El Gran Levantamiento Prusiano fue la mayor de las revueltas protagonizadas por los antiguos prusianos, una tribu báltica, contra los Caballeros Teutónicos en el marco de las Cruzadas del Norte. Las órdenes militares cruzadas, apoyadas por el papa y la Europa cristiana, pretendían conquistar y convertir a los prusianos paganos.
Aunque los prusianos repelieron las primeras incursiones de la Orden de Dobrin, pronto se vieron superados por los ataques polacos y rusos desde el sureste y por los Caballeros Teutónicos desde el oeste. En 1226, Conrado I de Mazovia había solicitado la ayuda de la Orden Teutónica en su lucha contra los prusianos, ofreciéndoles la tierra de Chełmno o Kulmerland como base. Su primera acción fue construir una base en la ribera izquierda del río Vístula en Volgesang, frente a Toruń (Thorn), que concluyeron al cabo de un año. Dirigidos por Hermann Balk, los caballeros no repitieron los errores de anteriores ocasiones y no intentaron avanzar hacia el este a través de los bosques. Construyeron más castillos a lo largo de los ríos principales y de la laguna del Vístula. Para los prusianos esto suponía grandes dificultades, ya que estaban más habituados a la lucha en campo abierto. La mayoría de los enfrentamientos tuvieron lugar en verano o invierno, puesto que los cruzados, con sus pesados equipos, no podían moverse en el terreno embarrado por el deshielo o las lluvias de otoño. La estrategia surtió efecto: en diez años, las órdenes sometieron a cinco de los siete mayores clanes prusianos. No obstante, los prusianos continuaron rebelándose contra los conquistadores y se alzaron hasta cinco veces en los siguientes cincuenta años.
En 1242, se produjo el primer levantamiento prusiano, dirigido por Swietopelk II, duque de Pomerania. Los prusianos consiguieron varias victorias y redujeron la presencia teutónica a sus cinco principales fortalezas. Tras el éxito inicial, el duque sufrió empero una serie de derrotas militares que le obligaron a firmar la paz con los caballeros teutónicos. Sin apoyo del duque, los prusianos pronto entablaron negociaciones con la Orden Teutónica, que concluyeron con la firma del Tratado de Christburg, el 7 de febrero de 1249. Según este acuerdo, se garantizaba la libertad personal y los derechos de los conversos y se ponía fin a la guerra. Sin embargo, en noviembre de ese mismo año, los natangianos derrotaron a los cruzados teutones en la batalla de Krücken y las escaramuzas prosiguieron hasta 1253.
No obstante, la revuelta más importante comenzó en septiembre de 1260. El factor desencadenante fue la victoria de lituanos y samogitas contra la Orden Livonia y los caballeros teutónicos en la batalla de Durbe. A medida que el levantamiento se extendía por tierras prusianas, cada clan escogió a un cabecilla: los sambianos fueron encabezados por Glande, los natangianos por Herkus Monte, los bartianos por Diwanus, los warmianos por Glappo y los pogesanios por Auktume. Por su parte, los pomesanios decidieron no unirse a la rebelión. El levantamiento fue apoyado también por Skomantas, caudillo de los yotvingios (o sudovios). Sin embargo, no pudieron encontrar un caudillo capaz de coordinar a todas las fuerzas. Herkus Monte, que se había educado en Alemania, se convirtió en el más conocido y exitoso de todos los jefes, pero solamente tenía el mando de sus natangianos.
Los prusianos pusieron sitio a los castillos construidos por los Caballeros y no pudieron enviar grandes ejércitos al oeste. Desconocedores de los métodos de asedio de la Europa occidental, confiaban en la construcción de fuertes alrededor de las fortalezas teutonas para cortar los suministros a las guarniciones. Los caballeros teutónicos no podían reunir grandes ejércitos que les permitieran abastecer las guarniciones sitiadas, y los castillos más pequeños comenzaron a caer. Lo más habitual era que estos castillos fueran destruidos, y los prusianos ocuparon solo algunos de ellos, como el de Heilsberg, ya que carecían de la tecnología necesaria para defender las fortalezas conquistadas y de la logística para mantener abastecidas todas las guarniciones. El 29 de agosto de 1261, Jacob de Lüttich, que había negociado el Tratado de Christburg, fue elegido papa con el nombre de Urbano IV. Buen conocedor de los acontecimientos en Prusia, apoyó decididamente a los Caballeros Teutónicos y emitió veintidós bulas en tres años solicitando refuerzos para los caballeros. No obstante, los refuerzos tardaban en llegar, dado que los duques de Polonia y Alemania tenían sus propios problemas y la Orden Livonia estaba sofocando el levantamiento de los semigalianos.
Los primeros refuerzos llegaron por fin a principios de 1261, pero fueron derrotados el 21 de enero de ese año por Herkus Monte en la batalla de Pokarwis. En enero de 1262 llegaron nuevas tropas procedentes de Renania encabezadas por Wilhelm VIII, duque de Jülich, que estaba obligado por el papa Alejandro IV a cumplir sus compromisos con las cruzadas en Prusia. Este ejército consiguió romper el Asedio de Königsberg pero, tan pronto como inició su regreso, los sambianos reanudaron el sitio, reforzados con los natangianos de Herkus Monte. Herkus resultó herido y los natangianos se retiraron; los sambianos fueron incapaces por sí mismos de cortar efectivamente todos los abastecimientos al castillo, lo que llevó al fracaso del sitio. Los prusianos tuvieron más suerte en las zonas más interiores de su territorio, donde pudieron recuperar casi todas las fortalezas, con la excepción de Wehlau, actual Znamensk), y los Caballeros únicamente pudieron mantener las fortalezas de Balga, Elbing, Culm, Thorn (Chełmno, Toruń) y Königsberg. La mayoría de los castillos fueron conquistados entre 1262 y 1263 y Bartenstein cayó finalmente en 1264. La destrucción de estos castillos tras los asedios liberaba a los prusianos de la necesidad de permanecer cerca de las fortalezas y les dejaba libertad para operar en otras partes de Prusia, asolando Kulmerland y Cuyavia.
En 1263, un recuperado Herkus Monte asaltó Kulmerland con un gran ejército e hizo muchos prisioneros. Cuando regresaba a Natangia, sus enemigos les salieron al paso y se libró la batalla de Löbau. Los prusianos consiguieron matar a cuarenta caballeros, incluyendo al maestre y al mariscal.
Durante esta fase de la guerra, los prusianos recibieron ayuda lituana y sudoviana. En el verano de 1262, Treniota y Shvarn atacaron Mazovia, matando al duque Siemowit I y asolando Kulmerland, logrando que los pogesanios se unieran al levantamiento. Sin embargo, el asesinato de Mindaugas y las luchas dinásticas que le siguieron apartaron a los lituanos de la campaña. Skalmantas, caudillo de los sudovianos, asaltó Culm (Chełmno) en 1263 y en 1265.
El año 1265 marca el punto de inflexión del alzamiento: los Caballeros Teutónicos comienzan a recibir mayores refuerzos y Sambia abandona la lucha. Los castillos de Königsberg y Wehlau, en el río Pregel, cortaban las comunicaciones de la región con el resto de Prusia. Los suministros a Königsberg llegaban por vía marítima, y el castillo servía como base de operaciones para expediciones militares en Sambia. La Orden Livonia envió refuerzos a Königsberg, gracias a los que se pudo derrotar militarmente a los sambianos y obligarlos a rendirse. En 1265, nuevos refuerzos llegan desde Alemania: los ejércitos del duque Alberto de Brunswick y de Alberto II, margrave de Meissen, llegaron a Prusia, pero no fueron capaces de hacer grandes avances. En 1266, Otón III y Juan I, margraves de Brandeburgo, construyeron un castillo en tierras natangianas entre Balga y Königsberg y le llamaron Brandeburgo (desde 1945 Ushakovo), aunque el mal tiempo les impidió adentrarse en territorio prusiano.
Cuando los duques regresaron a Alemania, Brandeburgo fue capturado por los warmianos de Glappe y al año siguiente Otón III volvió para reconstruir la fortaleza. Sin embargo, Juan y Otón murieron en 1267, y el hijo de este resultó muerto en un torneo. Los sucesores de los duques de Brandeburgo no eran partidarios tan acérrimos de los Caballeros. En 1266 falleció el duque Swantopolk, que había encabezado a los prusianos durante el Primer Levantamiento, y sus hijos Mściwój (Mestwin) y Warcisław se unieron por un tiempo a los prusianos. En 1267, Ottokar II de Bohemia, que ya había participado en la Cruzada Prusiana de 1254 y que había prometido a Urbano IV todo el territorio prusiano que pudiera conquistar, llegó finalmente a Prusia. Pero lo único que consiguió fue reconciliar al duque Mestwin con los Caballeros. Su gran ejército no pudo realizar ninguna campaña, debido a que el deshielo tuvo lugar muy pronto ese año y los pesados caballeros eran incapaces de luchar en medio del terreno fangoso e inundado.