Francisco Hernández de Toledo o de Boncalo (La Puebla de Montalbán, Toledo; ca. 1514 a 1517 - Madrid, 28 de enero de 1587) fue un médico, ornitólogo y botánico español. Es principalmente conocido por su obra Rerum medicarum Novae Hispaniae. Describió por vez primera, entre otros, al itzcuintepotzohtli, un famoso críptido.
Estudió medicina en la Universidad de Alcalá y ejerció durante varios años en Toledo y Sevilla. También ejerció en el hospital del monasterio de Guadalupe, una función prestigiosa que además estaba bien remunerada. Volvió a Toledo hacia el año 1565 y pronto fue transferido como médico de la corte.
De una gran formación científica, consagró muchas energías al estudio de la naturaleza. Poseía una sólida formación intelectual y científica y una mentalidad abierta a las novedades. Hubo un aristotelismo marcado en sus estudios sobre la naturaleza.
Fue elegido por Felipe II para dirigir una expedición científica a América centrada especialmente en el territorio de Nueva España, conocida como la expedición de Francisco Hernández de Toledo. Hernández dispuso de 60,000 ducados para organizar el viaje. En enero de 1570, el rey le nombra protomédico general de nuestras Indias, islas y tierra firme del mar Océano.
Hernández partió en agosto de 1571, junto con su hijo, y desembarcó en febrero de 1572 en Veracruz. Durante tres años recorrió la Nueva España, especialmente la meseta central. Las notas de sus observaciones no se han conservado. La expedición contaba con un geógrafo, pintores, botánicos y médicos indígenas.
Desde marzo de 1574 y hasta su vuelta a la península ibérica en 1577, Hernández vivió en la Nueva España donde formó una colección, estudió las prácticas medicinales locales y realizó estudios arqueológicos. Durante estos años formó también una considerable colección de plantas secas o no, 38 volúmenes de dibujos y numerosas notas, tres de las cuales están escritas en náhuatl.
Hernández murió antes de ver su obra publicada. Dado su coste, Felipe II encargó al médico napolitano, Nardi Antonio Recchi, la publicación de una versión abreviada. Los originales se conservaron en la biblioteca de El Escorial pero desaparecieron, seguramente destruidos durante el incendio de 1671. Por tanto, sólo se conocen fragmentos de su inmensa obra. Sucesivos retrasos (el editor murió prematuramente) llevaron a que la obra abreviada no se publicara hasta 1635 y 1651.
Una nueva compilación por el médico Casimiro Gómez Ortega, publicada en 1790 y basada en material adicional encontrado en el Colegio Imperial de los Jesuitas de Madrid, fue titulado Francisci Hernandi, medici atque historici Philippi II, Hispan et Indiar. Regis, et totius novi orbis archiatri, opera: cum edita, tum inedita, ad autographi fidem et integritatem expressa, impensa et jussu regio.
Hernández describió 230 especies de aves pero la falta de ilustraciones, que se perdieron, hace su identificación muy difícil. Hernández citó de forma sistemática los nombres en náhuatl a partir de los cuales es posible clasificar las aves.
1514 - 1517 (?) o quizás entre 1515 - 1520 (Somolinos), nace Francisco Hernández.
1535 - 1537 cursa estudios de medicina y cirugía.
1555 explora Andalucía y muestra interés por las plantas medicinales
1560 se desempeña como médico del monasterio y del hospital de Guadalupe.
1562 - 1568 por estos años escribe su Compendio de Philosophia Moral según Aristóteles (el texto, está incluido en las obras completas publicadas por la UNAM).
1567 es nombrado "médico de cámara" en la corte de Felipe II
1568, termina la traducción de la Historia Natural de Plinio el Viejo
1570 llega a América acompañado de su hijo Juan.
1571 - 1576 inicia intensa actividad científica en México, pese a sus problemas económicos