta nobleza) defendían en general la interpretación de la Corona del pacto de las Cortes de Tomar: una merced real que el rey podía mudar cuando desease. Los preteridos, fundamentalmente la baja nobleza, temían perder sus privilegios, ser víctimas de las revueltas populares cada vez más frecuentes o ser perjudicados por los asaltos de ingleses y holandeses. Así, estos nobles tampoco eran favorables a los Austrias. Veían en la política fiscal de la corte madrileña una vulneración de sus privilegios y encontraban en los grandes nobles instalados en la corte un obstáculo a sus ambiciones de promoción.
La política fiscal de la Corona en perjuicio de los privilegiados, tanto laicos como eclesiásticos, tuvo un papel descollante en originar la conjura de 1640. El objetivo de la Corona era aumentar la recaudación y que la aportación de la nobleza y el clero creciese; estas clases, por su parte, rechazaron cualquier infracción de sus privilegios fiscales, que las eximían de impuestos fijos. Los fondos habían de sufragar nuevas flotas, necesarias para enfrentarse a los holandeses, que se habían adueñado de Pernambuco (1630). El plan reformista, que afectó a todas las clases sociales, se aceleró con la llegada de la nueva virreina, Margarita de Saboya, duquesa de Mantua, en 1634. Entre las medidas financieras se contó la elaboración en 1635 de un inventario de bienes raíces eclesiásticos con el fin de desamortizar algunos, cuya posesión por la rica Iglesia lusa era ilegal. La medida suscitó la enemistad de esta hacia la Corona. Especial inquina hacia los Habsburgo mostraba la Orden jesuita, que había tenido varios conflictos con la Corona y Castilla desde el comienzo de la unión. El comienzo de la guerra abierta con Francia en 1635 agudizó la necesidad de hombres y dinero del Gobierno madrileño y reforzó su deseo de obtener más medios de los territorios que consideraba que aportaban menos. En 1637 el rey ordenó la creación de un catastro de propiedades de la nobleza, otra medida que atizó el descontento. En agosto de ese mismo año, la imposición de un nuevo impuesto al vino y a la carne y el incremento de las sisas en un momento de crisis económica y malas cosechas desataron una sublevación popular que empezó en Évora y se extendió velozmente por el sur del reino. Fue la culminación de la insatisfacción popular contra la creciente tributación impuesta por la Corona. A diferencia de la nobleza, que se abstuvo de participar en ella, pero tampoco contribuyó a sofocarla, algunos miembros de la Compañía de Jesús sí apoyaron a los rebeldes. El rey hubo de enviar tropas castellanas para aplastar la rebelión y seguidamente, en 1638, convocó a gran parte de los nobles a Madrid para amonestarlos por su pasividad.