Francisco de Borja y Aragón, también conocido como San Francisco de Borja (Gandía, Valencia, 28 de octubre de 1510-Roma, 30 de septiembre de 1572), fue III General de la Compañía de Jesús, IV duque de Gandía, I marqués de Lombay, grande de España y virrey de Cataluña. Fue hijo de Juan de Borja y Enríquez de Luna, III duque de Gandía, y de Juana de Aragón y Gurrea, hija natural de Alonso de Aragón, virrey de Aragón, hijo ilegítimo del rey Fernando II de Aragón, Aldonza Ruiz de Yborra, vizcondesa de Evol. Por parte de su padre, era bisnieto del papa Alejandro VI (Rodrigo de Borja).
Recibió su primera instrucción en Zaragoza, donde fue llevado hacia 1520, cuando contaba con 10 años de edad. Allí tuvo como maestro al filósofo y matemático Gaspar Lax, conocido como el príncipe de la lógica, Aunque de niño fue muy piadoso y deseó convertirse en monje, su familia lo mandó a la corte de su tío segundo el emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico y en 1522 se encontraba en el palacio de Tordesillas para servir a su tía abuela, la reina Juana I, que se encontraba recluida allí.
En 1528, Juan de Borja concedió a su primogénito la mitad de la baronía de Llombay y el título de barón, en tanto que el emperador Carlos V lo nombró gentilhombre de la casa de Borgoña.
En 1529, se acordó su matrimonio con Leonor de Castro, amiga íntima, Caballeriza Mayor y Dama de la emperatriz Isabel. Tuvieron amplia descendencia, ocho hijos, de los cuales cinco fueron varones y tres mujeres: Carlos en 1530, Isabel en 1532, Juan en 1533, Álvaro en 1535, Juana Francisca en 1535, Fernando en 1537, Dorotea en 1538 y Alonso en 1539.
Llegó a ser «gran privado» del emperador. La propia emperatriz en ausencia del emperador y actuando con plenas facultades como regente, lo nombró Caballerizo Mayor suyo, como ya lo era su esposa, y elevó el título de la baronía de Llombay a marquesado.
La emperatriz Isabel de Portugal murió en Toledo el 1 de mayo de 1539 con solo 36 años de edad a consecuencia de su último parto. Era considerada una de las mujeres más bellas de su tiempo, como lo atestigua un lienzo de Tiziano. Esta muerte causó una impresión muy profunda en Francisco de Borja, quien desde entonces la recordó todos los años en su Diario por considerarla la fecha de su conversión:
Felipe, hijo de Isabel de Portugal, encabezó los funerales y Francisco de Borja organizó la comitiva que escoltó el cuerpo de la emperatriz hasta su tumba en la Capilla Real de Granada, donde sería sepultada junto a los Reyes Católicos. El día 18, se descubrió el féretro antes de introducirlo en el sepulcro a fin de corroborar una vez más su identidad. Al ver descompuesto el rostro de la emperatriz que el mundo había admirado por su belleza, dijo:
"He traído el cuerpo de nuestra Señora en rigurosa custodia desde Toledo a Granada, Jurar que es Su Majestad no puedo. Juro que su cadáver se puso ahí".
Tras las exequias recuerda la tradición que le comentó a un allegado: “Nunca volveré a servir a señor que se me pueda morir”.
En ese mismo año, Carlos V lo nombró virrey de Cataluña cargo que desempeñó con gran eficiencia.
Ingreso en la Compañía de Jesús
Sus verdaderos intereses fueron otros, sin embargo. Cuando su padre murió, el nuevo duque de Gandía se retiró a su tierra natal y llevó, con su familia, una vida entregada puramente a la fe. Por esos tiempos entró en contacto con algunos de los primeros jesuitas: los padres Pedro Fabro y Araoz. Así fue madurando su deseo de ayudar económicamente a la orden fundada por Ignacio de Loyola, sobre todo después de hacer los ejercicios espirituales. Fue un gran bienhechor del Colegio Romano y fundó la Universidad de Gandía, el primero en recibir alumnos seglares.
Su esposa Leonor de Castro falleció el 27 de marzo de 1546 en el Monasterio de San Jerónimo de Cotalba, cerca de Gandía, y en junio de ese mismo año, Francisco decidió entrar en la Compañía de Jesús. Ajustó cuentas con sus asuntos mundanos, renunció a sus títulos en favor de su primogénito, Carlos, e inmediatamente se le ofreció el título de cardenal. Lo rechazó, prefiriendo la vida de predicador itinerante. En 1554 se convirtió en el comisario general de los jesuitas en España y, en 1565, a la muerte del Padre Diego Laínez, Padre General de toda la orden.
La II Congregación General de los jesuitas se inclinó por su elección debido al enorme prestigio del otrora duque de Gandía. El electo revisó las reglas de la orden y, por influjo de las prácticas de ciertos jesuitas españoles, fijó el tiempo dedicado a la oración: una hora diaria, por la mañana (Ignacio no había establecido esa norma, dejando que cada miembro de la Compañía decidiera al respecto). Francisco de Borja se preocupó de que cada provincia jesuítica tuviese su propio noviciado: personalmente fundó el Noviciado de San Andrés del Quirinal, en el que se formaron San Estanislao Kostka, el predicador polaco Pedro Skarga y el futuro Padre General Claudio Acquaviva.
Una de las tareas más delicadas de este gobierno fue negociar con el papa Pío V, quien deseaba reintroducir el oficio cantado (o rezo en coro) en la Compañía. De hecho, esta medida empezó en mayo de 1569, pero solamente en las casas profesas y sin interferir con otras tareas. Ya lo había intentado de manera generalizada Pablo IV durante once meses entre 1558 y su muerte, lo que había prorrogado su sucesor y enemigo, el papa intermedio Pío IV. Pío V también ordenó que ningún candidato al sacerdocio de ninguna Orden pudiera ser ordenado hasta después de su profesión; esto causó grandes problemas a la Compañía. Por este motivo, todos los jesuitas debían profesar tres votos solemnes hasta que Gregorio XIII (en diciembre de 1572) restauró la práctica original, tal como estaba en las Constituciones escritas por san Ignacio.[cita requerida] Su secretario fue Juan Alfonso de Polanco, quien había sido el secretario de los dos superiores generales pasados.
Los Colegios prosperaron: de 50 en 1556 pasaron a 163 en 1574. Borja promulgó la primera Ratio Studiorum en 1569. Para su gobierno se apoyó en Visitadores. Se inició la remodelación de la iglesia de Jesús en Roma. En general, siguió muy de cerca la evolución de la Contrarreforma en Alemania. Muchas fundaciones jesuitas atendieron a reforzar la causa católica.
Dio también gran impulso a las misiones. Una expedición misionera enviada por él a Brasil fue exterminada por los protestantes en alta mar (Ignacio de Azevedo y sus compañeros mártires, el 15 de julio de 1570).
Francisco de Borja recibió encargos especiales de su santidad, al igual que Laínez. De viaje a Portugal y a España — pese a sus achaques — fue muy agasajado. Atendió negocios de la Compañía y delicados encargos diplomáticos en las cortes de ambos países. El regreso a Roma fue penoso; llegó a la Ciudad Eterna desahuciado. Murió a la medianoche del 30 de septiembre de 1572, diciendo: «Solo quiero a mi Señor Jesucristo.»